1h5w

2.1A Bacteriophage Phi-29 Connector

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UPPER COLLAR PROTEIN

BACTERIOPHAGE PHI-29

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 12	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 16 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VG10_BPPH2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 B； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309 作者链 C； PDB构建体 1–309； UniProt 1–309

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1h5w
沉积日期 deposition_date	2001-05-28
结构标题 title	2.1A Bacteriophage Phi-29 Connector
关键词 keywords	VIRUS, CONNECTOR, PORTAL, SH3-LIKE, HELIX BUNDLE; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1h5w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1h5w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1h5w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.46 Å
Rg（电子密度）	50.89 Å
总 Rg	51.16 Å
原子数	24824
残基数	3032
排除体积	442120 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1h5w__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UPPER COLLAR PROTEIN
分子量 formula_weight	35917.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	6700

MARKRSNTYRSINEIQRQKRNRWFIHYLNYLQSLAYQLFEWENLPPTINPSFLEKSIHQFGYVGFYKDPVISYIACNGALSGQRDVYNQATVFRAASPVYQKEFKLYNYRDMKEEDMGVVIYNNDMAFPTTPTLELFAAELAELKEIISVNQNAQKTPVLIRANDNNQLSLKQVYNQYEGNAPVIFAHEALDSDSIEVFKTDAPYVVDKLNAQKNAVWNEMMTFLGIKNANLEKKERMVTDEVSSNDEQIESSGTVFLKSREEACEKINELYGLNVKVKFRYDIVEQMRRELQQIENVSRGTSDGETNE

来源 Source

来源生物 organism	BACTERIOPHAGE PHI-29
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10756
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	494

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1h5wa_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.27 — Upper collar protein gp10 (connector protein)
超家族 Superfamily superfamily	e.27.1 — Upper collar protein gp10 (connector protein)
家族 Family family	e.27.1.1 — Upper collar protein gp10 (connector protein)

结构域编号 domain_id	d1h5wb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.27 — Upper collar protein gp10 (connector protein)
超家族 Superfamily superfamily	e.27.1 — Upper collar protein gp10 (connector protein)
家族 Family family	e.27.1.1 — Upper collar protein gp10 (connector protein)

结构域编号 domain_id	d1h5wc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.27 — Upper collar protein gp10 (connector protein)
超家族 Superfamily superfamily	e.27.1 — Upper collar protein gp10 (connector protein)
家族 Family family	e.27.1.1 — Upper collar protein gp10 (connector protein)

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	1h5wA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1h5wA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	500 — Upper collar protein gp10 (connector protein) fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Upper collar protein gp10 (connector protein)

结构域编号 domain_id	1h5wA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1350 — Crambin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PHI-29 conector. Domain 3

结构域编号 domain_id	1h5wB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1h5wB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	500 — Upper collar protein gp10 (connector protein) fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Upper collar protein gp10 (connector protein)

结构域编号 domain_id	1h5wB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1350 — Crambin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PHI-29 conector. Domain 3

结构域编号 domain_id	1h5wC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	246 — Serum Albumin; Chain A, Domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 —

结构域编号 domain_id	1h5wC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	500 — Upper collar protein gp10 (connector protein) fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Upper collar protein gp10 (connector protein)

结构域编号 domain_id	1h5wC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1350 — Crambin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PHI-29 conector. Domain 3

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晶胞边长 a length_a	155.340 Å
晶胞边长 b length_b	155.340 Å
晶胞边长 c length_c	160.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	42.000 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2520

2.1A Bacteriophage Phi-29 Connector

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UPPER COLLAR PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h5w__assembly_1__model_1

1h5w__assembly_1__model_1 | I(q)

1h5w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)

2.1A Bacteriophage Phi-29 Connector

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UPPER COLLAR PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1h5w__assembly_1__model_1

1h5w__assembly_1__model_1 | I(q)

1h5w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (1)