VPR PROTEIN
Human immunodeficiency virus 1
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 50–75 | 片段：RESIDUES 50 - 75 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 无其他共同聚合物 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 3.3；298 K | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1DSJ | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1BDE HELICAL STRUCTURE OF POLYPEPTIDES FROM THE C-TERMINAL HALF OF HIV-1 VPR, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1998-05-07 | 构建体不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
50–82（33 aa）
片段：VPR 50-82
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 1
NMR样品组成
50% TFE-D3/50% H2O
|
分辨率未提供 |
| 1DSK NMR SOLUTION STRUCTURE OF VPR59_86, 20 STRUCTURES 提交 1997-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
59–86（28 aa）
片段：RESIDUES 59 - 86
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 3.3；298 K
|
分辨率未提供 |
| 1KZS Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Vpr(34-51) Peptide in Aqueous TFE Solution 提交 2002-02-08 | 构建体不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
34–51（18 aa）
片段：RESIDUES 34-51
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成
2 mM Vpr(34-51); 50 % H2O, 50 % TFE | 50 % H2O, 50 % TFE
|
分辨率未提供 |
| 1KZT Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Vpr(34-51) Peptide in DPC Micelle Containing Aqueous Solution 提交 2002-02-08 | 构建体不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
34–51（18 aa）
片段：RESIDUES 34-51
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 4.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient
NMR样品组成
2mM Vpr(34-51); 100mM Dodecylphosphocholine d38; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 1KZV Structure of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Vpr(34-51) Peptide in Chloroform Methanol 提交 2002-02-08 | 构建体不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
34–51（18 aa）
片段：RESIDUES 34-51
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成
2 mM Vpr(34-51); 50 % Methanol d3, 50 % Chloroform d1 | 50 % Methanol d3, 50 % Chloroform d1
|
分辨率未提供 |
| 5JK7 The X-ray structure of the DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 complex 提交 2016-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 H
1–96（96 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
BATCH MODE；289.15 K；100 mM Na Ctrate, pH 5.6, 11% PEG 20000
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.206 |
| 5JK7 The X-ray structure of the DDB1-DCAF1-Vpr-UNG2 complex 提交 2016-04-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 F
1–96（96 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
BATCH MODE；289.15 K；100 mM Na Ctrate, pH 5.6, 11% PEG 20000
|
分辨率 3.49 Å R-free 0.206 |
| 6XQI Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
16–78（63 aa）
链 B
16–78（63 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M Tris, pH 7.5, 10% PEG 4000
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.220 |
| 6XQI Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
16–78（63 aa）
链 D
16–78（63 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M Tris, pH 7.5, 10% PEG 4000
|
分辨率 2.34 Å R-free 0.220 |
| 6XQJ Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–79（79 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR测量条件
pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
927 uM [U-100% 2H; U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
1100 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
1110 uM [U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
1000 uM [U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
NMR样品组成
745 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O
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分辨率未提供 |
共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | VPR_HV1N5 |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 2–27； UniProt 50–75 |
