1gp9

A New Crystal Form of the Nk1 Splice Variant of Hgf/Sf Demonstrates Extensive Hinge Movement and Suggests that the Nk1 Dimer Originates by Domain Swapping

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEPATOCYTE GROWTH FACTOR

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 40–210 链 B； UniProt 40–210	片段：NK1, RESIDUES 40-210	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；18% PEG4000, 10% 2-PROPANOL, 0.1M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.288
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 40–210 链 D； UniProt 40–210	片段：NK1, RESIDUES 40-210	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；18% PEG4000, 10% 2-PROPANOL, 0.1M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1GP9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BHT NK1 FRAGMENT OF HUMAN HEPATOCYTE GROWTH FACTOR 提交 1998-06-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 35–210（176 aa）片段：NK1 FRAGMENT, HEPARIN BINDING DOMAIN PLUS C-MET BINDING DOMAIN 链 B 35–210（176 aa）片段：NK1 FRAGMENT, HEPARIN BINDING DOMAIN PLUS C-MET BINDING DOMAIN	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；40% PEG 3400, 0.1M HEPES PH 7.5, 0.3M AMMONIUM SULFATE. PROTEIN CONCENTRATION OF 3MG/ML	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
1GMN CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR 提交 2001-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：NK1 链 B 28–210（183 aa）片段：NK1	突变：YES 突变：YES	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG8000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.55M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE 0.10M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1GMO CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR 提交 2001-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：NK1 链 B 28–210（183 aa）片段：NK1	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG4000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.10M SODIUM PARA-TOLUENE SULFONATE,0.10M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1GMO CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR 提交 2001-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–210（183 aa）片段：NK1 链 D 28–210（183 aa）片段：NK1	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG4000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.10M SODIUM PARA-TOLUENE SULFONATE,0.10M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1GMO CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR 提交 2001-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 28–210（183 aa）片段：NK1 链 F 28–210（183 aa）片段：NK1	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG4000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.10M SODIUM PARA-TOLUENE SULFONATE,0.10M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1GMO CRYSTAL STRUCTURES OF NK1-HEPARIN COMPLEXES REVEAL THE BASIS FOR NK1 ACTIVITY AND ENABLE ENGINEERING OF POTENT AGONISTS OF THE MET RECEPTOR 提交 2001-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 28–210（183 aa）片段：NK1 链 H 28–210（183 aa）片段：NK1	突变：YES 突变：YES	SO4 SULFATE ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；10% PEG4000, 8% ETHYLENE GLYCOL, 0.10M SODIUM PARA-TOLUENE SULFONATE,0.10M SODIUM HEPES, PH 7.5	分辨率 3.00 Å R-free 0.295
1NK1 NK1 FRAGMENT OF HUMAN HEPATOCYTE GROWTH FACTOR/SCATTER FACTOR (HGF/SF) AT 2.5 ANGSTROM RESOLUTION 提交 1998-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：NK1 链 B 28–210（183 aa）片段：NK1	突变：A29V 突变：A29V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.7；18% PEG4000, 0.20M SODIUM ACETATE, 0.15M TRIS, PH 8.5 , pH 8.7	分辨率 2.50 Å R-free 0.319
1SHY The Crystal Structure of HGF beta-chain in Complex with the Sema Domain of the Met Receptor. 提交 2004-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 495–728（234 aa）片段：HGF beta chain	突变：C604S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；292 K；PEG, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.22 Å R-free 0.270
1SI5 Protease-like domain from 2-chain hepatocyte growth factor 提交 2004-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 495–728（234 aa）片段：protease-like domain	突变：Cys604Ser	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；292 K；NaCl, CaCl2, PEG 1500, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.53 Å R-free 0.301
2HGF HAIRPIN LOOP CONTAINING DOMAIN OF HEPATOCYTE GROWTH FACTOR, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 31–127（97 aa）片段：AMINO TERMINAL DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；303 K	分辨率未提供
2QJ2 A Mechanistic Basis for Converting a Receptor Tyrosine Kinase Agonist to an Antagonist 提交 2007-07-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–209（182 aa）片段：residues 28-209 链 B 28–209（182 aa）片段：residues 28-209	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；50 mM ammonium sulfate, 26-29% PEG 4000 (w/w), 100 mM Tris-HCl pH 8.0, 0.5 mM beta-octyl glucoside, and 5% ethylene glycol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.81 Å R-free 0.248
3HMS Crystal Crystal structure of the N-terminal fragment (28-126) of the human hepatocyte growth factor/scatter factor, orthorhombic crystal form 提交 2009-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–126（99 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 28-126	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；50 mM Ammonium sulfate, 28-32% PEG 1000 or 2000, 50 mM Tris-HCl pH 8.0, 5% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.70 Å R-free 0.255
3HMT Crystal structure of the N-terminal fragment (28-126) of the human hepatocyte growth factor/scatter factor, trigonal crystal form 提交 2009-05-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–126（99 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 28-126 链 B 28–126（99 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 28-126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3HMT Crystal structure of the N-terminal fragment (28-126) of the human hepatocyte growth factor/scatter factor, trigonal crystal form 提交 2009-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–126（99 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 28-126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3HMT Crystal structure of the N-terminal fragment (28-126) of the human hepatocyte growth factor/scatter factor, trigonal crystal form 提交 2009-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–126（99 aa）片段：N-terminal domain: UNP residues 28-126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；2.4 M sodium malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
3HN4 Crystal structure of the NK2 fragment (28-289) of human hepatocyte growth factor/scatter factor 提交 2009-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–289（262 aa）片段：UNP residues 28-289	突变：K132E, R134E, C214A	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；50 mM Ammonium sulfate, 17-23% PEG 2000 or 4000, 100 mM HEPES pH 8.0, 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.5 mM Beta-octyl glucoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.333
3MKP Crystal structure of 1K1 mutant of Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor fragment NK1 in complex with heparin 提交 2010-04-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：K132E, R134E 突变：K132E, R134E	SO4 SULFATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 SGN 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.243M Ammonium Sulfate, 22.295% PEG 3350, 0.1M Na-Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.81 Å R-free 0.261
3MKP Crystal structure of 1K1 mutant of Hepatocyte Growth Factor/Scatter Factor fragment NK1 in complex with heparin 提交 2010-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 D 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：K132E, R134E 突变：K132E, R134E	SO4 SULFATE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；0.243M Ammonium Sulfate, 22.295% PEG 3350, 0.1M Na-Hepes pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.81 Å R-free 0.261
3SP8 Crystal structure of NK2 in complex with fractionated Heparin DP10 提交 2011-07-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–288（261 aa）片段：NK2 链 B 28–288（261 aa）片段：NK2	突变：G146D, C214S 突变：G146D, C214S	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；50mM MES pH=6.0, 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K, temperature 294K	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
3SP8 Crystal structure of NK2 in complex with fractionated Heparin DP10 提交 2011-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–288（261 aa）片段：NK2	突变：G146D, C214S	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；50mM MES pH=6.0, 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K, temperature 294K	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
3SP8 Crystal structure of NK2 in complex with fractionated Heparin DP10 提交 2011-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 28–288（261 aa）片段：NK2	突变：G146D, C214S	MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；50mM MES pH=6.0, 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K, temperature 294K	分辨率 1.86 Å R-free 0.217
4D3C Crystal structure of the NK1 domain of HGF in complex with anti-HGF monoclonal antibody SFN68. 提交 2014-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 32–210（179 aa）片段：RESIDUES 23-210	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.62 Å R-free 0.298
4K3J Crystal structure of Onartuzumab Fab in complex with MET and HGF-beta 提交 2013-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 495–721（227 aa）片段：unp residues 495-721	突变：C604S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；298 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.2, 20% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.253
4O3T Zymogen HGF-beta/MET with Zymogen Activator Peptide ZAP.14 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 495–728（234 aa）片段：HGF-beta (UNP Residues 25-567)	突变：V495G/C604S	1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG6000, 800 mM NaCl, 400 mM trimethylammonium oxide, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.99 Å R-free 0.276
4O3U Zymogen HGF-beta/MET with Zymogen Activator Peptide ZAP2.3 提交 2013-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 495–728（234 aa）片段：HGF-beta (UNP Residues 25-567)	突变：V495G/C604S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；293 K；8% PEG8000, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.04 Å R-free 0.251
5COE The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with HEPES 提交 2015-07-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.18 Å R-free 0.264
5CP9 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with MB605 提交 2015-07-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	6O5 3-(furan-2-yl)propanoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 1.90 Å R-free 0.227
5CS1 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 nM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.255
5CS3 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with (H)EPPS 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	EP1 3-[4-(2-HYDROXYETHYL)PIPERAZIN-1-YL]PROPANE-1-SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.50 Å R-free 0.318
5CS5 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with PIPES 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	PIN PIPERAZINE-N,N'-BIS(2-ETHANESULFONIC ACID) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
5CS9 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with MES 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000. 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
5CSQ The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with MOPS 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	MPO 3[N-MORPHOLINO]PROPANE SULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM NA Acetate, 150 mM Tris	分辨率 1.95 Å R-free 0.274
5CT1 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with CHES 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.269
5CT2 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with CAPS 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	CXS 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.295
5CT3 The structure of the NK1 fragment of HGF/SF complexed with 2FA 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210 链 B 28–210（183 aa）片段：UNP residues 28-210	突变：A29V 突变：A29V	54O 3-hydroxypropane-1-sulfonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；19% PEG 4000, 200 mM Na Acetate, 150 mM Tris	分辨率 2.00 Å R-free 0.251
6LZ9 t8E4 antibody Fab complexed with the active form of HGF 提交 2020-02-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 388–494（107 aa）片段：K4 domain 链 B 495–728（234 aa）片段：SP domain	突变：N402Q, T476G, K491I, Q492E, L493G 突变：C561S, N566Q, N653Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10 % (w/v) PEG 10000, 0.1M Magnesium acetate, 0.1M MES pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
7MO7 Cryo-EM structure of 2:2 c-MET/HGF holo-complex 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–728（728 aa）链 D 1–728（728 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7MO8 Cryo-EM structure of 1:1 c-MET I/HGF I complex after focused 3D refinement of holo-complex 提交 2021-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–728（728 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
7MO9 Cryo-EM map of the c-MET II/HGF I/HGF II (K4 and SPH) sub-complex 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–728（728 aa）链 D 1–728（728 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7MOA Cryo-EM structure of the c-MET II/HGF I complex bound with HGF II in a rigid conformation 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–728（728 aa）链 D 1–728（728 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
7MOB Cryo-EM structure of 2:2 c-MET/NK1 complex 提交 2021-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–210（210 aa）链 B 1–210（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.00 Å
7OCL K1K1, a potent recombinant minimal hepatocyte growth factor/scatter factor mimic 提交 2021-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–211（87 aa）链 A 129–210（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM Sodium nitrate, 30 mM Sodium phosphate dibasic, 30 mM Ammonium sulfate, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
7OCL K1K1, a potent recombinant minimal hepatocyte growth factor/scatter factor mimic 提交 2021-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 125–211（87 aa）链 B 129–210（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290.15 K；100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 30 mM Sodium nitrate, 30 mM Sodium phosphate dibasic, 30 mM Ammonium sulfate, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
7OCM K1K1H6, a potent recombinant minimal hepatocyte growth factor/scatter factor mimic 提交 2021-04-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 125–211（87 aa）链 A 129–210（82 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；290.15 K；100 mM MOPS/HEPES pH 7.5, 30 mM sodium nitrate, 30 mM sodium phosphate dibasic, 30 mM ammonium sulphate, 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG4000	分辨率 1.70 Å R-free 0.195

共 35 个其他 PDB 条目、44 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P14210
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–177； UniProt 40–210 作者链 B； PDB构建体 7–177； UniProt 40–210 作者链 C； PDB构建体 7–177； UniProt 40–210 作者链 D； PDB构建体 7–177； UniProt 40–210

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gp9
沉积日期 deposition_date	2001-10-31
结构标题 title	A New Crystal Form of the Nk1 Splice Variant of Hgf/Sf Demonstrates Extensive Hinge Movement and Suggests that the Nk1 Dimer Originates by Domain Swapping
关键词 keywords	;HORMONE/GROWTH FACTOR, HGF/SF, NK1, MET, DOMAIN SWAPPING, PROTEIN ENGINEERING, GROWTH FACTOR, KRINGLE, GLYCOPROTEIN, HORMONE-GROWTH FACTOR complex ;; HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.63 Å
零角强度 I(0) i0	103920000.00
分子量 molecular_weight	79099.0 kDa
排除体积 excluded_volume	98477 Å³
包络体积 envelope_volume	126970 Å³
水化壳体积 shell_volume	35410 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.82 Å
包络 Rg envelope_rg	30.15 Å
形状 Rg shape_rg	30.64 Å
总 Rg total_rg	31.17 Å
总原子数 total_atoms	5538
残基数 n_residues	681
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.7 Å
Rg (实空间) rg_real	30.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0390e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4990e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8929
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.347
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.419
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7776000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.871

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HEPATOCYTE GROWTH FACTOR
分子量 formula_weight	20329.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5694

EAEAYVHEFKKSAKTTLIKIDPALKIKTKKVNTADQCANRCTRNKGLPFTCKAFVFDKARKQCLWFPFNSMSSGVKKEFGHEFDLYENKDYIRNCIIGKGRSYKGTVSITKSGIKCQPWSSMIPHEHSFLPSSYRGKDLQENYCRNPRGEEGGPWCFTSNPEVRYEVCDIPQCSEVE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	156

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1gp9a1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d1gp9a2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d1gp9b1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d1gp9b2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d1gp9c1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d1gp9c2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d1gp9d1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d1gp9d2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1gp9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	1gp9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	1gp9B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	1gp9B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	1gp9C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	1gp9C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	1gp9D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	1gp9D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	73.480 Å
晶胞边长 b length_b	78.260 Å
晶胞边长 c length_c	304.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.920 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2880

fit	/app/data/saxs_computation/gp/1gp9/1gp9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gp/1gp9/1gp9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gp/1gp9/1gp9.dat