SAXSdb — 1f7u

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARGINYL-TRNA SYNTHETASE

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 单体蛋白 × 1 RNA 1 PDB 声明：dimeric（2）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–607	未记录	TRNA(ARG) × 1 SO4 SULFATE ION × 1 ARG ARGININE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；2.0 M (NH4)2SO4, hexanediol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1F7U	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BS2 YEAST ARGINYL-TRNA SYNTHETASE 提交 1998-08-31	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–607（607 aa）	未记录	ARG ARGININE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；AMMONIUM SULFATE 2.45 M, 100MM TRIS-HCL, PH 7.0 AT 290K	分辨率 2.75 Å R-free 0.269
1F7V CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ARGINYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH THE TRNAARG 提交 2000-06-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1–607（607 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；2.1 M (NH4)2SO4, hexanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.245

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYRC_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–607； UniProt 1–607

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1f7u
沉积日期 deposition_date	2000-06-28
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE ARGINYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH THE TRNA(ARG) AND L-ARG
关键词 keywords	RNA-protein complex, aminoacylation, Arginyl-tRNA synthetase, ligase, LIGASE-RNA COMPLEX; LIGASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.81 Å
零角强度 I(0) i0	193099000.00
分子量 molecular_weight	94373.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111100 Å³
包络体积 envelope_volume	143070 Å³
水化壳体积 shell_volume	40521 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.93 Å
包络 Rg envelope_rg	28.81 Å
形状 Rg shape_rg	28.80 Å
总 Rg total_rg	29.47 Å
总原子数 total_atoms	6538
残基数 n_residues	670
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.0 Å
Rg (实空间) rg_real	29.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	193100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9016
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	37.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.409
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	26110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.915

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRNA(ARG)
分子量 formula_weight	24573.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	7126

UUCCUCGUGGCCCAAUGGUCACGGCGUCUGGCUICGAACCAGAAGAUUCCAGGUUCAAGUCCUGGCGGGGAAGCCA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ARGINYL-TRNA SYNTHETASE
分子量 formula_weight	69617.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MASTANMISQLKKLSIAEPAVAKDSHPDVNIVDLMRNYISQELSKISGVDSSLIFPALEWTNTMERGDLLIPIPRLRIKGANPKDLAVQWAEKFPCGDFLEKVEANGPFIQFFFNPQFLAKLVIPDILTRKEDYGSCKLVENKKVIIEFSSPNIAKPFHAGHLRSTIIGGFLANLYEKLGWEVIRMNYLGDWGKQFGLLAVGFERYGNEEALVKDPIHHLFDVYVRINKDIEEEGDSIPLEQSTNGKAREYFKRMEDGDEEALKIWKRFREFSIEKYIDTYARLNIKYDVYSGESQVSKESMLKAIDLFKEKGLTHEDKGAVLIDLTKFNKKLGKAIVQKSDGTTLYLTRDVGAAMDRYEKYHFDKMIYVIASQQDLHAAQFFEILKQMGFEWAKDLQHVNFGMVQGMSTRKGTVVFLDNILEETKEKMHEVMKKNENKYAQIEHPEEVADLVGISAVMIQDMQGKRINNYEFKWERMLSFEGDTGPYLQYAHSRLRSVERNASGITQEKWINADFSLLKEPAAKLLIRLLGQYPDVLRNAIKTHEPTTVVTYLFKLTHQVSSCYDVLWVAGQTEELATARLALYGAARQVLYNGMRLLGLTPVERM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ARGININE
分子量 formula_weight	175.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	588

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1f7ua1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.27 — Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases
超家族 Superfamily superfamily	a.27.1 — Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases
家族 Family family	a.27.1.1 — Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases

结构域编号 domain_id	d1f7ua2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1f7ua3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.67 — RRF/tRNA synthetase additional domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.67.2 — Arginyl-tRNA synthetase (ArgRS), N-terminal 'additional' domain
家族 Family family	d.67.2.1 — Arginyl-tRNA synthetase (ArgRS), N-terminal 'additional' domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1f7uA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1f7uA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	730 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1

结构域编号 domain_id	1f7uA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	129.646 Å
晶胞边长 b length_b	107.472 Å
晶胞边长 c length_c	71.379 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	14.980 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2330

fit	/app/data/saxs_computation/f7/1f7u/1f7u.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f7/1f7u/1f7u.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f7/1f7u/1f7u.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE ARGINYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH THE TRNA(ARG) AND L-ARG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARGINYL-TRNA SYNTHETASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)