1dxf

2-dehydro-3-deoxy-galactarate aldolase from Escherichia coli in complex with pyruvate

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-DEHYDRO-3-DEOXY-GALACTARATE ALDOLASE

物种未注明

UniProt P23522

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 6 PYRUVIC ACID × 6 MAGNESIUM ION × 6 water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YHAF_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–256; UniProt 1–256 作者链 B; PDB构建体 1–256; UniProt 1–256

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1dxf
沉积日期 deposition_date2000-01-05
结构标题 title2-dehydro-3-deoxy-galactarate aldolase from Escherichia coli in complex with pyruvate
关键词 keywordsCLASS II ALDOLASE; CLASS II ALDOLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1dxf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1dxf__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1dxf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)33.45 Å
Rg(电子密度)32.24 Å
总 Rg32.77 Å
原子数11508
残基数1506
排除体积205330 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1dxf__assembly_1__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1dxfa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family familyc.1.12.5 — HpcH/HpaI aldolase
结构域编号 domain_idd1dxfb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.12 — Phosphoenolpyruvate/pyruvate domain
家族 Family familyc.1.12.5 — HpcH/HpaI aldolase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1dxfA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains
结构域编号 domain_id1dxfB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Phosphoenolpyruvate-binding domains

7. 引用文献 (1)