SAXSdb — 1di0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LUMAZINE SYNTHASE

Brucella abortus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–158 链 B； UniProt 1–158 链 C； UniProt 1–158 链 D； UniProt 1–158 链 E； UniProt 1–158	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；1.2 M ammonium sulfate, 0.1M phoshate buffer, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.230
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–158 链 B； UniProt 1–158 链 C； UniProt 1–158 链 D； UniProt 1–158 链 E； UniProt 1–158	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 26	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；1.2 M ammonium sulfate, 0.1M phoshate buffer, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å R-free 0.230

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DI0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XN1 Crystal Structure Of Lumazine Synthase From Brucella Abortus (Orthorhombic Form At 3.05 Angstroms) 提交 2004-10-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–158（158 aa）链 B 1–158（158 aa）链 C 1–158（158 aa）链 D 1–158（158 aa）链 E 1–158（158 aa）链 F 1–158（158 aa）链 G 1–158（158 aa）链 H 1–158（158 aa）链 I 1–158（158 aa）链 J 1–158（158 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 24 NA SODIUM ION × 7 SO4 SULFATE ION × 15	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；293 K；1.3M AMMONIUM SULFATE, 0.1M NA MES, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.05 Å R-free 0.256
8UAV Cryo-EM Structure of Brucella Abortus Lumazine Synthase (BLS) Engineered with Shiga Toxin I subunit B (Stx1B) 提交 2023-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 8–158（151 aa）链 B 8–158（151 aa）链 C 8–158（151 aa）链 D 8–158（151 aa）链 E 8–158（151 aa）链 F 8–158（151 aa）链 G 8–158（151 aa）链 H 8–158（151 aa）链 I 8–158（151 aa）链 J 8–158（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å
8UAW Cryo-EM Structure of Brucella Abortus Lumazine Synthase (BLS) Engineered with Shiga Toxin II subunit B (Stx2B) 提交 2023-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 8–158（151 aa）链 B 8–158（151 aa）链 C 8–158（151 aa）链 D 8–158（151 aa）链 E 8–158（151 aa）链 F 8–158（151 aa）链 G 8–158（151 aa）链 H 8–158（151 aa）链 I 8–158（151 aa）链 J 8–158（151 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RISB_BRUAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 B； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 C； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 D； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158 作者链 E； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1di0
沉积日期 deposition_date	1999-11-28
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF LUMAZINE SYNTHASE FROM BRUCELLA ABORTUS
关键词 keywords	transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.15 Å
零角强度 I(0) i0	108063000.00
分子量 molecular_weight	81704.0 kDa
排除体积 excluded_volume	102010 Å³
包络体积 envelope_volume	120530 Å³
水化壳体积 shell_volume	36787 Å³
包络直径 envelope_diameter	80.1 Å
壳层 Rg shell_rg	34.96 Å
包络 Rg envelope_rg	26.07 Å
形状 Rg shape_rg	26.17 Å
总 Rg total_rg	26.96 Å
总原子数 total_atoms	5771
残基数 n_residues	735
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.3 Å
Rg (实空间) rg_real	27.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0810e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4600e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	108100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9078
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.118
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.526
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.946

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LUMAZINE SYNTHASE
分子量 formula_weight	17339.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	5818

MNQSCPNKTSFKIAFIQARWHADIVDEARKSFVAELAAKTGGSVEVEIFDVPGAYEIPLHAKTLARTGRYAAIVGAAFVIDGGIYDHDFVATAVINGMMQVQLETEVPVLSVVLTPHHFHESKEHHDFFHAHFKVKGVEAAHAALQIVSERSRIAALV

来源 Source

来源生物 organism	Brucella abortus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	235
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	47

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1di0a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1di0b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1di0c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1di0d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

结构域编号 domain_id	d1di0e_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.16 — Lumazine synthase
超家族 Superfamily superfamily	c.16.1 — Lumazine synthase
家族 Family family	c.16.1.1 — Lumazine synthase

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1di0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1di0B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1di0C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1di0D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

结构域编号 domain_id	1di0E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	960 — Lumazine/riboflavin synthase

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	142.250 Å
晶胞边长 b length_b	142.250 Å
晶胞边长 c length_c	242.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	90

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	150.000 Å
R 因子 r_factor	0.1800
R_work r_work	0.1800
R_free r_free	0.2300

fit	/app/data/saxs_computation/di/1di0/1di0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/di/1di0/1di0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/di/1di0/1di0.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF LUMAZINE SYNTHASE FROM BRUCELLA ABORTUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LUMAZINE SYNTHASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction