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1dk3

REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA

Method: SOLUTION NMR Dmax: 59.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA POLYMERASE BETA

Rattus norvegicus

UniProt P06766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–87 片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-87 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）400；压力 AMBIENT NMR测量条件：pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT NMR样品组成：2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL NMR样品组成：2 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 100MM NACL NMR样品组成：4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 400MM NACL NMR样品组成：2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL NMR样品组成：1.4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87); 5MM TRIS-D11; 400MM NACL 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1DK3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BNO NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1996-04-25 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–86（86 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1 - 87
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；300 K
分辨率未提供
1BNP NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA, 55 STRUCTURES 提交 1996-04-25 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–86（86 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1 - 87
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；300 K
分辨率未提供
1BPB CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA: EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-04-12 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–334（248 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1BPD CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA: EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-04-12 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–334（334 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.60 Å
1BPE CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA; EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-04-12 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–334（334 aa）
未记录 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
1DK2 REFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA 提交 1999-12-06 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–86（86 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-87
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.7；300 K；离子强度（mmCIF原始值）400 mM NACL；压力 AMBIENT
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NACL；压力 AMBIENT
NMR样品组成 2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL
NMR样品组成 2 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 100MM NACL
NMR样品组成 4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N; 5MM TRIS-D11; 400MM NACL
NMR样品组成 2.8 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87) U-15N,13C; 5MM TRIS- D11; 400MM NACL
NMR样品组成 1.4 MM RAT DNA POLYMERASE BETA N-TERMINAL DOMAIN (2-87); 5MM TRIS-D11; 400MM NACL
分辨率未提供
1HUO CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE BETA COMPLEXED WITH DNA AND CR-TMPPCP 提交 2001-01-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–335（335 aa）
未记录 CR CHROMIUM ION × 1 TTE PHOSPHOMETHYL PHOSPHONIC ACID DEOXYTHYMIDYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1HUO CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE BETA COMPLEXED WITH DNA AND CR-TMPPCP 提交 2001-01-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–335（335 aa）
未记录 CR CHROMIUM ION × 1 TTE PHOSPHOMETHYL PHOSPHONIC ACID DEOXYTHYMIDYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG 3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.288
1HUZ CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH DNA AND CR-PCP 提交 2001-01-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–335（335 aa）
未记录 CR CHROMIUM ION × 1 MDN METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.286
1HUZ CRYSTAL STRUCTURE OF DNA POLYMERASE COMPLEXED WITH DNA AND CR-PCP 提交 2001-01-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–335（335 aa）
未记录 CR CHROMIUM ION × 1 MDN METHYLENEDIPHOSPHONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；8% PEG3350, 70mM lithium sulfate, 100mM MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K
分辨率 2.60 Å R-free 0.286
1JN3 FIDELITY PROPERTIES AND STRUCTURE OF M282L MUTATOR MUTANT OF DNA POLYMERASE: SUBTLE STRUCTURAL CHANGES INFLUENCE THE MECHANISM OF NUCLEOTIDE DISCRIMINATION 提交 2001-07-22 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 84–334（251 aa） 片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 85 - 335
突变：M282L 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；16% PEG 3350, 5mM ammonium sulfate, 150mM sodium acetate, 50mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.256
1NOM DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (5 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–334（248 aa） 片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 1 MONTH: PEG 1500, 15% HEPES, 75 MILLIMOLAR, PH 7.5 NACL, 50 MILLIMOLAR DTT, 0.1 MILLIMOLAR MNCL2, 5 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE., pH 6.5
分辨率 3.00 Å
1RPL 2.3 ANGSTROMS CRYSTAL STRUCTURE OF THE CATALYTIC DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA 提交 1994-10-25 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 84–334（251 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.30 Å
1ZQU DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF ARTIFICIAL MOTHER LIQUOR 提交 1996-04-19 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–334（248 aa） 片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% IMIDAZOLE, 100 MILLIMOLAR, PH 6.5 SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.
分辨率 2.60 Å
1ZQV DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF CACL2 (150 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–334（248 aa） 片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)
未记录 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% IMIDAZOLE, 100 MILLIMOLAR, PH 6.5 CACL2, 150 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.
分辨率 2.70 Å
1ZQW DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF CSCL (150 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–334（248 aa） 片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% IMIDAZOLE, 100 MILLIMOLAR, PH 6.5 CSCL, 150 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.
分辨率 2.30 Å
1ZQX DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF KCL (150 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–334（248 aa） 片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% TRIS-HCL, 100 MILLIMOLAR, PH 7.5 KCL, 150 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.
分辨率 2.50 Å
1ZQY DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MGCL2 (50 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–334（248 aa） 片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% TRIS-HCL, 100 MILLIMOLAR, PH 7.5 MGCL2, 50 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.
分辨率 2.30 Å
1ZQZ DNA POLYMERASE BETA (POL B) (E.C.2.7.7.7), 31-KD DOMAIN; SOAKED IN THE PRESENCE OF MNCL2 (50 MILLIMOLAR) 提交 1996-04-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–334（248 aa） 片段：C-TERMINAL 31-KD DOMAIN (RESIDUES 88 - 335)
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；THIS ENTRY DESCRIBES THE STRUCTURE THAT RESULTED WHEN A CRYSTAL OF THE C-TERMINAL 31-KD DOMAIN OF RAT DNA POL BETA (SEE ENTRY 1BPB AND REFERENCE 9) HAD BEEN SOAKED IN THE FOLLOWING SOLUTION FOR 24 HOURS: PEG 3350, 16% TRIS-HCL, 100 MILLIMOLAR, PH 7.5 MNCL2, 50 MILLIMOLAR SEE REFERENCE 3 FOR DETAILS CONCERNING EXPERIMENTAL PROCEDURES, RESULTS, AND DISCUSSION FOR THIS STRUCTURE.
分辨率 2.70 Å
2BPC CRYSTAL STRUCTURE OF RAT DNA POLYMERASE BETA: EVIDENCE FOR A COMMON POLYMERASE MECHANISM 提交 1994-07-08 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 87–334（248 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
2BPF STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP 提交 1994-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–334（334 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50
分辨率 2.90 Å
2BPG STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP 提交 1994-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–334（334 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50
分辨率 3.60 Å
2BPG STRUCTURES OF TERNARY COMPLEXES OF RAT DNA POLYMERASE BETA, A DNA TEMPLATE-PRIMER, AND DDCTP 提交 1994-05-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–334（334 aa）
未记录 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50
分辨率 3.60 Å
2VAN Nucleotidyl Transfer Mechanism of Mismatched dNTP Incorporation by DNA Polymerase b by Structural and Kinetic Analyses 提交 2007-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 90–334（245 aa） 片段：31K DOMAIN, RESIDUES 90-334
突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.249
3K75 X-ray crystal structure of reduced XRCC1 bound to DNA pol beta catalytic domain 提交 2009-10-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 91–335（245 aa） 片段：UNP residues 91 to 335
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M Tri-potassium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.95 Å R-free 0.295
3K75 X-ray crystal structure of reduced XRCC1 bound to DNA pol beta catalytic domain 提交 2009-10-12 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 91–335（245 aa） 片段：UNP residues 91 to 335
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M Tri-potassium citrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.95 Å R-free 0.295
3LQC X-ray crystal structure of oxidized XRCC1 bound to DNA pol beta Palm thumb domain 提交 2010-02-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 142–335（194 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20-25% PEG 3350, 0.2-0.3M TRI-POTASSIUM CITRATE, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.35 Å R-free 0.250
3UXN Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta, Wild Type Apoenzyme 提交 2011-12-05 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–335（335 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 2.50 Å R-free 0.317
3UXN Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta, Wild Type Apoenzyme 提交 2011-12-05 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–335（335 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 2.50 Å R-free 0.317
3UXO Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta Mutator I260Q Apoenzyme 提交 2011-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–335（335 aa）
突变：I260Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 2.10 Å R-free 0.318
3UXO Crystal Structure of Rat DNA Polymerase Beta Mutator I260Q Apoenzyme 提交 2011-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–335（335 aa）
突变：I260Q 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；296 K；PEG 3350, MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 2.10 Å R-free 0.318
3UXP Co-crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator I260Q: Enzyme-DNA-ddTTP 提交 2011-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–335（335 aa）
突变：I260Q D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；Peg3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 2.72 Å R-free 0.292
3UXP Co-crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator I260Q: Enzyme-DNA-ddTTP 提交 2011-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 B 1–335（335 aa）
突变：I260Q D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；Peg3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 2.72 Å R-free 0.292
3V72 Crystal Structure of Rat DNA polymerase beta Mutator E295K: Enzyme-dsDNA 提交 2011-12-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 1–335（335 aa）
突变：E295K NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, temperature 296K
分辨率 2.49 Å R-free 0.291
3V7J Co-crystal structure of Wild Type Rat polymerase beta: Enzyme-DNA binary complex 提交 2011-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 4–335（332 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 2.25 Å R-free 0.243
3V7K Co-crystal structure of K72E variant of rat polymerase beta: Enzyme-DNA binary complex 提交 2011-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric
链 A 4–335（332 aa）
突变：K72E NA SODIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 2.27 Å R-free 0.277
3V7L Apo Structure of Rat DNA polymerase beta K72E variant 提交 2011-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 4–335（332 aa）
突变：K72E NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；296 K；PEG 3350, NaCl, Glycerol, Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K
分辨率 2.66 Å R-free 0.335

共 30 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPOB_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–87； UniProt 1–87

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1dk3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1dk3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dk3
沉积日期 deposition_date1999-12-06
结构标题 titleREFINED SOLUTION STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF DNA POLYMERASE BETA
关键词 keywords;DNA-BINDING, DEOXYRIBOSE 5'-PHOSPHATE LYASE, NUCLEOTIDYLTRANSFERASE, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.28 Å
零角强度 I(0) i01917450.00
分子量 molecular_weight9604.0 kDa
排除体积 excluded_volume12248 ų
包络体积 envelope_volume15877 ų
水化壳体积 shell_volume10084 ų
包络直径 envelope_diameter56.7 Å
壳层 Rg shell_rg19.04 Å
包络 Rg envelope_rg14.82 Å
形状 Rg shape_rg14.20 Å
总 Rg total_rg15.70 Å
总原子数 total_atoms1397
残基数 n_residues87
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.5 Å
Rg (实空间) rg_real15.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9170e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5320e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1917000.0000
解质量估计 total_estimate0.8134
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.8 Å
偏度 Skewness skewness0.252
峰度 Kurtosis kurtosis-0.213
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha248000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.582; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.824; Smooth: 1.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1dk3a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.60.6 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like
家族 Family familya.60.6.1 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1dk3A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)