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1e33

Crystal structure of an Arylsulfatase A mutant P426L

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Arylsulfatase A

Homo sapiens

UniProt P15289

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 P； UniProt 19–507 突变：P426L 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；291 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 291 K. SOLUTION CONTAINING 10MG/ML PROTEIN, 10 MM TRIS/HCL (PH 7.4) AND 150 MM NACL WAS MIXED WITH SAME VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION, CONTAINING 100 MM NA-ACETATE (PH 5.0 - 5.4) AND 10 - 13 % PEG 6000 分辨率 2.50 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1E33 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AUK HUMAN ARYLSULFATASE A 提交 1997-08-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 19–507（489 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MG MAGNESIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；291 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 291 K. SOLUTION CONTAINING 10MG/ML PROTEIN, 10 MM TRIS/HCL (PH 7.4) AND 150 MM NACL WAS MIXED WITH SAME VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION, CONTAINING 100 MM NA-ACETATE (PH 5.0 - 5.4) AND 10 - 13 % PEG 6000, vapor diffusion - hanging drop
分辨率 2.10 Å R-free 0.273
1E1Z Crystal structure of an Arylsulfatase A mutant C69S 提交 2000-05-12 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 19–507（489 aa）
突变：C69S MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；291 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 291 K. SOLUTION CONTAINING 10MG/ML PROTEIN, 10 MM TRIS/HCL (PH 7.4) AND 150 MM NACL WAS MIXED WITH SAME VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION, CONTAINING 100 MM NA-ACETATE (PH 5.0 - 5.4) AND 10 - 13 % PEG 6000
分辨率 2.40 Å R-free 0.243
1E2S Crystal structure of an Arylsulfatase A mutant C69A 提交 2000-05-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 19–507（489 aa）
突变：C69A MG MAGNESIUM ION × 2 CSN N,4-DIHYDROXY-N-OXO-3-(SULFOOXY)BENZENAMINIUM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；291 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 291 K. SOLUTION CONTAINING 10MG/ML PROTEIN, 10 MM TRIS/HCL (PH 7.4) AND 150 MM NACL WAS MIXED WITH SAME VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION, CONTAINING 100 MM NA-ACETATE (PH 5.0 - 5.4) AND 10 - 13 % PEG 6000
分辨率 2.35 Å R-free 0.236
1E3C Crystal structure of an Arylsulfatase A mutant C69S soaked in synthetic substrate 提交 2000-06-13 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 19–507（489 aa）
突变：C69S MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；291 K；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY VAPOR DIFFUSION IN HANGING DROPS AT 291 K. SOLUTION CONTAINING 10MG/ML PROTEIN, 10 MM TRIS/HCL (PH 7.4) AND 150 MM NACL WAS MIXED WITH SAME VOLUME OF RESERVOIR SOLUTION, CONTAINING 100 MM NA-ACETATE (PH 5.0 - 5.4) AND 10 - 13 % PEG 6000
分辨率 2.65 Å R-free 0.243
1N2K Crystal structure of a covalent intermediate of endogenous human arylsulfatase A 提交 2002-10-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–507（489 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；cacodylate, sodium fluoride, PEG8000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.75 Å R-free 0.239
1N2L Crystal structure of a covalent intermediate of endogenous human arylsulfatase A 提交 2002-10-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 19–507（489 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；cacodylate, sodium fluoride, PEG8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.223
2AIJ Formylglycine generating enzyme C336S mutant covalently bound to substrate peptide CTPSR 提交 2005-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 69–73（5 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.55 Å R-free 0.178
2AIK Formylglycine generating enzyme C336S mutant covalently bound to substrate peptide LCTPSRA 提交 2005-07-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 68–74（7 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Calcium chloride, TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.73 Å R-free 0.174

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARSA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 P； PDB构建体 1–489； UniProt 19–507

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1e33

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1e33
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1e33
沉积日期 deposition_date2000-06-06
结构标题 titleCrystal structure of an Arylsulfatase A mutant P426L
关键词 keywordsHYDROLASE, CEREBROSIDE-3-SULFATE HYDROLYSIS, LYSOSOMAL ENZYME, FORMYLGLYCINE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.24 Å
零角强度 I(0) i042720000.00
分子量 molecular_weight50912.0 kDa
排除体积 excluded_volume63658 ų
包络体积 envelope_volume71077 ų
水化壳体积 shell_volume27040 ų
包络直径 envelope_diameter77.0 Å
壳层 Rg shell_rg29.01 Å
包络 Rg envelope_rg21.51 Å
形状 Rg shape_rg21.21 Å
总 Rg total_rg22.18 Å
总原子数 total_atoms3584
残基数 n_residues480
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.2 Å
Rg (实空间) rg_real22.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2720e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.0210e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal42720000.0000
解质量估计 total_estimate0.8100
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.1 Å
偏度 Skewness skewness0.158
峰度 Kurtosis kurtosis-0.353
角度范围 angular_range— – 0.3550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9667000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.849; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1e33p_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.76 — Alkaline phosphatase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.76.1 — Alkaline phosphatase-like
家族 Family familyc.76.1.2 — Arylsulfatase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1e33P01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology720 — Alkaline Phosphatase, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alkaline Phosphatase, subunit A
结构域编号 domain_id1e33P02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)