SAXSdb — 1f9f

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1f9f
沉积日期 deposition_date	2000-07-10
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE HPV-18 E2 DNA-BINDING DOMAIN
关键词 keywords	Dimeric beta barrel, activator, DNA-binding, trans-acting factor, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.91 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.63 Å
零角强度 I(0) i0	21986500.00
分子量 molecular_weight	35047.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43545 Å³
包络体积 envelope_volume	54080 Å³
水化壳体积 shell_volume	19273 Å³
包络直径 envelope_diameter	88.4 Å
壳层 Rg shell_rg	30.25 Å
包络 Rg envelope_rg	25.63 Å
形状 Rg shape_rg	25.63 Å
总 Rg total_rg	26.18 Å
总原子数 total_atoms	2461
残基数 n_residues	311
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8209
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.512
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.449
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5042000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.709; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.681; Smooth: 0.859

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Regulatory protein E2
分子量 formula_weight	9589.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	2560

GSHMTPIIHLKGDRNSLKCLRYRLRKHSDHYRDISSTWHWTGAGNEKTGILTVTYHSETQRTKFLNTVAIPDSVQILVGYMTM

来源 Source

来源生物 organism	Human papillomavirus type 18
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	333761
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1f9fa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.8 — Viral DNA-binding domain
家族 Family family	d.58.8.1 — Viral DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1f9fa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1f9fb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.8 — Viral DNA-binding domain
家族 Family family	d.58.8.1 — Viral DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1f9fb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1f9fc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.8 — Viral DNA-binding domain
家族 Family family	d.58.8.1 — Viral DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1f9fc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1f9fd1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.8 — Viral DNA-binding domain
家族 Family family	d.58.8.1 — Viral DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d1f9fd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1f9fA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	1f9fB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	1f9fC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	1f9fD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.500 Å
晶胞边长 b length_b	46.800 Å
晶胞边长 c length_c	161.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.520 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2940

fit	/app/data/saxs_computation/f9/1f9f/1f9f.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f9/1f9f/1f9f.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f9/1f9f/1f9f.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HPV-18 E2 DNA-BINDING DOMAIN

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 non-polymer

Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)