1h1b

Crystal structure of human neutrophil elastase complexed with an inhibitor (GW475151)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LEUKOCYTE ELASTASE

物种未注明

UniProt P08246

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 2 其他聚合物 4 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 30–50 链 A; UniProt 51–108 链 A; UniProt 109–110 链 A; UniProt 111–160 链 A; UniProt 161–174 链 A; UniProt 175–183 链 A; UniProt 184–200 链 A; UniProt 201–202 链 A; UniProt 203–247 链 B; UniProt 30–50 链 B; UniProt 51–108 链 B; UniProt 109–110 链 B; UniProt 111–160 链 B; UniProt 161–174 链 B; UniProt 175–183 链 B; UniProt 184–200 链 B; UniProt 201–202 链 B; UniProt 203–247 未记录 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 151 (2S)-3-METHYL-2-((2R,3S)-3-[(METHYLSULFONYL)AMINO]-1-{[2-(PYRROLIDIN-1-YLMETHYL)-1,3-OXAZOL-4-YL]CARBONYL}PYRROLIDIN-2-YL)BUTANOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 4;HNE/GW475151 COMPLEX 10MG/ML IN 10MM NA CITRATE PH 5.0. HANGING DROPS OF EQUAL VOLUMES OF PROTEIN AND PRECIPITANT. PRECIPITANT 1.1-1.2M AMMONIUM SULPHATE, 100MM CITRATE PH 3.8-4.0, ROOM TEMP. 分辨率 2.00 Å R-free 0.310

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、70 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELNE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–21; UniProt 30–50 作者链 A; PDB构建体 22–79; UniProt 51–108 作者链 A; PDB构建体 80–81; UniProt 109–110 作者链 A; PDB构建体 82–131; UniProt 111–160 作者链 A; PDB构建体 132–145; UniProt 161–174 作者链 A; PDB构建体 146–152; UniProt 175–183 作者链 A; PDB构建体 153–179; UniProt 184–200 作者链 A; PDB构建体 180–181; UniProt 201–202 作者链 A; PDB构建体 182–218; UniProt 203–247 作者链 B; PDB构建体 1–21; UniProt 30–50 作者链 B; PDB构建体 22–79; UniProt 51–108 作者链 B; PDB构建体 80–81; UniProt 109–110 作者链 B; PDB构建体 82–131; UniProt 111–160 作者链 B; PDB构建体 132–145; UniProt 161–174 作者链 B; PDB构建体 146–152; UniProt 175–183 作者链 B; PDB构建体 153–179; UniProt 184–200 作者链 B; PDB构建体 180–181; UniProt 201–202 作者链 B; PDB构建体 182–218; UniProt 203–247

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1h1b

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1h1b
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1h1b
沉积日期 deposition_date2002-07-05
结构标题 titleCrystal structure of human neutrophil elastase complexed with an inhibitor (GW475151)
关键词 keywordsHYDROLASE, SERINE PROTEASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.79
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.68
零角强度 I(0) i041670200.00
分子量 molecular_weight48869.0 kDa
排除体积 excluded_volume60956 ų
包络体积 envelope_volume72547 ų
水化壳体积 shell_volume25775 ų
包络直径 envelope_diameter78.8
壳层 Rg shell_rg30.73
包络 Rg envelope_rg23.87
形状 Rg shape_rg23.66
总 Rg total_rg24.59
总原子数 total_atoms3426
残基数 n_residues436
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.9
Rg (实空间) rg_real24.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real4.1670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.80
I(0) (倒空间) i0_reciprocal41670000.0000
解质量估计 total_estimate0.9020
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.6
偏度 Skewness skewness0.343
峰度 Kurtosis kurtosis-0.532
角度范围 angular_range— – 0.3200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha19680000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.952

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1h1ba_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases
结构域编号 domain_idd1h1bb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamilyb.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family familyb.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1h1bA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1h1bA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1h1bB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases
结构域编号 domain_id1h1bB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Trypsin-like serine proteases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)