1f6m

CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THIOREDOXIN REDUCTASE, THIOREDOXIN, AND THE NADP+ ANALOG, AADP+

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

THIOREDOXIN REDUCTASE

Escherichia coli

UniProt P0A9P4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–320 链 B; UniProt 1–320 突变:C135S THIOREDOXIN 1 × 2 (P0AA25) FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 3AA 3-AMINOPYRIDINE-ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;295 K;cacodylate, ammonium sulfate, PEG 3350, 3-aminopyridine adenine dinucleotide phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.95 Å R-free 0.247
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–320 链 F; UniProt 1–320 突变:C135S THIOREDOXIN 1 × 2 (P0AA25) FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 3AA 3-AMINOPYRIDINE-ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;295 K;cacodylate, ammonium sulfate, PEG 3350, 3-aminopyridine adenine dinucleotide phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.95 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRXB_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–320; UniProt 1–320 作者链 B; PDB构建体 1–320; UniProt 1–320 作者链 E; PDB构建体 1–320; UniProt 1–320 作者链 F; PDB构建体 1–320; UniProt 1–320

THIOREDOXIN 1

Escherichia coli

UniProt P0AA25

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–108 链 D; UniProt 1–108 突变:C35S THIOREDOXIN REDUCTASE × 2 (P0A9P4) FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 3AA 3-AMINOPYRIDINE-ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;295 K;cacodylate, ammonium sulfate, PEG 3350, 3-aminopyridine adenine dinucleotide phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.95 Å R-free 0.247
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–108 链 H; UniProt 1–108 突变:C35S THIOREDOXIN REDUCTASE × 2 (P0A9P4) FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 3AA 3-AMINOPYRIDINE-ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;295 K;cacodylate, ammonium sulfate, PEG 3350, 3-aminopyridine adenine dinucleotide phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K 分辨率 2.95 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 52 个其他 PDB 条目、99 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 THIO_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 D; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 G; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108 作者链 H; PDB构建体 1–108; UniProt 1–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1f6m

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1f6m
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1f6m
沉积日期 deposition_date2000-06-22
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THIOREDOXIN REDUCTASE, THIOREDOXIN, AND THE NADP+ ANALOG, AADP+
关键词 keywordsALTERNATE CONFORMATION, TERNARY COMPLEX, DOMAIN MOTION, redox-active center, NADP, FAD, electron transport, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.88
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.87
零角强度 I(0) i0577091000.00
分子量 molecular_weight190480.0 kDa
排除体积 excluded_volume235870 ų
包络体积 envelope_volume305530 ų
水化壳体积 shell_volume62642 ų
包络直径 envelope_diameter135.1
壳层 Rg shell_rg45.61
包络 Rg envelope_rg40.56
形状 Rg shape_rg40.90
总 Rg total_rg41.01
总原子数 total_atoms13376
残基数 n_residues1712
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.1
Rg (实空间) rg_real40.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96
I(0) (实空间) i0_real5.7710e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal577100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8673
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary45.6
偏度 Skewness skewness0.316
峰度 Kurtosis kurtosis-0.344
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66000000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.951; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.418

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd1f6ma1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd1f6ma2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd1f6mb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd1f6mb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd1f6mc_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.1 — Thioltransferase
结构域编号 domain_idd1f6md_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.1 — Thioltransferase
结构域编号 domain_idd1f6me1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd1f6me2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd1f6mf1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd1f6mf2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd1f6mg_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.1 — Thioltransferase
结构域编号 domain_idd1f6mh_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.1 — Thioltransferase

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id1f6mA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1f6mA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1f6mB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1f6mB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1f6mC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id1f6mD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id1f6mE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1f6mE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1f6mF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1f6mF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id1f6mG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id1f6mH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)