SAXSdb — 1fok

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE)

Planomicrobium okeanokoites

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(TPCPGPGPAPTPGPAPTPAPAPCPGPCPTPAPG PTPCPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APTPGPAPCPTPAPGPCPGPTPTPAPTPCPAPT PCPCPG)-3') ; × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T2F1_FLAOK
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–576； UniProt 8–583

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1fok
沉积日期 deposition_date	1997-04-18
结构标题 title	STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE FOKI BOUND TO DNA
关键词 keywords	;COMPLEX (ENDONUCLEASE-DNA), TYPE IIS, RESTRICTION ENDONUCLEASE, DEOXYRIBONUCLEASE, DNA HYDROLYSIS, DNA CLEAVAGE, HYDROLASE-DNA COMPLEX ;; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1fok__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1fok__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1fok__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.76 Å
Rg（电子密度）	26.87 Å
总 Rg	27.65 Å
原子数	5355
残基数	608
排除体积	93375 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1fok__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPCPGPGPAPTPGPAPTPAPAPCPGPCPTPAPG PTPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	6158.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	5527

TCGGATGATAACGCTAGTCA

来源 Source

来源生物 organism	Planomicrobium okeanokoites
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	244
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APTPGPAPCPTPAPGPCPGPTPTPAPTPCPAPT PCPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	6109.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

ATGACTAGCGTTATCATCCG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE)
分子量 formula_weight	65519.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

KIRTFGWVQNPGKFENLKRVVQVFDRNSKVHNEVKNIKIPTLVKESKIQKELVAIMNQHDLIYTYKELVGTGTSIRSEAPCDAIIQATIADQGNKKGYIDNWSSDGFLRWAHALGFIEYINKSDSFVITDVGLAYSKSADGSAIEKEILIEAISSYPPAIRILTLLEDGQHLTKFDLGKNLGFSGESGFTSLPEGILLDTLANAMPKDKGEIRNNWEGSSDKYARMIGGWLDKLGLVKQGKKEFIIPTLGKPDNKEFISHAFKITGEGLKVLRRAKGSTKFTRVPKRVYWEMLATNLTDKEYVRTRRALILEILIKAGSLKIEQIQDNLKKLGFDEVIETIENDIKGLINTGIFIEIKGRFYQLKDHILQFVIPNRGVTKQLVKSELEEKKSELRHKLKYVPHEYIELIEIARNSTQDRILEMKVMEFFMKVYGYRGKHLGGSRKPDGAIYTVGSPIDYGVIVDTKAYSGGYNLPIGQADEMQRYVEENQTRNKHINPNEWWKVYPSSVTEFKFLFVSGHFKGNYKAQLTRLNHITNCNGAVLSVEELLIGGEMIKAGTLTLEEVRRKFNNGEINF

来源 Source

来源生物 organism	Planomicrobium okeanokoites
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	244

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	172

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1foka1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.12 — Restriction endonuclease FokI, N-terminal (recognition) domain

结构域编号 domain_id	d1foka2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.12 — Restriction endonuclease FokI, N-terminal (recognition) domain

结构域编号 domain_id	d1foka3
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.12 — Restriction endonuclease FokI, N-terminal (recognition) domain

结构域编号 domain_id	d1foka4
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.12 — Restriction endonuclease FokI, C-terminal (catalytic) domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1fokA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	241 — FokI Restriction Endonuclease; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Foki Restriction Endonuclease, Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	1fokA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	1fokA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	91 — Restriction Endonuclease
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

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晶胞边长 a length_a	65.590 Å
晶胞边长 b length_b	119.340 Å
晶胞边长 c length_c	71.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.42 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2960

STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE FOKI BOUND TO DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1fok__assembly_1__model_1

1fok__assembly_1__model_1 | I(q)

1fok__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)

STRUCTURE OF RESTRICTION ENDONUCLEASE FOKI BOUND TO DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (FOKI RESTRICTION ENDONUCLEASE)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1fok__assembly_1__model_1

1fok__assembly_1__model_1 | I(q)

1fok__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)