SAXSdb — 1g9z

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1g9z
沉积日期 deposition_date	2000-11-28
结构标题 title	LAGLIDADG HOMING ENDONUCLEASE I-CREI / DNA PRODUCT COMPLEX WITH MAGNESIUM
关键词 keywords	LAGLIDADG, homing endonuclease, nuclease mechanism, Group I intron, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.05 Å
零角强度 I(0) i0	54658900.00
分子量 molecular_weight	49851.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58966 Å³
包络体积 envelope_volume	69436 Å³
水化壳体积 shell_volume	24992 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.78 Å
包络 Rg envelope_rg	24.61 Å
形状 Rg shape_rg	24.02 Å
总 Rg total_rg	24.78 Å
总原子数 total_atoms	3457
残基数 n_residues	352
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.81 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	54660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8254
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	85.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.571
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.139
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7256000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.669; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.757; Smooth: 0.963

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(GPCPAPAPAPAPCPGPTPCPGPTPGPA)-3'
分子量 formula_weight	4313.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	4314

GCAAAACGTCGTGA

Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PGPAPCPAPGPTPTPTPCPG)-3'
分子量 formula_weight	3060.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GACAGTTTCG

Entity 3 polymer

描述 description	5'-D(CPGPAPAPAPCPTPGPTPCPTPCPAPC)-3'
分子量 formula_weight	4224.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CGAAACTGTCTCAC

Entity 4 polymer

描述 description	5'-D(PGPAPCPGPTPTPTPTPGPC)-3'
分子量 formula_weight	3051.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GACGTTTTGC

Entity 5 polymer

描述 description	DNA ENDONUCLEASE I-CREI
分子量 formula_weight	17516.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

NTKYNKEFLLYLAGFVDGDGSIIAQIKPNQSYKFKHQLSLTFQVTQKTQRRWFLDKLVDEIGVGYVRDRGSVSDYILSEIKPLHNFLTQLQPFLKLKQKQANLVLKIIEQLPSAKESPDKFLEVCTWVDQIAALNDSKTRKTTSETVRAVLD

来源 Source

来源生物 organism	Chlamydomonas reinhardtii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3055
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	857

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1g9za_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family family	d.95.2.1 — Group I mobile intron endonuclease

结构域编号 domain_id	d1g9zb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.95 — Homing endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	d.95.2 — Homing endonucleases
家族 Family family	d.95.2.1 — Group I mobile intron endonuclease

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1g9zA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

结构域编号 domain_id	1g9zB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	28 — Endonuclease I-creI
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Homing endonucleases

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	43.000 Å
晶胞边长 b length_b	67.900 Å
晶胞边长 c length_c	88.300 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.920 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2490

fit	/app/data/saxs_computation/g9/1g9z/1g9z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g9/1g9z/1g9z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g9/1g9z/1g9z.dat

LAGLIDADG HOMING ENDONUCLEASE I-CREI / DNA PRODUCT COMPLEX WITH MAGNESIUM

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)