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1hdn

THE HIGH-RESOLUTION STRUCTURE OF THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI DETERMINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS FROM NMR NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT DATA

Method: SOLUTION NMR Dmax: 37.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR

Escherichia coli

UniProt P0AA04

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–85 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1HDN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CM2 STRUCTURE OF HIS15ASP HPR AFTER HYDROLYSIS OF RINGED SPECIES. 提交 1999-05-13 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–85（85 aa）
突变：HIS15ASP 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；pH 4.6
分辨率 1.80 Å
1CM3 HIS15ASP HPR FROM E. COLI 提交 1999-05-13 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–85（85 aa）
突变：HIS15ASP 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.4；pH 5.4
分辨率 1.60 Å
1GGR COMPLEX OF ENZYME IIAGLC AND THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI NMR, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 2000-09-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–85（85 aa）
未记录 PO3 PHOSPHITE ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.1；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
1J6T COMPLEX OF ENZYME IIAMTL AND THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI NMR, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 2002-08-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–85（85 aa）
未记录 PO3 PHOSPHITE ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
1OPD HISTIDINE-CONTAINING PROTEIN (HPR), MUTANT WITH SER 46 REPLACED BY ASP (S46D) 提交 1996-08-01 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–85（85 aa）
突变：S46D SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.50 Å R-free 0.234
1PFH THE PHOSPHORYLATED FORM OF THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR 提交 1995-08-18 突变/修饰不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–85（85 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1POH THE 2.0 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR: A REDETERMINATION 提交 1993-10-19 配体/离子不同 实验方法不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–85（85 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
1VRC Complex of enzyme IIAmannose and the histidine-containing phosphocarrier protein HPr from escherichia coli nmr, restrained regularized mean structure 提交 2005-02-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–85（85 aa）
链 D 1–85（85 aa）
未记录 PO3 PHOSPHITE ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）40 mM SODIUM PHOSPHATE
分辨率未提供
2JEL JEL42 FAB/HPR COMPLEX 提交 1998-02-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 1–85（85 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.8
分辨率 2.50 Å R-free 0.280
2LRK Solution Structures of the IIA(Chitobiose)-HPr complex of the N,N'-Diacetylchitobiose 提交 2012-04-06 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 15N] HPr/IIAChb complex, 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HPR/IIAChb complex, 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HPR/IIAChb complex, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 15N] HPr/IIAChb complex, 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HPR/IIAChb complex, 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HPR/IIAChb complex, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2LRL Solution Structures of the IIA(Chitobiose)-HPr complex of the N,N'-Diacetylchitobiose Branch of the Escherichia coli Phosphotransferase System 提交 2012-04-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–85（85 aa）
未记录 PO3 PHOSPHITE ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成 1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 1.0 mM D2O, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
3CCD 1.0 A Structure of Post-Succinimide His15Asp HPr 提交 2008-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–85（85 aa）
链 B 1–85（85 aa）
突变：His15Asp 突变：His15Asp SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；287 K；0.1M citrate phosphate buffer, 25% saturated ammonium sulphate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
分辨率 1.00 Å R-free 0.205
3CCD 1.0 A Structure of Post-Succinimide His15Asp HPr 提交 2008-02-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–85（85 aa）
突变：His15Asp SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；287 K；0.1M citrate phosphate buffer, 25% saturated ammonium sulphate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
分辨率 1.00 Å R-free 0.205
3CCD 1.0 A Structure of Post-Succinimide His15Asp HPr 提交 2008-02-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–85（85 aa）
突变：His15Asp SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；287 K；0.1M citrate phosphate buffer, 25% saturated ammonium sulphate, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
分辨率 1.00 Å R-free 0.205
3EZA COMPLEX OF THE AMINO TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I AND THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI NMR, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 1998-11-03 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；313 K
分辨率未提供
3EZB COMPLEX OF THE AMINO TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I AND THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI 提交 1998-11-03 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；313 K
分辨率未提供
3EZE COMPLEX OF THE AMINO TERMINAL DOMAIN OF ENZYME I AND THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI NMR, RESTRAINED REGULARIZED MEAN STRUCTURE 提交 1998-11-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–85（85 aa）
未记录 PO3 PHOSPHITE ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；313 K
分辨率未提供
4XWJ Histidine-containing phosphocarrier protein (HPr) and antisigma factor Rsd complex 提交 2015-01-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–85（85 aa）
突变：F2S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287.15 K；0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 1.6 M ammonium sulfate
分辨率 2.10 Å R-free 0.299
5YA0 Crystal structure of LsrK and HPr complex 提交 2017-08-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–85（85 aa）
未记录 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；5~20% (v/v) PEG-400, 0.1 M sodium phosphate-citrate (pH 4.2), and 0.2 M lithium sulfate
分辨率 3.00 Å R-free 0.239
5YA0 Crystal structure of LsrK and HPr complex 提交 2017-08-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–85（85 aa）
未记录 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；293 K；5~20% (v/v) PEG-400, 0.1 M sodium phosphate-citrate (pH 4.2), and 0.2 M lithium sulfate
分辨率 3.00 Å R-free 0.239
5YA1 crystal structure of LsrK-HPr complex with ATP 提交 2017-08-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–85（85 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5~20% (v/v) PEG-400, 0.1M sodium phosphate-citrate (pH 4.2), 0.2M lithium sulfate
分辨率 2.70 Å R-free 0.254
5YA1 crystal structure of LsrK-HPr complex with ATP 提交 2017-08-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–85（85 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5~20% (v/v) PEG-400, 0.1M sodium phosphate-citrate (pH 4.2), 0.2M lithium sulfate
分辨率 2.70 Å R-free 0.254
5YA2 Crystal structure of LsrK-HPr complex with ADP 提交 2017-08-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–85（85 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5~20%(v/v) PEG-400, 0.1M sodium phosphate-citrate (pH 4.2), 0.2M lithium sulfate
分辨率 2.70 Å R-free 0.255
5YA2 Crystal structure of LsrK-HPr complex with ADP 提交 2017-08-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–85（85 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 HEZ HEXANE-1,6-DIOL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；5~20%(v/v) PEG-400, 0.1M sodium phosphate-citrate (pH 4.2), 0.2M lithium sulfate
分辨率 2.70 Å R-free 0.255
6KCR X-ray structure of the MtlR-HPr complex from Escherichia coli 提交 2019-06-28 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；100 mM Tris-HCl (pH 8.5), 200 mM Mg-acetate, 15% polyethylene glycol (PEG) 8000
分辨率 3.50 Å R-free 0.260
6KCR X-ray structure of the MtlR-HPr complex from Escherichia coli 提交 2019-06-28 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；100 mM Tris-HCl (pH 8.5), 200 mM Mg-acetate, 15% polyethylene glycol (PEG) 8000
分辨率 3.50 Å R-free 0.260
9S8B Structure of glycogen phosphorylase - dimeric form - in complex with HPr from Escherichia coli 提交 2025-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–85（85 aa）
链 D 1–85（85 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
9S8K Structure of glycogen phosphorylase - tetrameric form - in complex with HPr from Escherichia coli 提交 2025-08-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–85（85 aa）
链 F 1–85（85 aa）
链 G 1–85（85 aa）
链 H 1–85（85 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.06 Å

共 22 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTHP_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–85； UniProt 1–85

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1hdn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1hdn
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1hdn
沉积日期 deposition_date1994-02-10
结构标题 titleTHE HIGH-RESOLUTION STRUCTURE OF THE HISTIDINE-CONTAINING PHOSPHOCARRIER PROTEIN HPR FROM ESCHERICHIA COLI DETERMINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS FROM NMR NUCLEAR OVERHAUSER EFFECT DATA
关键词 keywordsPHOSPHOTRANSFERASE; PHOSPHOTRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.72 Å
零角强度 I(0) i01017530000.00
分子量 molecular_weight273520.0 kDa
排除体积 excluded_volume343720 ų
包络体积 envelope_volume19148 ų
水化壳体积 shell_volume12134 ų
包络直径 envelope_diameter43.3 Å
壳层 Rg shell_rg19.23 Å
包络 Rg envelope_rg13.47 Å
形状 Rg shape_rg11.71 Å
总 Rg total_rg11.86 Å
总原子数 total_atoms23550
残基数 n_residues2550
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax37.9 Å
Rg (实空间) rg_real11.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0180e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1018000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7977
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.8 Å
偏度 Skewness skewness-0.003
峰度 Kurtosis kurtosis-0.342
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha116600.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.795; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1hdna_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.94 — HPr-like
超家族 Superfamily superfamilyd.94.1 — HPr-like
家族 Family familyd.94.1.1 — HPr-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1hdnA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1340 — Histidine-containing Protein; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — HPr-like
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)