SAXSdb — 1ej9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA TOPOISOMERASE I

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 203–765	片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 203-765 突变：Y723F	;DNA (5'-D(CAPAPAPAPAPGPAPCPTPCPAPGPAPAPAPAPAPTPTPTPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CAPAPAPAPAPTPTPTPTPTPCPTPGPAPGPTPCPTPTPTPTPT)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；295 K；27% PEG 400, 145 mM MgCl2, 20 mM MES pH 6.8, 5 mM Tris pH 8.0, 30 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.60 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1EJ9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A35 HUMAN TOPOISOMERASE I/DNA COMPLEX 提交 1998-01-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 175–765（591 aa）片段：CORE DOMAIN AND C-TERMINAL DOMAIN	突变：Y723F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；295 K；pH 7.70, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.00K	分辨率 2.50 Å R-free 0.308
1A36 TOPOISOMERASE I/DNA COMPLEX 提交 1998-01-29	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 174–765（592 aa）片段：CORE DOMAIN AND C-TERMINAL DOMAIN	突变：Y723F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.7；pH 7.70	分辨率 2.80 Å R-free 0.312
1K4S HUMAN DNA TOPOISOMERASE I IN COVALENT COMPLEX WITH A 22 BASE PAIR DNA DUPLEX 提交 2001-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 174–765（592 aa）片段：Core Domain and C-Terminal Domain, Residues 174-765	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；289 K；PEG 8000, Tris-HCl, Na/K Phosphate, KCl, DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 3.20 Å R-free 0.222
1K4T HUMAN DNA TOPOISOMERASE I (70 KDA) IN COMPLEX WITH THE POISON TOPOTECAN AND COVALENT COMPLEX WITH A 22 BASE PAIR DNA DUPLEX 提交 2001-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 174–765（592 aa）片段：Core Domain and C-Terminal Domain, Residues 174-765	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TTG 2-(1-DIMETHYLAMINOMETHYL-2-HYDROXY-8-HYDROXYMETHYL-9-OXO-9,11-DIHYDRO-INDOLIZINO[1,2-B]QUINOLIN-7-YL)-2-HYDROXY-BUTYRIC ACID × 1 TTC (S)-10-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]-4-ETHYL-4,9-DIHYDROXY-1H-PYRANO[3',4':6,7]INOLIZINO[1,2-B]-QUINOLINE-3,14(4H,12H)-DIONE × 1 HG MERCURY (II) ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；289 K；PEG 8000, Ammonium Sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 2.10 Å R-free 0.269
1LPQ Human DNA Topoisomerase I (70 Kda) In Non-Covalent Complex With A 22 Base Pair DNA Duplex Containing an 8-oxoG Lesion 提交 2002-05-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 202–765（564 aa）	突变：Y723F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；Tris-HCl, MES, PEG 400, Magnesium chloride, dithiothreitol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.14 Å R-free 0.298
1NH3 Human Topoisomerase I Ara-C Complex 提交 2002-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 203–764（562 aa）片段：Core Subdomain, C-Terminal Domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.7；276 K；Tris, Magnesium Chloride, PEG 400, DTT, pH 7.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 276K	分辨率 3.10 Å R-free 0.311
1R49 Human topoisomerase I (Topo70) double mutant K532R/Y723F 提交 2003-10-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 174–765（592 aa）片段：Topo70	突变：K532R, Y723F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；PEG 3350 MME, Magnesium chloride, MES, TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.13 Å R-free 0.339
1RR8 Structural Mechanisms of Camptothecin Resistance by Mutations in Human Topoisomerase I 提交 2003-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 203–765（563 aa）	突变：F361S,Q634R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TTG 2-(1-DIMETHYLAMINOMETHYL-2-HYDROXY-8-HYDROXYMETHYL-9-OXO-9,11-DIHYDRO-INDOLIZINO[1,2-B]QUINOLIN-7-YL)-2-HYDROXY-BUTYRIC ACID × 1 TTC (S)-10-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]-4-ETHYL-4,9-DIHYDROXY-1H-PYRANO[3',4':6,7]INOLIZINO[1,2-B]-QUINOLINE-3,14(4H,12H)-DIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；PEG 8000, 200mM Lithium Sulfate, 100mM Mes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
1RRJ Structural Mechanisms of Camptothecin Resistance by Mutations in Human Topoisomerase I 提交 2003-12-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 201–765（565 aa）	突变：Asn722Ser 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TTG 2-(1-DIMETHYLAMINOMETHYL-2-HYDROXY-8-HYDROXYMETHYL-9-OXO-9,11-DIHYDRO-INDOLIZINO[1,2-B]QUINOLIN-7-YL)-2-HYDROXY-BUTYRIC ACID × 1 TTC (S)-10-[(DIMETHYLAMINO)METHYL]-4-ETHYL-4,9-DIHYDROXY-1H-PYRANO[3',4':6,7]INOLIZINO[1,2-B]-QUINOLINE-3,14(4H,12H)-DIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；289 K；PEG8000, 200mM lithium sulfate, 100mM Mes, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.30 Å R-free 0.278
1SC7 Human DNA Topoisomerase I (70 Kda) In Complex With The Indenoisoquinoline MJ-II-38 and Covalent Complex With A 22 Base Pair DNA Duplex 提交 2004-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 174–765（592 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	M38 4-(5,11-DIOXO-5H-INDENO[1,2-C]ISOQUINOLIN-6(11H)-YL)BUTANOATE × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；289 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 3.00 Å R-free 0.285
1SEU Human DNA Topoisomerase I (70 Kda) In Complex With The Indolocarbazole SA315F and Covalent Complex With A 22 Base Pair DNA Duplex 提交 2004-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 174–765（592 aa）	突变：Asn722Ser 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SA3 2,10-DIHYDROXY-12-(BETA-D-GLUCOPYRANOSYL)-6,7,12,13-TETRAHYDROINDOLO[2,3-A]PYRROLO[3,4-C]CARBAZOLE-5,7-DIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；289 K；PEG 8000, AMMONIUM SULFATE, MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1T8I Human DNA Topoisomerase I (70 Kda) In Complex With The Poison Camptothecin and Covalent Complex With A 22 Base Pair DNA Duplex 提交 2004-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 174–765（592 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	EHD 4-ETHYL-4-HYDROXY-1,12-DIHYDRO-4H-2-OXA-6,12A-DIAZA-DIBENZO[B,H]FLUORENE-3,13-DIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；289 K；PEG 8000, ammonium sulfate, MES, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 3.00 Å R-free 0.292
1TL8 Human DNA topoisomerase I (70 kDa) in complex with the indenoisoquinoline AI-III-52 and covalent complex with a 22 base pair DNA duplex 提交 2004-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 174–765（592 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AI3 2,3-DIMETHOXY-12H-[1,3]DIOXOLO[5,6]INDENO[1,2-C]ISOQUINOLIN-6-IUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；289 K；PEG 8000, MES, Ammonium Sulfate, pH 6.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 3.10 Å R-free 0.305

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TOP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–563； UniProt 203–765

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ej9
沉积日期 deposition_date	2000-03-01
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TOPOISOMERASE I DNA COMPLEX
关键词 keywords	protein-dna complex, type I topoisomerase, human, ISOMERASE-DNA COMPLEX; ISOMERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.09 Å
零角强度 I(0) i0	96354900.00
分子量 molecular_weight	69773.0 kDa
排除体积 excluded_volume	84138 Å³
包络体积 envelope_volume	107130 Å³
水化壳体积 shell_volume	33891 Å³
包络直径 envelope_diameter	84.8 Å
壳层 Rg shell_rg	33.72 Å
包络 Rg envelope_rg	26.01 Å
形状 Rg shape_rg	26.09 Å
总 Rg total_rg	26.78 Å
总原子数 total_atoms	4862
残基数 n_residues	527
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	96360000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9097
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	77.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.189
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.464
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10680000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.983

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CAPAPAPAPAPGPAPCPTPCPAPGPAPAPAPAPAPTPTPTPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	7064.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	5215

CAAAAAGACTCAGAAAAATTTTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CAPAPAPAPAPTPTPTPTPTPCPTPGPAPGPTPCPTPTPTPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	7010.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CAAAAATTTTTCTGAGTCTTTTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA TOPOISOMERASE I
分子量 formula_weight	66593.8 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.2
突变 mutation	Y723F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

WKWWEEERYPEGIKWKFLEHKGPVFAPPYEPLPENVKFYYDGKVMKLSPKAEEVATFFAKMLDHEYTTKEIFRKNFFKDWRKEMTNEEKNIITNLSKCDFTQMSQYFKAQTEARKQMSKEEKLKIKEENEKLLKEYGFCIMDNHKERIANFKIEPPGLFRGRGNHPKMGMLKRRIMPEDIIINCSKDAKVPSPPPGHKWKEVRHDNKVTWLVSWTENIQGSIKYIMLNPSSRIKGEKDWQKYETARRLKKCVDKIRNQYREDWKSKEMKVRQRAVALYFIDKLALRAGNEKEEGETADTVGCCSLRVEHINLHPELDGQEYVVEFDFLGKDSIRYYNKVPVEKRVFKNLQLFMENKQPEDDLFDRLNTGILNKHLQDLMEGLTAKVFRTYNASITLQQQLKELTAPDENIPAKILSYNRANRAVAILCNHQIAPPKTFEKSMMNLQTKIDAKKEQLADARRDLKSAKADAKVMKDAKTKKVVESKKKAVQRLEEQLMKLEVQATDREENKQIALGTSKLNFLDPRITVAWCKKWGVPIEKIYNKTQREKFAWAIDMADEDYEF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	353

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ej9a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.163 — DNA breaking-rejoining enzymes
超家族 Superfamily superfamily	d.163.1 — DNA breaking-rejoining enzymes
家族 Family family	d.163.1.2 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, catalytic core

结构域编号 domain_id	d1ej9a2
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.15 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment
超家族 Superfamily superfamily	e.15.1 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment
家族 Family family	e.15.1.1 — Eukaryotic DNA topoisomerase I, N-terminal DNA-binding fragment

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1ej9A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	41 — Yeast DNA topoisomerase - domain 1

结构域编号 domain_id	1ej9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	11 — DNA Topoisomerase I; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Topoisomerase I, domain 2

结构域编号 domain_id	1ej9A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Topoisomerase I; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase I; Chain A, domain 3

结构域编号 domain_id	1ej9A04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.980 Å
晶胞边长 b length_b	124.920 Å
晶胞边长 c length_c	72.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.84 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2810

fit	/app/data/saxs_computation/ej/1ej9/1ej9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ej/1ej9/1ej9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ej/1ej9/1ej9.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN TOPOISOMERASE I DNA COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA TOPOISOMERASE I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)