1gmn

CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.6 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEPATOCYTE GROWTH FACTOR

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 2 其他聚合物 1 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–210 链 B； UniProt 28–210	片段：NK1 突变：YES	;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid ; × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；10% PEG8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.55M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE 0.10M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1GMN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BHT NK1 FRAGMENT OF HUMAN HEPATOCYTE GROWTH FACTOR 提交 1998-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 35–210（176 aa）片段：NK1 FRAGMENT, HEPARIN BINDING DOMAIN PLUS C-MET BINDING DOMAIN 链 B 35–210（176 aa）片段：NK1 FRAGMENT, HEPARIN BINDING DOMAIN PLUS C-MET BINDING DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；40% PEG 3400, 0.1M HEPES PH 7.5, 0.3M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN CONCENTRATION OF 3MG/ML	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
1GMO CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR 提交 2001-09-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：NK1 链 B 28–210（183 aa）片段：NK1	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG4000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.10M SODIUM PARA-TOLUENE SULFONATE,0.10M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1GMO CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR 提交 2001-09-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–210（183 aa）片段：NK1 链 D 28–210（183 aa）片段：NK1	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG4000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.10M SODIUM PARA-TOLUENE SULFONATE,0.10M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1GMO CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR 提交 2001-09-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 28–210（183 aa）片段：NK1 链 F 28–210（183 aa）片段：NK1	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG4000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.10M SODIUM PARA-TOLUENE SULFONATE,0.10M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1GMO CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR 提交 2001-09-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 28–210（183 aa）片段：NK1 链 H 28–210（183 aa）片段：NK1	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG4000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.10M SODIUM PARA-TOLUENE SULFONATE,0.10M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1GP9 A New Crystal Form of the Nk1 Splice Variant of Hgf/Sf Demonstrates Extensive Hinge Movement and Suggests that the Nk1 Dimer Originates by Domain Swapping 提交 2001-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–210（171 aa）片段：NK1, RESIDUES 40-210 链 B 40–210（171 aa）片段：NK1, RESIDUES 40-210	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；18% PEG4000, 10% 2-PROPANOL, 0.1M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1GP9 A New Crystal Form of the Nk1 Splice Variant of Hgf/Sf Demonstrates Extensive Hinge Movement and Suggests that the Nk1 Dimer Originates by Domain Swapping 提交 2001-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 40–210（171 aa）片段：NK1, RESIDUES 40-210 链 D 40–210（171 aa）片段：NK1, RESIDUES 40-210	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；18% PEG4000, 10% 2-PROPANOL, 0.1M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
1NK1 NK1 FRAGMENT OF HUMAN HEPATOCYTE GROWTH FACTOR/SCATTER FACTOR (HGF/SF) AT 2.5 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1998-08-20	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：NK1 链 B 28–210（183 aa）片段：NK1	突变：A29V 突变：A29V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.7；18% PEG4000, 0.20M SODIUM ACETATE, 0.15M TRIS, PH 8.5 , pH 8.7	分辨率 2.50 Å R-free 0.319
1SHY The Crystal Structure of HGF beta-chain in Complex with the Sema Domain of the Met Receptor. 提交 2004-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 495–728（234 aa）片段：HGF beta chain	突变：C604S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；PEG, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.22 Å R-free 0.270
1SI5 Protease-like domain from 2-chain hepatocyte growth factor 提交 2004-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 495–728（234 aa）片段：protease-like domain	突变：Cys604Ser	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；NaCl, CaCl2, PEG 1500, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.53 Å R-free 0.301
2HGF HAIRPIN LOOP CONTAINING DOMAIN OF HEPATOCYTE GROWTH FACTOR, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–127（97 aa）片段：AMINO TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K	分辨率未提供
2QJ2 A Mechanistic Basis for Converting a Receptor Tyrosine Kinase Agonist to an Antagonist 提交 2007-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–209（182 aa）片段：residues 28-209 链 B 28–209（182 aa）片段：residues 28-209	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；50 mM ammonium sulfate, 26-29% PEG 4000 (w/w), 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 0.5 mM beta-octyl glucoside, and 5% ethylene glycol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.81 Å R-free 0.248
3HMS Crystal Crystal structure of the N-terminal fragment (28-126) of the human hepatocyte growth factor/scatter factor, orthorhombic crystal form 提交 2009-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–126（99 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 28-126	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；50 mM Ammonium sulfate, 28-32% PEG 1000 or 2000, 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 5% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.255
3HMT Crystal structure of the N-terminal fragment (28-126) of the human hepatocyte growth factor/scatter factor, trigonal crystal form 提交 2009-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–126（99 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 28-126 链 B 28–126（99 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 28-126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3HMT Crystal structure of the N-terminal fragment (28-126) of the human hepatocyte growth factor/scatter factor, trigonal crystal form 提交 2009-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–126（99 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 28-126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3HMT Crystal structure of the N-terminal fragment (28-126) of the human hepatocyte growth factor/scatter factor, trigonal crystal form 提交 2009-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–126（99 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 28-126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3HN4 Crystal structure of the NK2 fragment (28-289) of human hepatocyte growth factor/scatter factor 提交 2009-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–289（262 aa）片段：UNP residues 28-289	突变：K132E, R134E, C214A	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；50 mM Ammonium sulfate, 17-23% PEG 2000 or 4000, 100 mM HEPES pH 8.0, 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.5 mM Beta-octyl glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.333
3MKP Crystal structure of 1K1 mutant of Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor fragment NK1 in complex with heparin 提交 2010-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：K132E, R134E 突变：K132E, R134E	SO4 SULFATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 SGN 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.243M Ammonium Sulfate, 22.295% PEG 3350, 0.1M Na-Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.81 Å R-free 0.261
3MKP Crystal structure of 1K1 mutant of Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor fragment NK1 in complex with heparin 提交 2010-04-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 D 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：K132E, R134E 突变：K132E, R134E	SO4 SULFATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.243M Ammonium Sulfate, 22.295% PEG 3350, 0.1M Na-Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.81 Å R-free 0.261
3SP8 Crystal structure of NK2 in complex with fractionated Heparin DP10 提交 2011-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–288（261 aa）片段：NK2 链 B 28–288（261 aa）片段：NK2	突变：G146D, C214S 突变：G146D, C214S	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；50mM MES pH=6.0, 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K, temperature 294K	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
3SP8 Crystal structure of NK2 in complex with fractionated Heparin DP10 提交 2011-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–288（261 aa）片段：NK2	突变：G146D, C214S	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；50mM MES pH=6.0, 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K, temperature 294K	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
3SP8 Crystal structure of NK2 in complex with fractionated Heparin DP10 提交 2011-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–288（261 aa）片段：NK2	突变：G146D, C214S	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；50mM MES pH=6.0, 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K, temperature 294K	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
4D3C Crystal structure of the NK1 domain of HGF in complex with anti-HGF monoclonal antibody SFN68. 提交 2014-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 32–210（179 aa）片段：RESIDUES 23-210	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.62 Å R-free 0.298
4K3J Crystal structure of Onartuzumab Fab in complex with MET and HGF-beta 提交 2013-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 495–721（227 aa）片段：unp residues 495-721	突变：C604S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.2, 20% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
4O3T Zymogen HGF-beta/MET with Zymogen Activator Peptide ZAP.14 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 495–728（234 aa）片段：HGF-beta (UNP Residues 25-567)	突变：V495G/C604S	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG6000, 800 mM NaCl, 400 mM trimethylammonium oxide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.99 Å R-free 0.276
4O3U Zymogen HGF-beta/MET with Zymogen Activator Peptide ZAP2.3 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 495–728（234 aa）片段：HGF-beta (UNP Residues 25-567)	突变：V495G/C604S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；8% PEG8000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.04 Å R-free 0.251
5COE The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with HEPES 提交 2015-07-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.18 Å R-free 0.264
5CP9 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with MB605 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	6O5 3-(furan-2-yl)propanoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
5CS1 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 nM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
5CS3 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with (H)EPPS 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	EP1 3-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]PROPANE-1-SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.50 Å R-free 0.318
5CS5 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with PIPES 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	PIN PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
5CS9 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with MES 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000. 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
5CSQ The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with MOPS 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	MPO 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM NA Acetate, 150 mM Tris	分辨率 1.95 Å R-free 0.274
5CT1 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with CHES 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.269
5CT2 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with CAPS 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.295
5CT3 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with 2FA 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	54O 3-hydroxypropane-1-sulfonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
6LZ9 t8E4 antibody Fab complexed with the active form of HGF 提交 2020-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 388–494（107 aa）片段：K4 domain 链 B 495–728（234 aa）片段：SP domain	突变：N402Q, T476G, K491I, Q492E, L493G 突变：C561S, N566Q, N653Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10 % (w/v) PEG 10000, 0.1M Magnesium acetate, 0.1M MES pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
7MO7 Cryo-EM structure of 2:2 c-MET/HGF holo-complex 提交 2021-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–728（728 aa）链 D 1–728（728 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7MO8 Cryo-EM structure of 1:1 c-MET I/HGF I complex after focused 3D refinement of holo-complex 提交 2021-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–728（728 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7MO9 Cryo-EM map of the c-MET II/HGF I/HGF II (K4 and SPH) sub-complex 提交 2021-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–728（728 aa）链 D 1–728（728 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7MOA Cryo-EM structure of the c-MET II/HGF I complex bound with HGF II in a rigid conformation 提交 2021-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–728（728 aa）链 D 1–728（728 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
7MOB Cryo-EM structure of 2:2 c-MET/NK1 complex 提交 2021-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.00 Å
7OCL K1K1, a potent recombinant minimal hepatocyte growth factor/scatter factor mimic 提交 2021-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–211（87 aa）链 A 129–210（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM Sodium nitrate, 30 mM Sodium phosphate dibasic, 30 mM Ammonium sulfate, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
7OCL K1K1, a potent recombinant minimal hepatocyte growth factor/scatter factor mimic 提交 2021-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 125–211（87 aa）链 B 129–210（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM Sodium nitrate, 30 mM Sodium phosphate dibasic, 30 mM Ammonium sulfate, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
7OCM K1K1H6, a potent recombinant minimal hepatocyte growth factor/scatter factor mimic 提交 2021-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–211（87 aa）链 A 129–210（82 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290.15 K；100 mM MOPS/HEPES pH 7.5, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulphate, 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG4000	分辨率 1.70 Å R-free 0.195

共 35 个其他 PDB 条目、45 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HGF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–183； UniProt 28–210 作者链 B； PDB构建体 1–183； UniProt 28–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gmn
沉积日期 deposition_date	2001-09-19
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR
关键词 keywords	HGF/SF, HORMONE/GROWTH FACTOR, HORMONE-GROWTH FACTOR complex; HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.55 Å
零角强度 I(0) i0	20651800.00
分子量 molecular_weight	32791.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40301 Å³
包络体积 envelope_volume	49006 Å³
水化壳体积 shell_volume	20350 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.7 Å
壳层 Rg shell_rg	26.49 Å
包络 Rg envelope_rg	20.50 Å
形状 Rg shape_rg	20.52 Å
总 Rg total_rg	21.41 Å
总原子数 total_atoms	2286
残基数 n_residues	285
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.6 Å
Rg (实空间) rg_real	21.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.4610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8279
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.194
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.519
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4393000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HEPATOCYTE GROWTH FACTOR
分子量 formula_weight	21173.3 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2353

YVEGQRKRRNTIHEFKKSAKTTLIKIDPALKIKTKKVNTADQCADRCTRNKGLPFTCKAFVFDKARKQCLWFPFNSMSSGVKKEFGHEFDLYENKDYIRNCIIGKGRSYKGTVSITKSGIKCQPWSSMIPHEHSFLPSSYRGKDLQENYCRNPRGEEGGPWCFTSNPEVRYEVCDIPQCSEVE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	PICHIA PASTORIS

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid ;
分子量 formula_weight	1429.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	67

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1gmna1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d1gmna2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d1gmnb1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d1gmnb2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1gmnA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	1gmnA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	1gmnB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	1gmnB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	86.560 Å
晶胞边长 b length_b	86.560 Å
晶胞边长 c length_c	117.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	21.000 Å
R 因子 r_factor	0.2620
R_work r_work	0.2620
R_free r_free	0.2790

fit	/app/data/saxs_computation/gm/1gmn/1gmn.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gm/1gmn/1gmn.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gm/1gmn/1gmn.dat