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1fft

The structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 236.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UBIQUINOL OXIDASE

Escherichia coli

UniProt P0ABI8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–663 未记录 UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ1） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ3） UBIQUINOL OXIDASE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K 分辨率 3.50 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 1–663 未记录 UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ1） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ3） UBIQUINOL OXIDASE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1FFT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7CUB 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-22 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–663（663 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
7CUQ 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-24 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–663（663 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
7CUW Ubiquinol Binding Site of Cytochrome bo3 from Escherichia coli 提交 2020-08-25 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–663（663 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
7XMC Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, apo structure with DMSO 提交 2022-04-25 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–663（663 aa）
未记录 HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7XMD Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, the structure complexed with an allosteric inhibitor N4 提交 2022-04-25 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–663（663 aa）
未记录 HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JYR methyl 3-oxidanyl-5-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]-1-benzothiophene-2-carboxylate × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
8F68 E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase monomer 提交 2022-11-16 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–658（658 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
8F6C E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase dimer 提交 2022-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–658（658 aa）
链 E 1–658（658 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 HEO HEME O × 2 CU COPPER (II) ION × 2 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
8QQK Cryo-EM structure of E. coli cytochrome bo3 quinol oxidase assembled in peptidiscs 提交 2023-10-05 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–663（663 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 2% Glycerol, filtered and degassed.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYOB_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–663； UniProt 1–663 作者链 F； PDB构建体 1–663； UniProt 1–663

UBIQUINOL OXIDASE

Escherichia coli

UniProt P0ABJ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–315 未记录 UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABI8） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ3） UBIQUINOL OXIDASE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K 分辨率 3.50 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 G； UniProt 1–315 未记录 UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABI8） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ3） UBIQUINOL OXIDASE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1FFT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CYW QUINOL OXIDASE (PERIPLASMIC FRAGMENT OF SUBUNIT II) (CYOA) 提交 1995-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 111–315（205 aa） 片段：PERIPLASMIC FRAGMENT (RESIDUES 111 - 315)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.326
1CYW QUINOL OXIDASE (PERIPLASMIC FRAGMENT OF SUBUNIT II) (CYOA) 提交 1995-08-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 111–315（205 aa） 片段：PERIPLASMIC FRAGMENT (RESIDUES 111 - 315)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å R-free 0.326
1CYX QUINOL OXIDASE (PERIPLASMIC FRAGMENT OF SUBUNIT II WITH ENGINEERED CU-A BINDING SITE)(CYOA) 提交 1995-08-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 111–315（205 aa） 片段：PERIPLASMIC FRAGMENT (RESIDUES 111 - 315)
突变：N172H, S207C, S209E, Y210I, S211C, F215H CUA DINUCLEAR COPPER ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5
分辨率 2.30 Å R-free 0.316
7CUB 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 25–315（291 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
7CUQ 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 25–315（291 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
7CUW Ubiquinol Binding Site of Cytochrome bo3 from Escherichia coli 提交 2020-08-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 25–315（291 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
8F68 E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase monomer 提交 2022-11-16 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 24–283（260 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
8F6C E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase dimer 提交 2022-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 24–283（260 aa）
链 F 24–283（260 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 HEO HEME O × 2 CU COPPER (II) ION × 2 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
8GO3 Cryo-EM structure of Escherichia coli cytochrome bo3 in DDM detergent 提交 2022-08-24 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–315（315 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8QQK Cryo-EM structure of E. coli cytochrome bo3 quinol oxidase assembled in peptidiscs 提交 2023-10-05 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–315（315 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 2% Glycerol, filtered and degassed.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYOA_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315 作者链 G； PDB构建体 1–315； UniProt 1–315

UBIQUINOL OXIDASE

Escherichia coli

UniProt P0ABJ3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 25–204 未记录 UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABI8） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ1） UBIQUINOL OXIDASE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K 分辨率 3.50 Å
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 H； UniProt 25–204 未记录 UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABI8） UBIQUINOL OXIDASE × 1 （P0ABJ1） UBIQUINOL OXIDASE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；9-10% PEG 1500, 100 mM NaCl, 100 mM MgCl2, 5% ethanol & 100 mM HEPES , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K 分辨率 3.50 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1FFT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7CUB 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-22 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–204（204 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.55 Å
7CUQ 2.55-Angstrom Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli in Native Membrane 提交 2020-08-24 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–204（204 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
7CUW Ubiquinol Binding Site of Cytochrome bo3 from Escherichia coli 提交 2020-08-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–204（204 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 5 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.63 Å
7XMC Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, apo structure with DMSO 提交 2022-04-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–204（204 aa）
未记录 HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7XMD Cryo-EM structure of Cytochrome bo3 from Escherichia coli, the structure complexed with an allosteric inhibitor N4 提交 2022-04-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–204（204 aa）
未记录 HEO HEME O × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 CU COPPER (II) ION × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 2 JYR methyl 3-oxidanyl-5-[oxidanyl(oxidanylidene)-$l^{4}-azanyl]-1-benzothiophene-2-carboxylate × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
8F68 E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase monomer 提交 2022-11-16 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 21–204（184 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
8F6C E. coli cytochrome bo3 ubiquinol oxidase dimer 提交 2022-11-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 C 21–204（184 aa）
链 G 21–204（184 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 HEO HEME O × 2 CU COPPER (II) ION × 2 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
8QQK Cryo-EM structure of E. coli cytochrome bo3 quinol oxidase assembled in peptidiscs 提交 2023-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–204（204 aa）
未记录 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 3 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20mM Tris-HCL, 150mM NaCl, 2% Glycerol, filtered and degassed.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYOC_ECOLI
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 25–204； UniProt 25–204 作者链 H； PDB构建体 25–204； UniProt 25–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1fft

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1fft
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1fft
沉积日期 deposition_date2000-07-26
结构标题 titleThe structure of ubiquinol oxidase from Escherichia coli
关键词 keywordsELECTRON TRANSPORT, CYTOCHROME OXIDASE, MEMBRANE PROTEIN, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier94.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron95.95 Å
零角强度 I(0) i0602568000.00
分子量 molecular_weight228330.0 kDa
排除体积 excluded_volume292200 ų
包络体积 envelope_volume555170 ų
水化壳体积 shell_volume47705 ų
包络直径 envelope_diameter271.0 Å
壳层 Rg shell_rg106.10 Å
包络 Rg envelope_rg86.20 Å
形状 Rg shape_rg95.95 Å
总 Rg total_rg96.02 Å
总原子数 total_atoms16136
残基数 n_residues2104
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax236.4 Å
Rg (实空间) rg_real95.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.53 Å
I(0) (实空间) i0_real5.9880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2870e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal85.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal584900000.0000
解质量估计 total_estimate0.5403
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.3 Å
偏度 Skewness skewness0.079
峰度 Kurtosis kurtosis-1.715
角度范围 angular_range— – 0.0800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0201
最高正则化参数 α highest_alpha7852000.0000
实空间数据点数 n_real_points17
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.005; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd1ffta_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamilyf.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family familyf.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
结构域编号 domain_idd1fftb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II
结构域编号 domain_idd1fftb2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family familyf.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
结构域编号 domain_idd1fftc2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.25 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
超家族 Superfamily superfamilyf.25.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
家族 Family familyf.25.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
结构域编号 domain_idd1fftc3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1fftf_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.24 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
超家族 Superfamily superfamilyf.24.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
家族 Family familyf.24.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit I-like
结构域编号 domain_idd1fftg1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II
结构域编号 domain_idd1fftg2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family familyf.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
结构域编号 domain_idd1ffth2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.25 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
超家族 Superfamily superfamilyf.25.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
家族 Family familyf.25.1.1 — Cytochrome c oxidase subunit III-like
结构域编号 domain_idd1ffth3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1fftA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain
结构域编号 domain_id1fftB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 —
结构域编号 domain_id1fftB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1fftC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle
结构域编号 domain_id1fftF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology210 — Cytochrome C Oxidase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain
结构域编号 domain_id1fftG01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 —
结构域编号 domain_id1fftG02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1fftH00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)