SAXSdb — 1dr9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 35–234	片段：EXTRACELLULAR REGION	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；PEG400, Na Hepes, CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 20K	分辨率 3.00 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1DR9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1I8L HUMAN B7-1/CTLA-4 CO-STIMULATORY COMPLEX 提交 2001-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 35–242（208 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 35-242	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；16% PEG 8000, 0.1M CACODYLATE, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
1I8L HUMAN B7-1/CTLA-4 CO-STIMULATORY COMPLEX 提交 2001-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 35–242（208 aa）片段：EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 35-242	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 MAN alpha-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.3；298 K；16% PEG 8000, 0.1M CACODYLATE, PH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.257
7TPS Crystal structure of ALPN-202 (engineered CD80 vIgD) in complex with PD-L1 提交 2022-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 35–140（106 aa）	突变：H52Y, A60E, E69D, M81L, V102M, A105G, D124G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium HEPES/MOPS (acid), pH 7.5, 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG 4000	分辨率 3.15 Å R-free 0.291
7TPS Crystal structure of ALPN-202 (engineered CD80 vIgD) in complex with PD-L1 提交 2022-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 35–140（106 aa）	突变：H52Y, A60E, E69D, M81L, V102M, A105G, D124G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；0.03 M sodium nitrate, 0.03 M sodium phosphate dibasic, 0.03 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium HEPES/MOPS (acid), pH 7.5, 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG 4000	分辨率 3.15 Å R-free 0.291
8FXW Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.1 (hexameric ring) 提交 2023-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 35–235（201 aa）链 E 35–235（201 aa）链 G 35–235（201 aa）链 H 35–235（201 aa）链 J 35–235（201 aa）链 L 35–235（201 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8FXZ Cryo-EM structure of cowpox virus M2 in complex with human B7.1 (heptameric ring) 提交 2023-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 C 35–235（201 aa）链 E 35–235（201 aa）链 G 35–235（201 aa）链 H 35–235（201 aa）链 J 35–235（201 aa）链 L 35–235（201 aa）链 N 35–235（201 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 21	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；150 mM Nacl, 25 mM HEPES, pH7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.86 Å
8HXA Cryo-EM structure of MPXV M2 in complex with human B7.1 提交 2023-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 35–234（200 aa）链 H 35–234（200 aa）链 I 35–234（200 aa）链 J 35–234（200 aa）链 K 35–234（200 aa）链 L 35–234（200 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD80_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–201； UniProt 35–234

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1dr9
沉积日期 deposition_date	2000-01-06
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF A SOLUBLE FORM OF B7-1 (CD80)
关键词 keywords	IG SUPERFAMILY, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.69 Å
零角强度 I(0) i0	9699330.00
分子量 molecular_weight	23428.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29308 Å³
包络体积 envelope_volume	36615 Å³
水化壳体积 shell_volume	14157 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.9 Å
壳层 Rg shell_rg	28.20 Å
包络 Rg envelope_rg	26.06 Å
形状 Rg shape_rg	25.67 Å
总 Rg total_rg	26.06 Å
总原子数 total_atoms	1645
残基数 n_residues	200
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6990e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9698000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6747
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.646
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.399
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2574000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.239; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.080; Smooth: 0.972

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1dr9a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1dr9a2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.3 — C2 set domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1dr9A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1dr9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.280 Å
晶胞边长 b length_b	57.280 Å
晶胞边长 c length_c	298.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	98
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	19.550 Å
R 因子 r_factor	0.2380
R_work r_work	0.2380
R_free r_free	0.2800

描述 description	T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN
分子量 formula_weight	22993.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1645

CRYSTAL STRUCTURE OF A SOLUBLE FORM OF B7-1 (CD80)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T LYMPHOCYTE ACTIVATION ANTIGEN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

fit	/app/data/saxs_computation/dr/1dr9/1dr9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dr/1dr9/1dr9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dr/1dr9/1dr9.dat