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1e6e

ADRENODOXIN REDUCTASE/ADRENODOXIN COMPLEX OF MITOCHONDRIAL P450 SYSTEMS

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 121.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH\:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE

BOS TAURUS

UniProt P08165

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 33–492 未记录 ADRENODOXIN × 1 （P00257） FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION AT 4 DEGR. 0.5MM COMPLEX IN 100MMTRIS-HCL, PH 7.4, 0.9M AMMONIUMSULFATE. 分辨率 2.30 Å R-free 0.268
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 33–492 未记录 ADRENODOXIN × 1 （P00257） FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION AT 4 DEGR. 0.5MM COMPLEX IN 100MMTRIS-HCL, PH 7.4, 0.9M AMMONIUMSULFATE. 分辨率 2.30 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1E6E Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CJC STRUCTURE OF ADRENODOXIN REDUCTASE OF MITOCHONDRIAL P450 SYSTEMS 提交 1999-04-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 33–492（460 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；DROPLET: 4 MG/ML PROTEIN, 8% PEG8000, 5% GLYCEROL, 100 MM CALCIUM ACETATE, 50 MM SODIUM-CACODYLATE PH 6.5. RESERVOIR: 12 % PEG8000, 100 MM CALCIUM ACETATE, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5.
分辨率 1.70 Å R-free 0.223
1E1K ADRENODOXIN REDUCTASE in complex with NADP+ obtained by a soaking experiment 提交 2000-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 33–492（460 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50
分辨率 1.95 Å R-free 0.227
1E1L STRUCTURE OF ADRENODOXIN REDUCTASE IN COMPLEX WITH NADP obtained by cocrystallisation 提交 2000-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 33–492（460 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；DROPLET: 4 MG/ML PROTEIN, 8% PEG8000, 5% GLYCEROL, 100 MM CALCIUM ACETATE, 50 MM SODIUM-CACODYLATE PH 6.5. RESERVOIR: 12 % PEG8000, 100 MM CALCIUM ACETATE, 50 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 0.05 MM NADP+.
分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1E1M ADRENODOXIN REDUCTASE in complex with NADPH obtained by a soaking experiment 提交 2000-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 33–492（460 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50
分辨率 1.85 Å R-free 0.228
1E1N Structure of adrenodoxin reductase at 2.4 Angstrom in crystal form A' 提交 2000-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 33–492（460 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50
分辨率 2.40 Å R-free 0.265

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADRO_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–460； UniProt 33–492 作者链 C； PDB构建体 1–460； UniProt 33–492

ADRENODOXIN

BOS TAURUS

UniProt P00257

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 59–186 突变：YES NADPH\:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE × 1 （P08165） FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION AT 4 DEGR. 0.5MM COMPLEX IN 100MMTRIS-HCL, PH 7.4, 0.9M AMMONIUMSULFATE. 分辨率 2.30 Å R-free 0.268
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 59–186 突变：YES NADPH\:ADRENODOXIN OXIDOREDUCTASE × 1 （P08165） FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION AT 4 DEGR. 0.5MM COMPLEX IN 100MMTRIS-HCL, PH 7.4, 0.9M AMMONIUMSULFATE. 分辨率 2.30 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1E6E Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AYF BOVINE ADRENODOXIN (OXIDIZED) 提交 1997-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 62–166（105 aa）
链 B 62–166（105 aa）
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000, 10% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 7.4, 100MM MGCL2, 20 MG/ML PROTEIN
分辨率 1.85 Å R-free 0.253
1CJE ADRENODOXIN FROM BOVINE 提交 1999-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–186（127 aa）
链 B 60–186（127 aa）
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1CJE ADRENODOXIN FROM BOVINE 提交 1999-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 60–186（127 aa）
链 D 60–186（127 aa）
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1L6U NMR STRUCTURE OF OXIDIZED ADRENODOXIN 提交 2002-03-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–186（128 aa）
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；300 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM salt；压力 1
NMR样品组成 2-3mM Adrenodoxin 15N,13C, 50 mM phosphate buffer, 50mM NaCl, 10% D2O, 0.04% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1L6V STRUCTURE OF REDUCED BOVINE ADRENODOXIN 提交 2002-03-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–186（128 aa）
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；300 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM salt；压力 1
NMR样品组成 2-3mM Adrenodoxin, 0mM Phosphate, 50mM NaCl, Dithionite, 10% D2O, 90% H2O, 0.04% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2BT6 Ru(bpy)2(mbpy)-Modified Bovine Adrenodoxin 提交 2005-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 63–166（104 aa） 片段：RESIDUES 63-166
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 RUA (4'-METHYL-2,2'BIPYRIDINE)BIS(2,2'-BIPYRIDINE) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；30% PEG 4000, 10% GLYCEROL, 10MM TRIS, PH 7.4, 10MM MGCL2, 20 MG/ML PROTEIN
分辨率 1.50 Å R-free 0.186
2BT6 Ru(bpy)2(mbpy)-Modified Bovine Adrenodoxin 提交 2005-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 63–166（104 aa） 片段：RESIDUES 63-166
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 RUA (4'-METHYL-2,2'BIPYRIDINE)BIS(2,2'-BIPYRIDINE) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；30% PEG 4000, 10% GLYCEROL, 10MM TRIS, PH 7.4, 10MM MGCL2, 20 MG/ML PROTEIN
分辨率 1.50 Å R-free 0.186
2JQR Solution model of crosslinked complex of cytochrome c and adrenodoxin 提交 2007-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 62–166（105 aa） 片段：2Fe-2S ferredoxin-type domain, residues 62-166
突变：L80C, C95S HEC HEME C × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；285 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7.4；301 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR样品组成 0.4 mM [U-98% 15N] CcV28C, 0.2-0.6 mM AdxL80C, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [U-98% 15N] AdxL80C, 0.2-0.6 mM CcV28C, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-98% 15N] CcV28C, 5 mM DTT, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-98% 15N] AdxL80C, 5 mM DTT, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADX1_BOVIN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–128； UniProt 59–186 作者链 D； PDB构建体 1–128； UniProt 59–186

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1e6e

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1e6e
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1e6e
沉积日期 deposition_date2000-08-15
结构标题 titleADRENODOXIN REDUCTASE/ADRENODOXIN COMPLEX OF MITOCHONDRIAL P450 SYSTEMS
关键词 keywordsFLAVOENZYME, ELECTRON TRANSFERASE, OXIDOREDUCTASE, [2FE-2S]FERREDOXIN, ADRENODOXIN, ELECTRON TRANSPORT, COMPLEX; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.44 Å
零角强度 I(0) i0254362000.00
分子量 molecular_weight126070.0 kDa
排除体积 excluded_volume156680 ų
包络体积 envelope_volume198860 ų
水化壳体积 shell_volume47068 ų
包络直径 envelope_diameter134.9 Å
壳层 Rg shell_rg41.23 Å
包络 Rg envelope_rg36.30 Å
形状 Rg shape_rg36.41 Å
总 Rg total_rg36.81 Å
总原子数 total_atoms8838
残基数 n_residues1132
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.9 Å
Rg (实空间) rg_real36.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.21 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.4650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal254300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8572
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.8 Å
偏度 Skewness skewness0.469
峰度 Kurtosis kurtosis-0.359
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha53040000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.837; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.906; Smooth: 0.723
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1e6ea1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.1 — C-terminal domain of adrenodoxin reductase-like
结构域编号 domain_idd1e6ea2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.4 — Nucleotide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.4.1 — Nucleotide-binding domain
家族 Family familyc.4.1.1 — N-terminal domain of adrenodoxin reductase-like
结构域编号 domain_idd1e6eb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related
结构域编号 domain_idd1e6ec1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.1 — C-terminal domain of adrenodoxin reductase-like
结构域编号 domain_idd1e6ec2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.4 — Nucleotide-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.4.1 — Nucleotide-binding domain
家族 Family familyc.4.1.1 — N-terminal domain of adrenodoxin reductase-like
结构域编号 domain_idd1e6ed_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1e6eA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1e6eA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1e6eB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain
结构域编号 domain_id1e6eC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id1e6eC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1e6eD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)