SAXSdb — 1egw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A

Homo sapiens

UniProt Q02078

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–78 链 B； UniProt 2–78	片段：N-TERMINUS, RESIDUES 2-78	;DNA (5'-D(APAPAPGPCPTPAPTPTPAPTPTPAPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPAPGPCPTPAPAPTPAPAPTPAPGPCPTPT)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；PEG 6000, NaCl, Ba(NO3)2, sodium Acetate, Bis-tris buffer, DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.229
2	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 2–78 链 D； UniProt 2–78	片段：N-TERMINUS, RESIDUES 2-78	;DNA (5'-D(APAPAPGPCPTPAPTPTPAPTPTPAPGPCPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPAPAPGPCPTPAPAPTPAPAPTPAPGPCPTPT)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；PEG 6000, NaCl, Ba(NO3)2, sodium Acetate, Bis-tris buffer, DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.50 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1EGW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C7U Complex of the DNA binding core domain of the transcription factor MEF2A with a 20mer oligonucleotide 提交 2000-03-17	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–86（85 aa）片段：RESIDUES 2-86 链 B 2–86（85 aa）片段：RESIDUES 2-86	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；308 K	分辨率未提供
1LEW CRYSTAL STRUCTURE OF MAP KINASE P38 COMPLEXED TO THE DOCKING SITE ON ITS NUCLEAR SUBSTRATE MEF2A 提交 2002-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 269–280（12 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；PEG 8000, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.257
3KOV Structure of MEF2A bound to DNA reveals a completely folded MADS-box/MEF2 domain that recognizes DNA and recruits transcription co-factors 提交 2009-11-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–91（90 aa）链 B 2–91（90 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 4.7；291 K；50 mM acetic acid, 142mM NaCl, 5mM MgCl2, 10mM CaCl2, 3.3% Glycerol, 22.5% 3K PEG, pH 4.7, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.279
3KOV Structure of MEF2A bound to DNA reveals a completely folded MADS-box/MEF2 domain that recognizes DNA and recruits transcription co-factors 提交 2009-11-14	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 I 2–91（90 aa）链 J 2–91（90 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 4.7；291 K；50 mM acetic acid, 142mM NaCl, 5mM MgCl2, 10mM CaCl2, 3.3% Glycerol, 22.5% 3K PEG, pH 4.7, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.90 Å R-free 0.279
3MU6 Inhibiting the Binding of Class IIa Histone Deacetylases to Myocyte Enhancer Factor-2 by Small Molecules 提交 2010-05-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–72（71 aa）链 B 2–72（71 aa）	突变：E71A 突变：E71A	BXL (3E)-N~8~-(2-aminophenyl)-N~1~-phenyloct-3-enediamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 4.7；291 K；50 mM acetic acid, 142mM NaCl, 5mM MgCl2, 10mM CaCl2, 3.3% Glycerol, 22.5% 3K PEG, pH 4.7, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.43 Å R-free 0.251
3MU6 Inhibiting the Binding of Class IIa Histone Deacetylases to Myocyte Enhancer Factor-2 by Small Molecules 提交 2010-05-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–72（71 aa）链 D 2–72（71 aa）	突变：E71A 突变：E71A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 4.7；291 K；50 mM acetic acid, 142mM NaCl, 5mM MgCl2, 10mM CaCl2, 3.3% Glycerol, 22.5% 3K PEG, pH 4.7, hanging drop, temperature 291K	分辨率 2.43 Å R-free 0.251
3P57 Crystal structure of the p300 TAZ2 domain bound to MEF2 on DNA 提交 2010-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：tridecameric	链 A 2–91（90 aa）片段：N terminal domain (UNP residues 2-91) 链 B 2–91（90 aa）片段：N terminal domain (UNP residues 2-91) 链 C 2–91（90 aa）片段：N terminal domain (UNP residues 2-91) 链 D 2–91（90 aa）片段：N terminal domain (UNP residues 2-91) 链 I 2–91（90 aa）片段：N terminal domain (UNP residues 2-91) 链 J 2–91（90 aa）片段：N terminal domain (UNP residues 2-91)	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；288 K；16% PEG 1000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.19 Å R-free 0.272
6BYY MEF2 CHIMERA/DNA Complex 提交 2017-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–64（64 aa）链 A 92–95（4 aa）链 B 1–64（64 aa）链 B 92–95（4 aa）	未记录	1PG 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M HAc pH 4.7, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 5 mM MgCl2 and 28% PEG 400	分辨率 2.30 Å R-free 0.266
6BYY MEF2 CHIMERA/DNA Complex 提交 2017-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–64（64 aa）链 C 92–95（4 aa）链 D 1–64（64 aa）链 D 92–95（4 aa）	未记录	TCE 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.1 M HAc pH 4.7, 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 5 mM MgCl2 and 28% PEG 400	分辨率 2.30 Å R-free 0.266
6BZ1 MEF2 Chimera D83V mutant/DNA complex 提交 2017-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–64（64 aa）链 C 92–95（4 aa）链 D 1–64（64 aa）链 D 92–95（4 aa）	突变：D83V 突变：D83V 突变：D83V 突变：D83V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1M MES pH 5.94, 0.2 M NaCl and 18% PEG2000MME	分辨率 2.97 Å R-free 0.190
6BZ1 MEF2 Chimera D83V mutant/DNA complex 提交 2017-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–64（64 aa）链 A 92–95（4 aa）链 B 1–64（64 aa）链 B 92–95（4 aa）	突变：D83V 突变：D83V 突变：D83V 突变：D83V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1M MES pH 5.94, 0.2 M NaCl and 18% PEG2000MME	分辨率 2.97 Å R-free 0.190
6WC2 Crystal Structure of a Ternary MEF2 Chimera/NKX2-5/myocardin enhancer DNA Complex 提交 2020-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 1–72（72 aa）链 A 92–95（4 aa）链 B 1–72（72 aa）链 B 92–95（4 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
6WC2 Crystal Structure of a Ternary MEF2 Chimera/NKX2-5/myocardin enhancer DNA Complex 提交 2020-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 C 1–72（72 aa）链 C 92–95（4 aa）链 D 1–72（72 aa）链 D 92–95（4 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.225
6WC2 Crystal Structure of a Ternary MEF2 Chimera/NKX2-5/myocardin enhancer DNA Complex 提交 2020-03-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 I 1–72（72 aa）链 I 92–95（4 aa）链 J 1–72（72 aa）链 J 92–95（4 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.15 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.225

共 8 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEF2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–77； UniProt 2–78 作者链 B； PDB构建体 1–77； UniProt 2–78 作者链 C； PDB构建体 1–77； UniProt 2–78 作者链 D； PDB构建体 1–77； UniProt 2–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1egw
沉积日期 deposition_date	2000-02-17
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF MEF2A CORE BOUND TO DNA
关键词 keywords	MADS-box transcription factor, DNA-protein complex, transcription/DNA, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.26 Å
零角强度 I(0) i0	70050300.00
分子量 molecular_weight	53671.0 kDa
排除体积 excluded_volume	61997 Å³
包络体积 envelope_volume	82547 Å³
水化壳体积 shell_volume	25960 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.49 Å
包络 Rg envelope_rg	27.03 Å
形状 Rg shape_rg	27.25 Å
总 Rg total_rg	27.84 Å
总原子数 total_atoms	3682
残基数 n_residues	354
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0050e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	70050000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9007
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.332
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.505
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2928000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.900

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APAPAPGPCPTPAPTPTPAPTPTPAPGPCPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5200.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,H
原子数 atom_count	5926

AAAGCTATTATTAGCTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPAPAPGPCPTPAPAPTPAPAPTPAPGPCPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	5209.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,G

TAAGCTAATAATAGCTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A
分子量 formula_weight	9155.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D

GRKKIQITRIMDERNRQVTFTKRKFGLMKKAYELSVLCDCEIALIIFNSSNKLFQYASTDMDKVLLKYTEYNEPHES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	656

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1egwa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1egwb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1egwc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1egwd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1egwA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1egwB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1egwC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1egwD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.371 Å
晶胞边长 b length_b	60.696 Å
晶胞边长 c length_c	63.987 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	115.18 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2060
R_free r_free	0.2290

fit	/app/data/saxs_computation/eg/1egw/1egw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eg/1egw/1egw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eg/1egw/1egw.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF MEF2A CORE BOUND TO DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MADS BOX TRANSCRIPTION ENHANCER FACTOR 2, POLYPEPTIDE A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)