SAXSdb — 1eof

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POTASSIUM CHANNEL KV1.1

Aplysia californica

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 66–165	片段：SHAKER T1 DOMAIN 突变：N136A	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；30% Isopropanol, .1 M Hepes 7.5, .2 M MgCl2, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.38 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1EOF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A68 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TETRAMERIZATION DOMAIN OF THE SHAKER POTASSIUM CHANNEL 提交 1998-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 66–159（94 aa）片段：TETRAMERIZATION DOMAIN	突变：INSERTED MET AT N-TERMINUS	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 7-8% PEG8000, 300 MM NACL, 200MM MGCL2, 20 MM TRIS, PH 8.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
1EOD CRYSTAL STRUCTURE OF THE N136D MUTANT OF A SHAKER T1 DOMAIN 提交 2000-03-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–165（100 aa）片段：SHAKER T1 DOMAIN	突变：N136D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；30% Isopropanol, .1 M Hepes 7.5. .2 M MgCl2,, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.45 Å R-free 0.234
1EOE CRYSTAL STRUCTURE OF THE V135R MUTANT OF A SHAKER T1 DOMAIN 提交 2000-03-22	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 66–165（100 aa）片段：SHAKER T1 DOMAIN	突变：V135R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；30% Isopropanol, .1 M Hepes 7.5, .2 M MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 1.70 Å R-free 0.249
1T1D CRYSTAL STRUCTURE OF THE TETRAMERIZATION DOMAIN OF THE SHAKER POTASSIUM CHANNEL 提交 1998-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 66–165（100 aa）片段：TETRAMERIZATION DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；24% ISOPROPANOL, .2M MGCL2, .1 M HEPES PH 7.5, 1MM DTT	分辨率 1.51 Å R-free 0.249

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q16968_APLCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–100； UniProt 66–165

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1eof
沉积日期 deposition_date	2000-03-22
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE N136A MUTANT OF A SHAKER T1 DOMAIN
关键词 keywords	POTASSIUM CHANNELS, APLYSIA KV1.1, PROTON TRANSPORT, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.33 Å
零角强度 I(0) i0	2871980.00
分子量 molecular_weight	11863.0 kDa
排除体积 excluded_volume	14839 Å³
包络体积 envelope_volume	16423 Å³
水化壳体积 shell_volume	10762 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.5 Å
壳层 Rg shell_rg	18.71 Å
包络 Rg envelope_rg	13.59 Å
形状 Rg shape_rg	13.29 Å
总 Rg total_rg	14.62 Å
总原子数 total_atoms	844
残基数 n_residues	100
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.8 Å
Rg (实空间) rg_real	14.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8720e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9490e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2872000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8750
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.197
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.255
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	381300.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.794; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1eofa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.42 — POZ domain
超家族 Superfamily superfamily	d.42.1 — POZ domain
家族 Family family	d.42.1.2 — Tetramerization domain of potassium channels

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1eofA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.384 Å
晶胞边长 b length_b	59.384 Å
晶胞边长 c length_c	146.894 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.380 Å
最低分辨率 resolution_low	14.900 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2640

描述 description	POTASSIUM CHANNEL KV1.1
分子量 formula_weight	12054.4 kDa
突变 mutation	N136A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	886

CRYSTAL STRUCTURE OF THE N136A MUTANT OF A SHAKER T1 DOMAIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POTASSIUM CHANNEL KV1.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Aplysia californica
通用名 common_name	California sea hare
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6500
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	42

fit	/app/data/saxs_computation/eo/1eof/1eof.fit
pddf	/app/data/pr_computation/eo/1eof/1eof.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/eo/1eof/1eof.dat