1h3h

Structural Basis for Specific Recognition of an RxxK-containing SLP-76 peptide by the Gads C-terminal SH3 domain

Method: SOLUTION NMR Dmax: 36.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2

MUS MUSCULUS

UniProt O89100

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 263–322 片段:C-TERMINAL SH3 DOMAIN, RESIDUES 263-322 LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2 × 1 (Q13094) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6;285 K;离子强度(mmCIF原始值)100MM NACL, 50MM SODIUM PHOSPHATE;压力 1 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRP2_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–60; UniProt 263–322

LYMPHOCYTE CYTOSOLIC PROTEIN 2

HOMO SAPIENS

UniProt Q13094

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 226–235 片段:RESIDUES 226-235 GRB2-RELATED ADAPTOR PROTEIN 2 × 1 (O89100) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 6;285 K;离子强度(mmCIF原始值)100MM NACL, 50MM SODIUM PHOSPHATE;压力 1 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LCP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–10; UniProt 226–235

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1h3h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1h3h
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1h3h
沉积日期 deposition_date2002-09-03
结构标题 titleStructural Basis for Specific Recognition of an RxxK-containing SLP-76 peptide by the Gads C-terminal SH3 domain
关键词 keywordsPROTEIN-BINDING, COMPLEX (SH3-PEPTIDE), T-CELL SIGNALING, SH3 DOMAIN, SH2 DOMAIN, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.24
零角强度 I(0) i0376595000.00
分子量 molecular_weight161640.0 kDa
排除体积 excluded_volume201020 ų
包络体积 envelope_volume15346 ų
水化壳体积 shell_volume10445 ų
包络直径 envelope_diameter41.1
壳层 Rg shell_rg18.27
包络 Rg envelope_rg12.95
形状 Rg shape_rg11.15
总 Rg total_rg11.68
总原子数 total_atoms22500
残基数 n_residues1420
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax36.7
Rg (实空间) rg_real11.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real3.7660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal376600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8126
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.8
偏度 Skewness skewness0.103
峰度 Kurtosis kurtosis-0.316
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha141200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.859; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1h3ha_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.1 — SH3-domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1h3hA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)