1gp9

A New Crystal Form of the Nk1 Splice Variant of Hgf/Sf Demonstrates Extensive Hinge Movement and Suggests that the Nk1 Dimer Originates by Domain Swapping

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEPATOCYTE GROWTH FACTOR

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P14210
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–177； UniProt 40–210 作者链 B； PDB构建体 7–177； UniProt 40–210 作者链 C； PDB构建体 7–177； UniProt 40–210 作者链 D； PDB构建体 7–177； UniProt 40–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gp9
沉积日期 deposition_date	2001-10-31
结构标题 title	A New Crystal Form of the Nk1 Splice Variant of Hgf/Sf Demonstrates Extensive Hinge Movement and Suggests that the Nk1 Dimer Originates by Domain Swapping
关键词 keywords	;HORMONE/GROWTH FACTOR, HGF/SF, NK1, MET, DOMAIN SWAPPING, PROTEIN ENGINEERING, GROWTH FACTOR, KRINGLE, GLYCOPROTEIN, HORMONE-GROWTH FACTOR complex ;; HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1gp9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1gp9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1gp9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.77 Å
Rg（电子密度）	21.06 Å
总 Rg	21.88 Å
原子数	2779
残基数	340
排除体积	49415 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1gp9__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1gp9__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HEPATOCYTE GROWTH FACTOR
分子量 formula_weight	20329.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	5694

EAEAYVHEFKKSAKTTLIKIDPALKIKTKKVNTADQCANRCTRNKGLPFTCKAFVFDKARKQCLWFPFNSMSSGVKKEFGHEFDLYENKDYIRNCIIGKGRSYKGTVSITKSGIKCQPWSSMIPHEHSFLPSSYRGKDLQENYCRNPRGEEGGPWCFTSNPEVRYEVCDIPQCSEVE

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella pastoris

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	156

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1gp9a1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d1gp9a2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d1gp9b1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d1gp9b2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d1gp9c1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d1gp9c2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

结构域编号 domain_id	d1gp9d1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.10 — Hairpin loop containing domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.10.1 — Hairpin loop containing domain-like
家族 Family family	g.10.1.1 — Hairpin loop containing domain

结构域编号 domain_id	d1gp9d2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.14 — Kringle-like
超家族 Superfamily superfamily	g.14.1 — Kringle-like
家族 Family family	g.14.1.1 — Kringle modules

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1gp9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	1gp9A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	1gp9B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	1gp9B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	1gp9C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	1gp9C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

结构域编号 domain_id	1gp9D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	4 — Hepatocyte Growth Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hepatocyte Growth Factor

结构域编号 domain_id	1gp9D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — Plasminogen Kringle 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Plasminogen Kringle 4

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晶胞边长 a length_a	73.480 Å
晶胞边长 b length_b	78.260 Å
晶胞边长 c length_c	304.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	19.920 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2880

A New Crystal Form of the Nk1 Splice Variant of Hgf/Sf Demonstrates Extensive Hinge Movement and Suggests that the Nk1 Dimer Originates by Domain Swapping

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEPATOCYTE GROWTH FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gp9__assembly_1__model_1

1gp9__assembly_1__model_1 | I(q)

1gp9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

A New Crystal Form of the Nk1 Splice Variant of Hgf/Sf Demonstrates Extensive Hinge Movement and Suggests that the Nk1 Dimer Originates by Domain Swapping

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEPATOCYTE GROWTH FACTOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1gp9__assembly_1__model_1

1gp9__assembly_1__model_1 | I(q)

1gp9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)