SAXSdb — 1e96

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–192	突变：YES	NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2 (NCF-2) TPR DOMAIN, RESIDUES 1-203 × 1 （P19878） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 10.5；0.1 M CAPS PH 10.5, 0.2 M LI ACETATE, 0.8 M NAH2PO4, 1.2 M K2HPO4	分辨率 2.40 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1E96	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HE1 Crystal structure of the complex between the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa ExoS toxin and human Rac 提交 2000-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–176（176 aa）片段：2-184	未记录	NI NICKEL (II) ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；8% PEG 6000, 3MM NICL2, 100 MM TRIS/HCL PH8.5, pH 8.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.224
1HE1 Crystal structure of the complex between the GAP domain of the Pseudomonas aeruginosa ExoS toxin and human Rac 提交 2000-11-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–176（176 aa）片段：2-184	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；8% PEG 6000, 3MM NICL2, 100 MM TRIS/HCL PH8.5, pH 8.50	分辨率 2.00 Å R-free 0.224
1HH4 Rac1-RhoGDI complex involved in NADPH oxidase activation 提交 2000-12-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–192（192 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；HANGING DROP AT 20C WITH RESERVOIR: 30% PEG 4000, 100 MM NA CITRATE PH=5.6, 5 MM MGCL2, 200 MM AMMONIUM ACETATE, pH 5.60	分辨率 2.70 Å R-free 0.280
1HH4 Rac1-RhoGDI complex involved in NADPH oxidase activation 提交 2000-12-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–192（192 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GER GERAN-8-YL GERAN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；HANGING DROP AT 20C WITH RESERVOIR: 30% PEG 4000, 100 MM NA CITRATE PH=5.6, 5 MM MGCL2, 200 MM AMMONIUM ACETATE, pH 5.60	分辨率 2.70 Å R-free 0.280

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–192； UniProt 1–192

NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2 (NCF-2) TPR DOMAIN, RESIDUES 1-203

HOMO SAPIENS

UniProt P19878

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–203	片段：YES	RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 × 1 （P15154） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 10.5；0.1 M CAPS PH 10.5, 0.2 M LI ACETATE, 0.8 M NAH2PO4, 1.2 M K2HPO4	分辨率 2.40 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1E96	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HH8 The active N-terminal region of p67phox: Structure at 1.8 Angstrom resolution and biochemical characterizations of the A128V mutant implicated in chronic granulomatous disease 提交 2000-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–213（213 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-213	未记录	FLC CITRATE ANION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；100 MM NA CITRATE PH 4.5, 17% PEG 2K MME, 10% GLYCEROL	分辨率 1.80 Å R-free 0.204
1K4U Solution structure of the C-terminal SH3 domain of p67phox complexed with the C-terminal tail region of p47phox 提交 2001-10-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 S 455–516（62 aa）片段：C-TERMINAL SH3 DOMAIN (RESIDUES 455-516)	突变：C499S/C514S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 1 NMR样品组成 0.7mM p67SH3(C) U-15N,13C; 0.77mM p47 tail peptide; 5mM MOPSO buffer; 30 mM d10-DTT; 100mM KCl \| 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O NMR样品组成 0.5mM p47 tail peptide U-15N,13C; 0.55mM p67SH3(C); 5mM MOPSO buffer; 30mM d10-DTT; 100mM KCl \| 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O	分辨率未提供
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 352–429（78 aa）片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 352-429	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 352–429（78 aa）片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 352-429	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 352–429（78 aa）片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 352-429	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 352–429（78 aa）片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 352-429	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1WM5 Crystal structure of the N-terminal TPR domain (1-203) of p67phox 提交 2004-07-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–203（203 aa）片段：TPR domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；277 K；ammonium sulfate, HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.224
2DMO Refined solution structure of the 1st SH3 domain from human Neutrophil cytosol factor 2 (NCF-2) 提交 2006-04-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 242–297（56 aa）片段：SH3 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.3mM SH3 domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–203； UniProt 1–203

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1e96
沉积日期 deposition_date	2000-10-10
结构标题 title	Structure of the Rac/p67phox complex
关键词 keywords	SIGNALING PROTEIN, SIGNALLING COMPLEX, GTPASE, NADPH OXIDASE, PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, TPR MOTIF; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.84 Å
零角强度 I(0) i0	27699300.00
分子量 molecular_weight	41607.0 kDa
排除体积 excluded_volume	52663 Å³
包络体积 envelope_volume	62799 Å³
水化壳体积 shell_volume	23324 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.7 Å
壳层 Rg shell_rg	29.20 Å
包络 Rg envelope_rg	22.94 Å
形状 Rg shape_rg	22.83 Å
总 Rg total_rg	23.69 Å
总原子数 total_atoms	2921
残基数 n_residues	363
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7700e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	27700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7221
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.278
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4679000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.858; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.286; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.993

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1
分子量 formula_weight	21429.1 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2998

PQAIKCVVVGDGAVGKTCLLISYTTNAFPGEYIPTVFDNYSANVMVDGKPVNLGLWDTAGLEDYDRLRPLSYPQTDVFLICFSLVSPASFENVRAKWYPEVRHHCPNTPIILVGTKLDLRDDKDTIEKLKEKKLTPITYPQGLAMAKEIGAVKYLECSALTQRGLKTVFDEAIRAVLCPPPVKKRKRKCLLL

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2 (NCF-2) TPR DOMAIN, RESIDUES 1-203
分子量 formula_weight	23490.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSLVEAISLWNEGVLAADKKDWKGALDAFSAVQDPHSRICFNIGCMYTILKNMTEAEKAFTRSINRDKHLAVAYFQRGMLYYQTEKYDLAIKDLKEALIQLRGNQLIDYKILGLQFKLFACEVLYNIAFMYAKKEEWKKAEEQLALATSMKSEPRHSKIDKAMECVWKQKLYEPVVIPVGKLFRPNERQVAQLAKKDYLGKAT

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	77

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1e96a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d1e96a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1e96b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.8 — TPR-like
家族 Family family	a.118.8.1 — Tetratricopeptide repeat (TPR)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1e96A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1e96B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tetratricopeptide repeat domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	83.220 Å
晶胞边长 b length_b	83.220 Å
晶胞边长 c length_c	138.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	0.2480
R_work r_work	0.2440
R_free r_free	0.2840

fit	/app/data/saxs_computation/e9/1e96/1e96.fit
pddf	/app/data/pr_computation/e9/1e96/1e96.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/e9/1e96/1e96.dat

Structure of the Rac/p67phox complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 2 (NCF-2) TPR DOMAIN, RESIDUES 1-203

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)