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1gc4

THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH ASPARTATE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 155.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ASPARTATE AMINOTRANSFERASE

Thermus thermophilus

UniProt Q56232

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–385 链 B； UniProt 1–385 突变：S14D, T16V, K101S, S261R ASP ASPARTIC ACID × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.30 Å R-free 0.277
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–385 链 D； UniProt 1–385 突变：S14D, T16V, K101S, S261R ASP ASPARTIC ACID × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 3.30 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1GC4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B5O THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE SINGLE MUTANT 1 提交 1999-01-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–385（385 aa）
链 B 1–385（385 aa）
突变：K101S 突变：K101S PO4 PHOSPHATE ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.3；CRYSTALLIZED FROM 300MM AMMONIUM PHOSPHATE, PH 4.3
分辨率 2.20 Å R-free 0.237
1B5P THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE DOUBLE MUTANT 1 提交 1999-01-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–385（385 aa）
链 B 1–385（385 aa）
突变：K101S,S261R 突变：K101S,S261R PO4 PHOSPHATE ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.3；CRYSTALLIZED FROM 300MM AMMONIUM PHOSPHATE, PH 4.3
分辨率 1.80 Å R-free 0.239
1BJW ASPARTATE AMINOTRANSFERASE FROM THERMUS THERMOPHILUS 提交 1998-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–382（382 aa）
链 B 1–382（382 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.3；pH 4.3
分辨率 1.80 Å R-free 0.269
1BKG ASPARTATE AMINOTRANSFERASE FROM THERMUS THERMOPHILUS WITH MALEATE 提交 1998-07-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–385（385 aa）
链 B 1–385（385 aa）
未记录 PMP 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MAE MALEIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.60 Å R-free 0.238
1BKG ASPARTATE AMINOTRANSFERASE FROM THERMUS THERMOPHILUS WITH MALEATE 提交 1998-07-07 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–385（385 aa）
链 D 1–385（385 aa）
未记录 PMP 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MAE MALEIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.60 Å R-free 0.238
1GC3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH TRYPTOPHAN 提交 2000-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–385（385 aa）
链 B 1–385（385 aa）
突变：S14D, T16V, K101S, S261R 突变：S14D, T16V, K101S, S261R TRP TRYPTOPHAN × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.282
1GC3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH TRYPTOPHAN 提交 2000-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–385（385 aa）
链 D 1–385（385 aa）
突变：S14D, T16V, K101S, S261R 突变：S14D, T16V, K101S, S261R TRP TRYPTOPHAN × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.282
1GC3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH TRYPTOPHAN 提交 2000-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 1–385（385 aa）
链 F 1–385（385 aa）
突变：S14D, T16V, K101S, S261R 突变：S14D, T16V, K101S, S261R TRP TRYPTOPHAN × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.282
1GC3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH TRYPTOPHAN 提交 2000-07-18 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 1–385（385 aa）
链 H 1–385（385 aa）
突变：S14D, T16V, K101S, S261R 突变：S14D, T16V, K101S, S261R TRP TRYPTOPHAN × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.30 Å R-free 0.282
1GCK THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE DOUBLE MUTANT 1 COMPLEXED WITH ASPARTATE 提交 2000-08-04 突变/修饰不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–385（385 aa）
链 B 1–385（385 aa）
突变：K101S, S261R 突变：K101S, S261R ASP ASPARTIC ACID × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 6000, HEPES, sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.284
5BJ3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 1 提交 1999-01-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–385（385 aa）
链 B 1–385（385 aa）
突变：S14D,T16P,K101S,S261R 突变：S14D,T16P,K101S,S261R PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.3；CRYSTALLIZED FROM 30MM AMMONIUM PHOSPHATE, PH 4.3
分辨率 2.20 Å R-free 0.243
5BJ3 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 1 提交 1999-01-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–385（385 aa）
链 D 1–385（385 aa）
突变：S14D,T16P,K101S,S261R 突变：S14D,T16P,K101S,S261R PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.3；CRYSTALLIZED FROM 30MM AMMONIUM PHOSPHATE, PH 4.3
分辨率 2.20 Å R-free 0.243
5BJ4 THERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 提交 1999-01-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–385（385 aa）
链 B 1–385（385 aa）
突变：S14D,T16V,K101S,S261R 突变：S14D,T16V,K101S,S261R PO4 PHOSPHATE ION × 2 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.3；CRYSTALLIZED FROM 300MM AMMONIUM PHOSPHATE, PH 4.3
分辨率 2.00 Å R-free 0.214

共 8 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AAT_THETH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–385； UniProt 1–385 作者链 B； PDB构建体 1–385； UniProt 1–385 作者链 C； PDB构建体 1–385； UniProt 1–385 作者链 D； PDB构建体 1–385； UniProt 1–385

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1gc4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1gc4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1gc4
沉积日期 deposition_date2000-07-19
结构标题 titleTHERMUS THERMOPHILUS ASPARTATE AMINOTRANSFERASE TETRA MUTANT 2 COMPLEXED WITH ASPARTATE
关键词 keywordsAminotransferase, Dual-substrate enzyme, Pyridoxal enzyme, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier45.77 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.03 Å
零角强度 I(0) i0413914000.00
分子量 molecular_weight168640.0 kDa
排除体积 excluded_volume211410 ų
包络体积 envelope_volume272400 ų
水化壳体积 shell_volume50665 ų
包络直径 envelope_diameter165.4 Å
壳层 Rg shell_rg48.75 Å
包络 Rg envelope_rg45.32 Å
形状 Rg shape_rg46.03 Å
总 Rg total_rg46.16 Å
总原子数 total_atoms11888
残基数 n_residues1528
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax155.2 Å
Rg (实空间) rg_real46.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.60 Å
I(0) (实空间) i0_real4.1390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.9560e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal45.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal413700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8001
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary36.5 Å
偏度 Skewness skewness0.419
峰度 Kurtosis kurtosis-0.638
角度范围 angular_range— – 0.1700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha71920000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.639; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.802; Smooth: 0.678
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1gc4a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.1 — AAT-like
结构域编号 domain_idd1gc4b_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.1 — AAT-like
结构域编号 domain_idd1gc4c_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.1 — AAT-like
结构域编号 domain_idd1gc4d_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.1 — AAT-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1gc4A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id1gc4A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id1gc4B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id1gc4B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id1gc4C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id1gc4C02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id1gc4D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id1gc4D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
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8. 引用文献 (4)

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9. 文件与曲线 (10)