SAXSdb — 1gzy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR I

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 49–118	未记录	C15 N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE HANGING DROP METHOD IN WHICH DROPS WERE COMPOSED OF VARIOUS RATIOS OF HIGF-I AT 7MG/ML (IN H2O) WITH RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 0.1M TRIS.HCL PH 7.5, 12-15% (W/V) PEG 2K AND 5MM SB12 DETERGENT.	分辨率 2.54 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1GZY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B9G INSULIN-LIKE-GROWTH-FACTOR-1 提交 1999-02-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–57（57 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 1.9；293 K	分辨率未提供
1GZR Human Insulin-like growth factor; ESRF data 提交 2002-05-28	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–118（70 aa）	未记录	C15 N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE HANGING DROP METHOD IN WHICH DROPS WERE COMPOSED OF VARIOUS RATIOS OF HIGF-I AT 7MG/ML (IN H2O) WITH RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 0.1M TRIS.HCL PH 7.5, 12-15% (W/V) PEG 2K AND 5MM SB12 DETERGENT.	分辨率 2.00 Å R-free 0.295
1GZZ Human Insulin-like growth factor; Hamburg data 提交 2002-06-10	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–118（70 aa）	未记录	C15 N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE HANGING DROP METHOD IN WHICH DROPS WERE COMPOSED OF VARIOUS RATIOS OF HIGF-I AT 7MG/ML (IN H2O) WITH RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 0.1M TRIS.HCL PH 7.5, 12-15% (W/V) PEG 2K AND 5MM SB12 DETERGENT.	分辨率 2.30 Å R-free 0.275
1H02 Human Insulin-like growth factor; SRS Daresbury data 提交 2002-06-11	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–118（70 aa）	未记录	C15 N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；THE PROTEIN WAS CRYSTALLIZED BY THE HANGING DROP METHOD IN WHICH DROPS WERE COMPOSED OF VARIOUS RATIOS OF HIGF-I AT 7MG/ML (IN H2O) WITH RESERVOIR SOLUTION CONSISTING OF 0.1M TRIS.HCL PH 7.5, 12-15% (W/V) PEG 2K AND 5MM SB12 DETERGENT.	分辨率 2.00 Å R-free 0.300
1H59 Complex of IGFBP-5 with IGF-I 提交 2001-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 49–118（70 aa）片段：RESIDUES 49-118	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.60	分辨率 2.10 Å R-free 0.262
1IMX 1.8 Angstrom crystal structure of IGF-1 提交 2001-05-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–118（70 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 1 CPQ N,N-BIS(3-D-GLUCONAMIDOPROPYL)DEOXYCHOLAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 3350, deoxy big CHAPS, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.82 Å R-free 0.258
1TGR Crystal Structure of mini-IGF-1(2) 提交 2004-05-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–77（29 aa）片段：residues 1-52 链 A 90–110（21 aa）片段：residues 1-52	突变：T29K 突变：T29K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.65；289 K；Citrate, ethanol, pH 6.65, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.42 Å R-free 0.224
1TGR Crystal Structure of mini-IGF-1(2) 提交 2004-05-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 49–77（29 aa）片段：residues 1-52 链 B 90–110（21 aa）片段：residues 1-52	突变：T29K 突变：T29K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.65；289 K；Citrate, ethanol, pH 6.65, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.42 Å R-free 0.224
1TGR Crystal Structure of mini-IGF-1(2) 提交 2004-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 49–77（29 aa）片段：residues 1-52 链 A 90–110（21 aa）片段：residues 1-52 链 B 49–77（29 aa）片段：residues 1-52 链 B 90–110（21 aa）片段：residues 1-52	突变：T29K 突变：T29K 突变：T29K 突变：T29K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.65；289 K；Citrate, ethanol, pH 6.65, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.42 Å R-free 0.224
2GF1 SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR 1: A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS STUDY 提交 1991-01-23	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–118（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
3GF1 SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR 1: A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS STUDY 提交 1991-01-24	配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 49–118（70 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGFA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–70； UniProt 49–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1gzy
沉积日期 deposition_date	2002-06-10
结构标题 title	Human Insulin-like growth factor; In-house data
关键词 keywords	GROWTH FACTOR, INSULIN FAMILY, IGF-1, PLASMA; GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	12.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	11.47 Å
零角强度 I(0) i0	1082970.00
分子量 molecular_weight	6729.0 kDa
排除体积 excluded_volume	8416 Å³
包络体积 envelope_volume	9771 Å³
水化壳体积 shell_volume	7698 Å³
包络直径 envelope_diameter	42.7 Å
壳层 Rg shell_rg	16.49 Å
包络 Rg envelope_rg	12.25 Å
形状 Rg shape_rg	11.52 Å
总 Rg total_rg	12.80 Å
总原子数 total_atoms	467
残基数 n_residues	57
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	44.1 Å
Rg (实空间) rg_real	12.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0830e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1420e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1083000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8506
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.351
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.044
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	114900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.722; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.961; Smooth: 0.926

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR I
分子量 formula_weight	7663.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	482

GPETLCGAELVDALQFVCGDRGFYFNKPTGYGSSSRRAPQTGIVDECCFRSCDLRRLEMYCAPLKPAKSA

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-DODECYL-N,N-DIMETHYL-3-AMMONIO-1-PROPANESULFONATE
分子量 formula_weight	336.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1gzyb_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.1 — Insulin-like
超家族 Superfamily superfamily	g.1.1 — Insulin-like
家族 Family family	g.1.1.1 — Insulin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1gzyB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	100 — Insulin-like, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Insulin-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	30.723 Å
晶胞边长 b length_b	69.282 Å
晶胞边长 c length_c	64.528 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.540 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2130
R_free r_free	0.2650

fit	/app/data/saxs_computation/gz/1gzy/1gzy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gz/1gzy/1gzy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gz/1gzy/1gzy.dat

Human Insulin-like growth factor; In-house data

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction