SAXSdb — 1eb3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–340	未记录	DSB 4,7-DIOXOSEBACIC ACID × 8 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8；AS FOR PDB ENTRY 1AW5 WITH 5 MM 4,7-DIOXO-SEBACIC ACID IN DROP, pH 8.00	分辨率 1.75 Å R-free 0.308

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1EB3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AW5 5-AMINOLEVULINATE DEHYDRATASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE 提交 1997-10-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–340（340 aa）	突变：M272V 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；ENZYME CONCENTRATION 1 MG/ML, PH 7.0 - 8.5, BUFFER 0.2 M TRIS-HCL, PRECIPITANT PEG 6000 (<10%), 70 MICROMOLAR ZINC SULPHATE, 6 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, HANGING DROPS., pH 8.0, vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
1GJP SCHIFF-BASE COMPLEX OF YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE WITH 4-OXOSEBACIC ACID 提交 2001-08-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–340（340 aa）	未记录	4OX 4-OXODECANEDIOIC ACID × 8 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；AS FOR 1AW5 WITH 5MM 4-OXOSEBACIC ACID IN DROP, pH 8.00	分辨率 1.80 Å R-free 0.329
1H7N SCHIFF-BASE COMPLEX OF YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE WITH LAEVULINIC ACID AT 1.6 A RESOLUTION 提交 2001-07-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–342（342 aa）	未记录	SHF LAEVULINIC ACID × 8 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；AS FOR 1AW5 WITH 10MM LAEVULINIC ACID, pH 8.00	分辨率 1.60 Å R-free 0.265
1H7O SCHIFF-BASE COMPLEX OF YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE WITH 5-AMINOLAEVULINIC ACID AT 1.7 A RESOLUTION 提交 2001-07-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–341（341 aa）	未记录	DAV DELTA-AMINO VALERIC ACID × 8 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；AS FOR 1AW5, EXCEPT ENZYME WAS NOT GEL-FILTERED., pH 8.00	分辨率 1.75 Å R-free 0.353
1H7P SCHIFF-BASE COMPLEX OF YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE WITH 4-KETO-5-AMINO-HEXANOIC (KAH) AT 1.64 A RESOLUTION 提交 2001-07-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–342（342 aa）	未记录	KAH 5-AMINO-4-HYDROXYHEXANOIC ACID × 8 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；AS FOR 1AW5 WITH 1MM KAH PRESENT., pH 8.00	分辨率 1.64 Å R-free 0.301
1H7R SCHIFF-BASE COMPLEX OF YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE WITH SUCCINYLACETONE AT 2.0 A RESOLUTION. 提交 2001-07-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–342（342 aa）	未记录	SHU 4,6-DIOXOHEPTANOIC ACID × 8 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；AS FOR 1AW5 WITH 6MM SUCCINYLACETONE PRESENT., pH 8.00	分辨率 2.00 Å R-free 0.310
1OHL YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE PUTATIVE CYCLIC REACTION INTERMEDIATE COMPLEX 提交 2003-05-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–342（342 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 8 PBG 3-[5-(AMINOMETHYL)-4-(CARBOXYMETHYL)-1H-PYRROL-3-YL]PROPANOIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；AS FOR PDB ENTRY 1AW5, pH 8.00	分辨率 1.60 Å R-free 0.241
1QML Hg complex of yeast 5-aminolaevulinic acid dehydratase 提交 1999-10-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–342（342 aa）	未记录	HG MERCURY (II) ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；AS FOR 1AW5 WITH 1MM HGCL, pH 8.00	分辨率 3.00 Å R-free 0.330
1QNV yeast 5-aminolaevulinic acid dehydratase Lead (Pb) complex 提交 1999-10-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–342（342 aa）	未记录	PB LEAD (II) ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；AS FOR PDB ENTRY 1AW5 WITH 1MM LEAD ACETATE, pH 8.00	分辨率 2.50 Å R-free 0.379
1W31 YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE 5-HYDROXYLAEVULINIC ACID COMPLEX 提交 2004-07-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–342（342 aa）	未记录	SHO 5-HYDROXYLAEVULINIC ACID × 8 ZN ZINC ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；ENZYME CONCENTRATION 1 MG/ML, PH 7.0 - 8.5, BUFFER 0.2 M TRIS-HCL, PRECIPITANT PEG 6000 (<10%), 70 MICROMOLAR ZINC SULPHATE, 6 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, HANGING DROPS AS FOR PDB ENTRY 1AW5 WITH 10 MM 5-HYDROXYLAEVULINIC ACID IN DROP.	分辨率 1.90 Å R-free 0.249
1YLV SCHIFF-BASE COMPLEX OF YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE WITH LAEVULINIC ACID 提交 1999-02-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–342（342 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 SHF LAEVULINIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；AS FOR 1AW5 WITH 10MM LAEVULINIC ACID, pH 8.0	分辨率 2.15 Å R-free 0.265

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEM2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–340； UniProt 1–340

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1eb3
沉积日期 deposition_date	2001-07-18
结构标题 title	YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE 4,7-DIOXOSEBACIC ACID COMPLEX
关键词 keywords	DEHYDRATASE, ALDOLASE, TIM BARREL, TETRAPYRROLE SYNTHESIS; DEHYDRATASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.11 Å
零角强度 I(0) i0	24119100.00
分子量 molecular_weight	37738.0 kDa
排除体积 excluded_volume	47326 Å³
包络体积 envelope_volume	61518 Å³
水化壳体积 shell_volume	23336 Å³
包络直径 envelope_diameter	92.5 Å
壳层 Rg shell_rg	28.33 Å
包络 Rg envelope_rg	25.44 Å
形状 Rg shape_rg	22.12 Å
总 Rg total_rg	22.88 Å
总原子数 total_atoms	2652
残基数 n_residues	340
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4120e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24120000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7413
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.945
峰度 Kurtosis kurtosis	1.168
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6642000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.314; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.709; Smooth: 0.982

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE
分子量 formula_weight	37541.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.24
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3074

MHTAEFLETEPTEISSVLAGGYNHPLLRQWQSERQLTKNMLIFPLFISDNPDDFTEIDSLPNINRIGVNRLKDYLKPLVAKGLRSVILFGVPLIPGTKDPVGTAADDPAGPVIQGIKFIREYFPELYIICDVCLCEYTSHGHCGVLYDDGTINRERSVSRLAAVAVNYAKAGAHCVAPSDMIDGRIRDIKRGLINANLAHKTFVLSYAAKFSGNLYGPFRDAACSAPSNGDRKCYQLPPAGRGLARRALERDMSEGADGIIVKPSTFYLDIMRDASEICKDLPICAYHVSGEYAMLHAAAEKGVVDLKTIAFESHQGFLRAGARLIITYLAPEFLDWLDE

来源 Source

来源生物 organism	SACCHAROMYCES CEREVISIAE
通用名 common_name	;BAKER'S YEAST ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4,7-DIOXOSEBACIC ACID
分子量 formula_weight	230.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	402

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1eb3a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.3 — 5-aminolaevulinate dehydratase, ALAD (porphobilinogen synthase)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1eb3A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	104.300 Å
晶胞边长 b length_b	104.300 Å
晶胞边长 c length_c	167.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	36.300 Å
R 因子 r_factor	0.2390
R_work r_work	—
R_free r_free	0.3080

fit	/app/data/saxs_computation/eb/1eb3/1eb3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eb/1eb3/1eb3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eb/1eb3/1eb3.dat

YEAST 5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE 4,7-DIOXOSEBACIC ACID COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

5-AMINOLAEVULINIC ACID DEHYDRATASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction