SAXSdb — 1f7v

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARGINYL-TRNA SYNTHETASE

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 1	TRNA(ARG) × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SYRC_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–607； UniProt 1–607

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1f7v
沉积日期 deposition_date	2000-06-28
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ARGINYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH THE TRNAARG
关键词 keywords	tRNA-protein complex, aminoacylation, arginyl-tRNA synthetase, LIGASE-RNA COMPLEX; LIGASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1f7v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1f7v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1f7v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.19 Å
Rg（电子密度）	28.67 Å
总 Rg	29.34 Å
原子数	6459
残基数	667
排除体积	109950 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1f7v__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TRNA(ARG)
分子量 formula_weight	24573.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	6503

UUCCUCGUGGCCCAAUGGUCACGGCGUCUGGCUICGAACCAGAAGAUUCCAGGUUCAAGUCCUGGCGGGGAAGCCA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ARGINYL-TRNA SYNTHETASE
分子量 formula_weight	69617.9 kDa
EC 编号 ec_number	6.1.1.19
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MASTANMISQLKKLSIAEPAVAKDSHPDVNIVDLMRNYISQELSKISGVDSSLIFPALEWTNTMERGDLLIPIPRLRIKGANPKDLAVQWAEKFPCGDFLEKVEANGPFIQFFFNPQFLAKLVIPDILTRKEDYGSCKLVENKKVIIEFSSPNIAKPFHAGHLRSTIIGGFLANLYEKLGWEVIRMNYLGDWGKQFGLLAVGFERYGNEEALVKDPIHHLFDVYVRINKDIEEEGDSIPLEQSTNGKAREYFKRMEDGDEEALKIWKRFREFSIEKYIDTYARLNIKYDVYSGESQVSKESMLKAIDLFKEKGLTHEDKGAVLIDLTKFNKKLGKAIVQKSDGTTLYLTRDVGAAMDRYEKYHFDKMIYVIASQQDLHAAQFFEILKQMGFEWAKDLQHVNFGMVQGMSTRKGTVVFLDNILEETKEKMHEVMKKNENKYAQIEHPEEVADLVGISAVMIQDMQGKRINNYEFKWERMLSFEGDTGPYLQYAHSRLRSVERNASGITQEKWINADFSLLKEPAAKLLIRLLGQYPDVLRNAIKTHEPTTVVTYLFKLTHQVSSCYDVLWVAGQTEELATARLALYGAARQVLYNGMRLLGLTPVERM

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	44

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1f7va1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.27 — Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases
超家族 Superfamily superfamily	a.27.1 — Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases
家族 Family family	a.27.1.1 — Anticodon-binding domain of a subclass of class I aminoacyl-tRNA synthetases

结构域编号 domain_id	d1f7va2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.26 — Adenine nucleotide alpha hydrolase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.26.1 — Nucleotidylyl transferase
家族 Family family	c.26.1.1 — Class I aminoacyl-tRNA synthetases (RS), catalytic domain

结构域编号 domain_id	d1f7va3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.67 — RRF/tRNA synthetase additional domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.67.2 — Arginyl-tRNA synthetase (ArgRS), N-terminal 'additional' domain
家族 Family family	d.67.2.1 — Arginyl-tRNA synthetase (ArgRS), N-terminal 'additional' domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1f7vA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — HUPs

结构域编号 domain_id	1f7vA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	730 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isoleucyl-tRNA Synthetase; Domain 1

结构域编号 domain_id	1f7vA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Arginyl tRNA synthetase N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	107.721 Å
晶胞边长 b length_b	129.606 Å
晶胞边长 c length_c	184.006 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	24.870 Å
R 因子 r_factor	0.1940
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2450

CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ARGINYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH THE TRNAARG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARGINYL-TRNA SYNTHETASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1f7v__assembly_1__model_1

1f7v__assembly_1__model_1 | I(q)

1f7v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)

CRYSTAL STRUCTURE OF YEAST ARGINYL-TRNA SYNTHETASE COMPLEXED WITH THE TRNAARG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARGINYL-TRNA SYNTHETASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1f7v__assembly_1__model_1

1f7v__assembly_1__model_1 | I(q)

1f7v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)