1fft

The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUINOL OXIDASE

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ1） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ3） UBIQUINOL OXIDASE × 1 COPPER (II) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME O × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ1） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ3） UBIQUINOL OXIDASE × 1 COPPER (II) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME O × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYOB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–663； UniProt 1–663 作者链 F； PDB构建体 1–663； UniProt 1–663

UBIQUINOL OXIDASE

Escherichia coli

UniProt P0ABJ1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABI8） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ3） UBIQUINOL OXIDASE × 1 COPPER (II) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME O × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABI8） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ3） UBIQUINOL OXIDASE × 1 COPPER (II) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME O × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYOA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315 作者链 G； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315

UBIQUINOL OXIDASE

Escherichia coli

UniProt P0ABJ3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABI8） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ1） UBIQUINOL OXIDASE × 1 COPPER (II) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME O × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABI8） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ1） UBIQUINOL OXIDASE × 1 COPPER (II) ION × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEME O × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYOC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 25–204； UniProt 25–204 作者链 H； PDB构建体 25–204； UniProt 25–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fft
沉积日期 deposition_date	2000-07-26
结构标题 title	The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli
关键词 keywords	ELECTRON TRANSPORT, CYTOCHROME OXIDASE, MEMBRANE PROTEIN, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1fft__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1fft__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1fft__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.13 Å
Rg（电子密度）	30.86 Å
总 Rg	31.58 Å
原子数	8068
残基数	1052
排除体积	146100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1fft__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1fft__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UBIQUINOL OXIDASE
分子量 formula_weight	74424.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	16136

MFGKLSLDAVPFHEPIVMVTIAGIILGGLALVGLITYFGKWTYLWKEWLTSVDHKRLGIMYIIVAIVMLLRGFADAIMMRSQQALASAGEAGFLPPHHYDQIFTAHGVIMIFFVAMPFVIGLMNLVVPLQIGARDVAFPFLNNLSFWFTVVGVILVNVSLGVGEFAQTGWLAYPPLSGIEYSPGVGVDYWIWSLQLSGIGTTLTGINFFVTILKMRAPGMTMFKMPVFTWASLCANVLIIASFPILTVTVALLTLDRYLGTHFFTNDMGGNMMMYINLIWAWGHPEVYILILPVFGVFSEIAATFSRKRLFGYTSLVWATVCITVLSFIVWLHHFFTMGAGANVNAFFGITTMIIAIPTGVKIFNWLFTMYQGRIVFHSAMLWTIGFIVTFSVGGMTGVLLAVPGADFVLHNSLFLIAHFHNVIIGGVVFGCFAGMTYWWPKAFGFKLNETWGKRAFWFWIIGFFVAFMPLYALGFMGMTRRLSQQIDPQFHTMLMIAASGAVLIALGILCLVIQMYVSIRDRDQNRDLTGDPWGGRTLEWATSSPPPFYNFAVVPHVHERDAFWEMKEKGEAYKKPDHYEEIHMPKNSGAGIVIAAFSTIFGFAMIWHIWWLAIVGFAGMIITWIVKSFDEDVDYYVPVAEIEKLENQHFDEITKAGLKNGN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	UBIQUINOL OXIDASE
分子量 formula_weight	34947.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MRLRKYNKSLGWLSLFAGTVLLSGCNSALLDPKGQIGLEQRSLILTAFGLMLIVVIPAILMAVGFAWKYRASNKDAKYSPNWSHSNKVEAVVWTVPILIIIFLAVLTWKTTHALEPSKPLAHDEKPITIEVVSMDWKWFFIYPEQGIATVNEIAFPANTPVYFKVTSNSVMNSFFIPRLGSQIYAMAGMQTRLHLIANEPGTYDGISASYSGPGFSGMKFKAIATPDRAAFDQWVAKAKQSPNTMSDMAAFEKLAAPSEYNQVEYFSNVKPDLFADVINKFMAHGKSMDMTQPEGEHSAHEGMEGMDMSHAESAH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	UBIQUINOL OXIDASE
分子量 formula_weight	22642.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

MATDTLTHATAHAHEHGHHDAGGTKIFGFWIYLMSDCILFSILFATYAVLVNGTAGGPTGKDIFELPFVLVETFLLLFSSITYGMAAIAMYKNNKSQVISWLALTWLFGAGFIGMEIYEFHHLIVNGMGPDRSGFLSAFFALVGTHGLHVTSGLIWMAVLMVQIARRGLTSTNRTRIMCLSLFWHFLDVVWICVFTVVYLMGAM

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	UBIQUINOL OXIDASE
分子量 formula_weight	9294.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	HEME O
分子量 formula_weight	838.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1ffta_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamily	f.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family family	f.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like

结构域编号 domain_id	d1fftb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d1fftb2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family family	f.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d1fftc2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.25 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
超家族 Superfamily superfamily	f.25.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
家族 Family family	f.25.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like

结构域编号 domain_id	d1fftc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1fftf_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamily	f.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family family	f.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like

结构域编号 domain_id	d1fftg1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

结构域编号 domain_id	d1fftg2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family family	f.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region

结构域编号 domain_id	d1ffth2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.25 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
超家族 Superfamily superfamily	f.25.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
家族 Family family	f.25.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like

结构域编号 domain_id	d1ffth3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1fftA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	1fftB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	1fftB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1fftC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle

结构域编号 domain_id	1fftF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain

结构域编号 domain_id	1fftG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 —

结构域编号 domain_id	1fftG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1fftH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle

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晶胞边长 a length_a	92.100 Å
晶胞边长 b length_b	372.500 Å
晶胞边长 c length_c	232.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUINOL OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UBIQUINOL OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

UBIQUINOL OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1fft__assembly_1__model_1

1fft__assembly_1__model_1 | I(q)

1fft__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (2)