1gzp

CD1b in complex with GM2 ganglioside

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 76.8 Å Quality: EXCELLENT

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD1B

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 18–295	片段：RESIDUES 18-295	B2-MICROGLOBULIN × 1 （P01884） GM2 N-[(1S,2S)-2-HYDROXY-1-({[(2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-TRIHYDROXY-6-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL]OXY}METHYL)OCTADECYL]OCTADECANAMIDE × 1 D12 DODECANE × 1 TWT DOCOSANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.1；293 K；20 DEGREE C 2UL OF PROTEIN + 1UL OF MOTHER LIQUOR 0.2M LITHIUM NITRATE 20% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350, PH 7.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1GZP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GZQ CD1b in complex with Phophatidylinositol 提交 2002-05-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–295（278 aa）片段：RESIDUES 18-295	未记录	PII 2-[(HYDROXY{[(2R,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL HEPTADECANOATE × 1 NO3 NITRATE ION × 3 D12 DODECANE × 1 TWT DOCOSANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；293 K；20 DEGREES C, 2UL OF PROTEIN + 1UL OF MOTHER LIQUOR, 0.2M LITHIUM NITRATE, 20% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350, PH 7.1	分辨率 2.26 Å R-free 0.237
1UQS The Crystal Structure of Human CD1b with a Bound Bacterial Glycolipid 提交 2003-10-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 18–295（278 aa）片段：FRAGMENT: RESIDUES 18-295	未记录	GMM GLUCOSE MONOMYCOLATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；0.1M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.5M AMMONIUM SULFATE, 0.5M LITHIUM SULFATE	分辨率 3.10 Å R-free 0.290
2H26 human CD1b in complex with endogenous phosphatidylcholine and spacer 提交 2006-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–298（280 aa）片段：extracellular domain of CD1b antigen	突变：BirA peptide tag (IDKLGGGLNDIFEAQKIEWHE) at C-terminus	6PL (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE × 1 6UL TETRACOSYL PALMITATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；1.5 M ammonium sulfate 5 % (v/v) isopropanol 0.1 M Na citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.241
3OV6 CD1c in complex with MPM (mannosyl-beta1-phosphomycoketide) 提交 2010-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 201–295（95 aa）片段：beta-2-microglobulin	突变：C-terminal fusion to CD1c ectodomain, N52Q, N57Q, K108G, N128Q, N241Q, W242G, CD1c a3 domain replaced with CD1b a3 domain	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 D12 DODECANE × 1 MK0 1-O-[(S)-hydroxy{[(4S,8S,16S,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl]oxy}phosphoryl]-beta-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.45；291 K；0.1M CHES pH 9.45, 1.05M sodium citrate, 25 mM triglycine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.273
3T8X Crystal structure of human CD1b in complex with synthetic antigenic diacylsulfoglycolipid SGL12 and endogenous spacer 提交 2011-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 19–298（280 aa）片段：UNP residues 19-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 T8X 2-O-sulfo-alpha-D-glucopyranosyl 2-O-hexadecanoyl-3-O-[(2E,4S,6S,8S)-2,4,6,8-tetramethyltetracos-2-enoyl]-alpha-D-glucopyranoside × 1 ULI tetracontane × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；1.9 M Ammonium sulfate, 0.2 M Ammonium acetate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.211
3T8X Crystal structure of human CD1b in complex with synthetic antigenic diacylsulfoglycolipid SGL12 and endogenous spacer 提交 2011-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 19–298（280 aa）片段：UNP residues 19-298	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 T8X 2-O-sulfo-alpha-D-glucopyranosyl 2-O-hexadecanoyl-3-O-[(2E,4S,6S,8S)-2,4,6,8-tetramethyltetracos-2-enoyl]-alpha-D-glucopyranoside × 1 ULI tetracontane × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；293 K；1.9 M Ammonium sulfate, 0.2 M Ammonium acetate, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.211
4ONO CD1c in complex with PM (phosphomycoketide) 提交 2014-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 201–297（97 aa）	突变：N52Q, N57Q, K108G, N128Q, N241Q, W242G	PMK (4R,8S,16S,20R)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl dihydrogen phosphate × 1 CL CHLORIDE ION × 6 MLI MALONATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.4；291 K；1.05 M sodium citrate, 100 mM CHES (pH 9.4), and 25 mM triglycine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.71 Å R-free 0.271
5C9J Human CD1c with ligands in A' and F' channel 提交 2015-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 203–295（93 aa）	未记录	DAO LAURIC ACID × 2 STE STEARIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 4 PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris pH 8, 10% PEG 8000, 1:1 protein to precipitant ratio.	分辨率 2.40 Å R-free 0.200
5L2J Crystal Structure of human CD1b in complex with C36-GMM 提交 2016-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	6UL TETRACOSYL PALMITATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 70E 6-O-[(2R,3R)-3-hydroxy-2-tetradecyldocosanoyl]-alpha-L-idopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；20-30 PEG 4000, 0.2M NaI, 2% EG	分辨率 1.65 Å R-free 0.199
5L2K Crystal structure of GEM42 TCR-CD1b-GMM complex 提交 2016-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–296（277 aa）	突变：I160A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 SO4 SULFATE ION × 5 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 2 6UL TETRACOSYL PALMITATE × 1 CS CESIUM ION × 1 70E 6-O-[(2R,3R)-3-hydroxy-2-tetradecyldocosanoyl]-alpha-L-idopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；1.5-2M NH4SO4, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 10mM MgCl2, 10mM CeCl2	分辨率 3.20 Å R-free 0.239
5L2K Crystal structure of GEM42 TCR-CD1b-GMM complex 提交 2016-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 A 20–296（277 aa）	突变：I160A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 SO4 SULFATE ION × 20 CL CHLORIDE ION × 16 NA SODIUM ION × 8 6UL TETRACOSYL PALMITATE × 4 CS CESIUM ION × 4 70E 6-O-[(2R,3R)-3-hydroxy-2-tetradecyldocosanoyl]-alpha-L-idopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；1.5-2M NH4SO4, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 10mM MgCl2, 10mM CeCl2	分辨率 3.20 Å R-free 0.239
5WKE Crystal Structure of Human CD1b in Complex with PS 提交 2017-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	CUY tetracosyl octadecanoate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 7 P50 (19S,22S,25R)-25-amino-22-hydroxy-16,22,26-trioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；27% PEG 3350, 0.2M Sodium Malonate	分辨率 1.69 Å R-free 0.239
5WKG Crystal Structure of Human CD1b in Complex with PA 提交 2017-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 D21 (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 CUY tetracosyl octadecanoate × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CL CHLORIDE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 IOD IODIDE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；27% PET 3350, 0.2M Sodium malonate	分辨率 2.06 Å R-free 0.224
5WKI Crystal structure of PG90 TCR-CD1b-PG complex 提交 2017-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	CUY tetracosyl octadecanoate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 NA SODIUM ION × 2 D3D (19S,22R,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9E)-octadec-9-enoate × 1 ACT ACETATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；12% PEG8K, 0.2M Zinc Acetate, 0.1M MES pH 6.2	分辨率 2.75 Å R-free 0.252
5WL1 Crystal Structure of Human CD1b in Complex with PG 提交 2017-07-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	CUY tetracosyl octadecanoate × 1 IOD IODIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 D3D (19S,22R,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9E)-octadec-9-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；26% PEG 3350, 0.2M Sodium Malonate	分辨率 1.38 Å R-free 0.206
6CUG Crystal structure of BC8B TCR-CD1b-PC complex 提交 2018-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CUY tetracosyl octadecanoate × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；293 K；PEG 3350, Tris-HCl	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
6D64 Crystal Structure of Human CD1b in Complex with POPC 提交 2018-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 CUY tetracosyl octadecanoate × 1 CL CHLORIDE ION × 7 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG 3350, 0.2M Sodium Iodide, Ethylene Glycol	分辨率 1.70 Å R-free 0.211
7MX4 CD1c with antigen analogue 1 提交 2021-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 212–296（85 aa）	突变：N52Q, N57Q, K108G, N128Q, W241G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZPD (4S,8R,12S,16S,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl (1R,2S,3S,4R,5R)-2,3,4-trihydroxy-5-(hydroxymethyl)cyclohexyl hydrogen (R)-phosphate × 1 D12 DODECANE × 1 ZP7 (2S)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；293 K；100 mM CHES, 1.05 M sodium citrate, 25 mM triglycine	分辨率 1.73 Å R-free 0.239
7MXF CD1c with antigen analogue 2 提交 2021-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 212–296（85 aa）	突变：N52Q, N57Q, K108G, N128Q, Y242G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NHE 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 1 ZQ4 2,6-anhydro-1-deoxy-1-[(S)-hydroxy{[(4R,8S,12R,16R,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl]oxy}phosphoryl]-D-glycero-D-galacto-heptitol × 1 D12 DODECANE × 1 ZP7 (2S)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate × 1 MLA MALONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；293 K；100 mM CHES, 1.05 M sodium citrate, 25 mM triglycine	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
7MXH CD1c with antigen analogue 3 提交 2021-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 212–296（85 aa）	突变：N52Q, N57Q, K108G, N128Q, Y242G	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ZQ7 2,6-anhydro-1-deoxy-1,1-difluoro-1-[(R)-hydroxy{[(4S,8S,12S,16S,20S)-4,8,12,16,20-pentamethylheptacosyl]oxy}phosphoryl]-D-glycero-D-galacto-heptitol × 1 D12 DODECANE × 1 ZP7 (2S)-2,3-dihydroxypropyl hexadecanoate × 1 MLA MALONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9.4；293 K；100 mM CHES, 1.05 M sodium citrate, 25 mM triglycine	分辨率 2.11 Å R-free 0.255
8DV3 Crystal structure of human CD1b presenting Phosphatidylinositol C34:1 提交 2022-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 CL CHLORIDE ION × 6 NA SODIUM ION × 2 6UL TETRACOSYL PALMITATE × 1 IOD IODIDE ION × 2 PIE 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphoinositol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24% PEG 3350, 0.2M Sodium Iodide, 2% ethylene glycol	分辨率 1.90 Å R-free 0.253
8DV4 Crystal structure of the BC8B TCR-CD1b-PI complex 提交 2022-07-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CUY tetracosyl octadecanoate × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24 %(w/v) PEG 4000, 0.02 M Tris-HCl (pH 7.0), 2% ethylene glycol	分辨率 2.40 Å R-free 0.255
8GLE Crystal Structure of Human CD1b in Complex with Lysosulfatide 提交 2023-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	SGF (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl 3-O-sulfo-beta-D-galactopyranoside × 1 CUY tetracosyl octadecanoate × 1 IOD IODIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；26% PEG3350, 0.1 M sodium iodide, 2% ethylene glycol	分辨率 1.85 Å R-free 0.229
8GLF Crystal Structure of Human CD1b in Complex with Sphingomyelin C34:2 提交 2023-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 3LY [(~{Z},2~{R},3~{S})-2-(hexadecanoylamino)-3-oxidanyl-octadec-4-enyl] 2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethyl hydrogen phosphate × 1 6UL TETRACOSYL PALMITATE × 1 CL CHLORIDE ION × 4 IOD IODIDE ION × 2 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；28% PEG3350, 0.2 M sodium iodide	分辨率 2.00 Å R-free 0.231
8GLG Crystal Structure of Human CD1b in Complex with Phosphatidylethanolamine C34:1 提交 2023-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	L9Q (1S)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(octadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 CUY tetracosyl octadecanoate × 1 CL CHLORIDE ION × 4 IOD IODIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；27% PEG3350, 0.1 M sodium iodide	分辨率 1.60 Å R-free 0.209
8GLH Crystal Structure of Human CD1b in Complex with Endogenous PC C40:5 提交 2023-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 3 3IV (11E)-hexadec-11-enoic acid × 1 3IY [(2~{R})-1-dodecanoyloxy-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (8~{Z},11~{Z},14~{Z},24~{Z},27~{Z})-triaconta-8,11,14,24,27-pentaenoate × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24% PEG3350, 0.2 M sodium iodide, 2% ethylene glycol	分辨率 1.83 Å R-free 0.221
8GLI Crystal Structure of Human CD1b in Complex with Mycobacterial C85-GMM 提交 2023-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 20–296（277 aa）	未记录	ZR2 6-O-[(2R,3R)-3-hydroxy-20-{(1R,2S)-2-[(17R,18R)-17-methoxy-18-methyldotriacontyl]cyclopropyl}-2-pentadecylicosanoyl]-alpha-L-galactopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 1 IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；26% PEG3350, 0.2 M sodium iodide, 2% ethylene glycol	分辨率 2.10 Å R-free 0.267
8ZOX 3D structure of Y-50 TCR-TMM-CD1b ternary complex 提交 2024-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–295（278 aa）	未记录	6UL TETRACOSYL PALMITATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 A1L2B [(2R,3S,4S,5R,6S)-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl (2R,3R)-3-oxidanyl-2-tetradecyl-octadecanoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9OI0 Crystal structure of CD1b presenting ganglioside GD3 提交 2025-05-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 22–296（275 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 A1CDL N-{(2S,3R,4E)-1-[(4-O-beta-D-galactopyranosyl-beta-D-glucopyranosyl)oxy]-3-hydroxyoctadec-4-en-2-yl}octadecanamide × 1 CUY tetracosyl octadecanoate × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；22% PEG 3350, 0.1 M Sodium Iodide	分辨率 1.84 Å R-free 0.266

共 27 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–280； UniProt 18–295

B2-MICROGLOBULIN

HOMO SAPIENS

UniProt P01884

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 21–119	未记录	T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD1B × 1 （P29016） GM2 N-[(1S,2S)-2-HYDROXY-1-({[(2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-TRIHYDROXY-6-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL]OXY}METHYL)OCTADECYL]OCTADECANAMIDE × 1 D12 DODECANE × 1 TWT DOCOSANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.1；293 K；20 DEGREE C 2UL OF PROTEIN + 1UL OF MOTHER LIQUOR 0.2M LITHIUM NITRATE 20% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350, PH 7.1	分辨率 2.80 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1GZP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1E27 Nonstandard peptide binding of HLA-B*5101 complexed with HIV immunodominant epitope KM1(LPPVVAKEI) 提交 2000-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：EXTRACELLULAR RESIDUES 21-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1E28 Nonstandard peptide binding of HLA-B*5101 complexed with HIV immunodominant epitope KM2(TAFTIPSI) 提交 2000-05-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：EXTRACELLULAR RESIDUES 21-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 3.00 Å R-free 0.253
1EEY Crystal Structure Determination Of HLA A2 Complexed to Peptide GP2 with the substitution (I2L/V5L/L9V) 提交 2000-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 20–119（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；14% PEG 8000, 25 mM MES, pH6.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.286
1EEY Crystal Structure Determination Of HLA A2 Complexed to Peptide GP2 with the substitution (I2L/V5L/L9V) 提交 2000-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 20–119（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；14% PEG 8000, 25 mM MES, pH6.5., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.25 Å R-free 0.286
1EEZ Crystal Structure Determination of HLA-A2.1 Complexed to GP2 Peptide Variant(I2L/V5L) 提交 2000-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 20–119（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；18% PEG8000, 25 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.290
1EEZ Crystal Structure Determination of HLA-A2.1 Complexed to GP2 Peptide Variant(I2L/V5L) 提交 2000-02-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 20–119（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；18% PEG8000, 25 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.290
1GZQ CD1b in complex with Phophatidylinositol 提交 2002-05-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	PII 2-[(HYDROXY{[(2R,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL HEPTADECANOATE × 1 NO3 NITRATE ION × 3 D12 DODECANE × 1 TWT DOCOSANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.1；293 K；20 DEGREES C, 2UL OF PROTEIN + 1UL OF MOTHER LIQUOR, 0.2M LITHIUM NITRATE, 20% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 3350, PH 7.1	分辨率 2.26 Å R-free 0.237
1I7R CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1058 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.307
1I7R CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1058 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.307
1I7T CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1049-5V 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1I7T CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1049-5V 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1I7U CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1049-6V 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.258
1I7U CRYSTAL STRUCTURE OF CLASS I MHC A2 IN COMPLEX WITH PEPTIDE P1049-6V 提交 2001-03-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG6000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.258
1KTL The human non-classical major histocompatibility complex molecule HLA-E 提交 2002-01-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；ammonium sulfate, PEG 400, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
1KTL The human non-classical major histocompatibility complex molecule HLA-E 提交 2002-01-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；ammonium sulfate, PEG 400, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
1KTL The human non-classical major histocompatibility complex molecule HLA-E 提交 2002-01-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 21–119（99 aa）链 D 21–119（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；ammonium sulfate, PEG 400, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 295K, pH 8.00	分辨率 3.10 Å R-free 0.280
1M6O Crystal Structure of HLA B4402 in complex with HLA DPA0201 peptide 提交 2002-07-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；298 K；20-30% PEG 4K, 0.1M citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.234
1OF2 Crystal structure of HLA-B*2709 complexed with the vasoactive intestinal peptide type 1 receptor (VIPR) peptide (residues 400-408) 提交 2003-04-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：RESIDUES 21-119	未记录	GOL GLYCEROL × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；TRIS PH 8.5, 19% PEG 8000 HANGING DROP, TEMPERATURE 291K	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
1OGA A structural basis for immunodominant human T-cell receptor recognition. 提交 2003-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 21–119（99 aa）片段：BETA-2-MICROGLOBULIN, RESIDUES 21-119	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；14% PEG8000, 50MM MES PH 6.5	分辨率 1.40 Å R-free 0.231
1OGT CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-B*2705 COMPLEXED WITH THE VASOACTIVE INTESTINAL PEPTIDE TYPE 1 RECEPTOR (VIPR) PEPTIDE (RESIDUES 400-408) 提交 2003-05-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：RESIDUES 21-119	未记录	GOL GLYCEROL × 5 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；TRIS PH 8.0, 16% PEG 8000, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K	分辨率 1.47 Å R-free 0.178
1ONQ Crystal Structure of CD1a in Complex with a Sulfatide 提交 2003-02-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 1 SLF SULFATE-3-D-GALACTOSYL-BETA-1-1-N-STEAROYL-D-SPHINGOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；MPEG 2000, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K, pH 8.50	分辨率 2.15 Å R-free 0.276
1ONQ Crystal Structure of CD1a in Complex with a Sulfatide 提交 2003-02-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 21–119（99 aa）	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 1 SLF SULFATE-3-D-GALACTOSYL-BETA-1-1-N-STEAROYL-D-SPHINGOSINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；277 K；MPEG 2000, Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K, pH 8.50	分辨率 2.15 Å R-free 0.276
1QEW HUMAN CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN (HLA-A 0201) COMPLEX WITH A NONAMERIC PEPTIDE FROM MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 3 (RESIDUES 271-279) 提交 1999-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 20–119（100 aa）片段：residues 21-199, SWS P01884	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；20 % POLYETHYLENGLYCOL 8000, SODIUM CITRATE, PH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.242
1QLF MHC CLASS I H-2DB COMPLEXED WITH GLYCOPEPTIDE K3G 提交 1999-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：MHC ASSOCIATED LIGHT CHAIN	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.00	分辨率 2.65 Å R-free 0.267
1S8D Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-3A 提交 2004-02-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；293 K；15% polyethylene glycol 6000, 25mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.252
1T1W Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-3F6I8V 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.237
1T1X Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-4L 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG/MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.240
1T1Y Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-5V 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
1T1Z Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-6A 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
1T20 Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9-6I 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.247
1T21 Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9, monoclinic crystal 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.238
1T22 Structural basis for degenerate recognition of HIV peptide variants by cytotoxic lymphocyte, variant SL9, orthorhombic crystal 提交 2004-04-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG, MES, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.231
1UQS The Crystal Structure of Human CD1b with a Bound Bacterial Glycolipid 提交 2003-10-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 21–119（99 aa）	未记录	GMM GLUCOSE MONOMYCOLATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；0.1M SODIUM CITRATE PH 5.6, 0.5M AMMONIUM SULFATE, 0.5M LITHIUM SULFATE	分辨率 3.10 Å R-free 0.290
1UXS CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-B*2705 COMPLEXED WITH THE LATENT MEMBRANE PROTEIN 2 PEPTIDE (LMP2)OF EPSTEIN-BARR VIRUS 提交 2004-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, RESIDUES 21-119	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1M TRIS, PH 7.5, 15% PEG8000	分辨率 1.55 Å R-free 0.177
1UXW CRYSTAL STRUCTURE OF HLA-B*2709 COMPLEXED WITH THE LATENT MEMBRANE PROTEIN 2 PEPTIDE (LMP2) OF EPSTEIN-BARR VIRUS 提交 2004-03-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 21–119（99 aa）片段：IMMUNOGLOBULIN DOMAIN, RESIDUES 21-119	未记录	GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；0.1M TRIS, PH 8.5, 21% PEG8000	分辨率 1.71 Å R-free 0.190

共 27 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gzp
沉积日期 deposition_date	2002-05-24
结构标题 title	CD1b in complex with GM2 ganglioside
关键词 keywords	LIPID, GANGLIOSIDE, MHC, ANTIGEN PRESENTATION, GLYCOPROTEIN; GLYCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.32 Å
零角强度 I(0) i0	30018800.00
分子量 molecular_weight	43583.0 kDa
排除体积 excluded_volume	55146 Å³
包络体积 envelope_volume	67905 Å³
水化壳体积 shell_volume	24414 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.17 Å
包络 Rg envelope_rg	23.40 Å
形状 Rg shape_rg	23.28 Å
总 Rg total_rg	24.30 Å
总原子数 total_atoms	3078
残基数 n_residues	377
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9084
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.277
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.444
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4625000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.987

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD1B
分子量 formula_weight	33088.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3118

MGSEHAFQGPTSFHVIQTSSFTNSTWAQTQGSGWLDDLQIHGWDSDSGTAIFLKPWSKGNFSDKEVAELEEIFRVYIFGFAREVQDFAGDFQMKYPFEIQGIAGCELHSGGAIVSFLRGALGGLDFLSVKNASCVPSPEGGSRAQKFCALIIQYQGIMETVRILLYETCPRYLLGVLNAGKADLQRQVKPEAWLSSGPSPGPGRLQLVCHVSGFYPKPVWVMWMRGEQEQQGTQLGDILPNANWTWYLRATLDVADGEAAGLSCRVKHSSLEGQDIILYWGPGSGGGLNDIFEAQKIEWH

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	B2-MICROGLOBULIN
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;N-[(1S,2S)-2-HYDROXY-1-({[(2R,3R,4S,5S,6R)-3,4,5-TRIHYDROXY-6-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YL]OXY}METHYL)OCTADECYL]OCTADECANAMIDE ;
分子量 formula_weight	744.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DOCOSANE
分子量 formula_weight	310.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d1gzpa1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1gzpa2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1gzpa3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1gzpb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1gzpb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1gzpA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	1gzpA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1gzpB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	87.527 Å
晶胞边长 b length_b	176.885 Å
晶胞边长 c length_c	75.250 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	34.780 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2730

fit	/app/data/saxs_computation/gz/1gzp/1gzp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gz/1gzp/1gzp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gz/1gzp/1gzp.dat

CD1b in complex with GM2 ganglioside

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-CELL SURFACE GLYCOPROTEIN CD1B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

B2-MICROGLOBULIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)