1hic

THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF HIRUDIN(1-51) AND COMPARISON WITH CORRESPONDING THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES DETERMINED USING THE COMPLETE 65-RESIDUE HIRUDIN POLYPEPTIDE CHAIN

Method: SOLUTION NMR D_max: 37.5 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIRUDIN VARIANT

Hirudo medicinalis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–51	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1HIC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AD8 COMPLEX OF THROMBIN WITH AND INHIBITOR CONTAINING A NOVEL P1 MOIETY 提交 1997-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1 MDL [DEHYDROXY-N-METHYL-TYROSYL-PROLINYL]-[4,4,5,5,5-PENTAFLUORO-3-OXY-1-[3-INDOLYL]-PENT-2-YL]AMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；A DROP WITH 1.62 MG/ML PROTEIN, 0.375 M NACL, 0.09 M PHOSPHATE BUFFER (PH 7.3), 0.5 MM AZIDE, 4.9 MM INHIBITOR AND 15% (W/V) PEG8000 WAS EQUILIBRATED AGAINST 30% (W/V)PEG8000 IN 0.08 M PHOSPHATE BUFFER (PH 7.3), USING A HANGING DROP SETUP., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å
1AY6 THROMBIN INHIBITOR FROM THEONALLA, CYCLOTHEANAMIDE-BASED MACROCYCLIC TRIPEPTIDE MOTIF 提交 1997-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）片段：residues 55-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1ZV amino({3-[(3R,5R,14S,16S,21aR)-5,14-dihydroxy-1,4,17-trioxo-16-(2-phenylethyl)icosahydro-1H-pyrrolo[1,2-d][1,4,7,11]tetraazacyclononadecin-3-yl]propyl}amino)methaniminium × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；CRYSTALLIZED FROM 25% PEG 8K, 0.1M SOD. PHOSPHATE BUFFER PH 7.5. MACROSEEDED TO MAKE LARGER CRYSTALS	分辨率 1.80 Å
1BCU ALPHA-THROMBIN COMPLEXED WITH HIRUGEN AND PROFLAVIN 提交 1998-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–65（12 aa）片段：RESIDUES 54-65 OF HIRUDIN	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PRL PROFLAVIN × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7	分辨率 2.00 Å R-free 0.212
1H8D X-ray structure of the human alpha-thrombin complex with a tripeptide phosphonate inhibitor. 提交 2001-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）片段：RESIDUES 55 TO 64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PHW N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-{(1S,3E)-1-[dihydroxy(diphenoxy)-lambda~5~-phosphanyl]-4-methoxybut-3-en-1-yl}-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；20% PEG 8K, 0.05MM NAHPO4, 0.1M NACL, PH 7.20	分辨率 1.40 Å R-free 0.220
1H8I X-ray crystal structure of human alpha-thrombin with a tripeptide phosphonate inhibitor. 提交 2001-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）片段：RESIDUES 55 TO 64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PHV N-[(benzyloxy)carbonyl]-beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-[(1S)-4-methoxy-1-phosphonobutyl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.2；PH 7.20	分辨率 1.75 Å R-free 0.235
1HRT THE STRUCTURE OF A COMPLEX OF BOVINE ALPHA-THROMBIN AND RECOMBINANT HIRUDIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-02-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1HXE SERINE PROTEASE 提交 1995-12-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）	未记录	RB RUBIDIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1HXF HUMAN THROMBIN COMPLEX WITH HIRUDIN VARIANT 提交 1996-09-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–64（10 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
2HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1988-12-19	构建体不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2JOO The NMR Solution Structure of Recombinant RGD-hirudin 提交 2007-03-14	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成 5 mM RGD-hirudin, 0.02mol/L Na2HPO4/NaH2PO4 buffer, pH 7.0, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2PW8 Crystal structure of sulfo-hirudin complexed to thrombin 提交 2007-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 3–65（63 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；0.1M Tris, 20% PEG2K, 0.01M Nickel Chloride. , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.84 Å R-free 0.233
2V3O Thrombin with 3-cycle with F 提交 2007-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 56–65（10 aa）片段：C-TERMINUS, RESIDUES 56-65	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	I26 (2R)-[(4-CARBAMIMIDOYLPHENYL)AMINO]{3-[3-(DIMETHYLAMINO)-2,2-DIMETHYLPROPOXY]-5-ETHYL-2-FLUOROPHENYL}ETHANOIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.79 Å R-free 0.212
2ZC9 Thrombin in complex with Inhibitor 提交 2007-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 22U D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.58 Å R-free 0.233
2ZDA Exploring Thrombin S1 pocket 提交 2007-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 32U D-phenylalanyl-N-{4-[amino(iminio)methyl]benzyl}-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.73 Å R-free 0.228
2ZDV Exploring Thrombin S1 pocket 提交 2007-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1 37U D-phenylalanyl-N-(3-fluorobenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.72 Å R-free 0.243
2ZF0 Exploring Thrombin S1 Pocket 提交 2007-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 51U D-phenylalanyl-N-(3-methylbenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
2ZFF Exploring Thrombin S1-pocket 提交 2008-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 53U D-phenylalanyl-N-benzyl-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.47 Å R-free 0.203
2ZFP Thrombin Inibition 提交 2008-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 19U 1-[(2R)-2-aminobutanoyl]-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.298
2ZGB Thrombin Inhibition 提交 2008-01-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 21U D-leucyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.231
2ZGX Thrombin Inhibition 提交 2008-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 29U 1-[(2R)-2-aminobutanoyl]-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.229
2ZHQ Thrombin Inhibition 提交 2008-02-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 27U N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(3-phenylpropanoyl)-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.96 Å R-free 0.272
2ZI2 Thrombin Inhibition 提交 2008-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 24U 1-butanoyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.65 Å R-free 0.225
2ZIQ Thrombin Inhibition 提交 2008-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	26U N-(4-carbamimidoylbenzyl)-1-(4-methylpentanoyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.65 Å R-free 0.225
2ZNK Thrombin Inhibition 提交 2008-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	31U D-leucyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.229
2ZO3 Bisphenylic Thrombin Inhibitors 提交 2008-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	33U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-(4-carbamimidoylbenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.250
3D49 Thrombin Inhibition 提交 2008-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 BEN BENZAMIDINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.237
3DHK Bisphenylic Thrombin Inhibitors 提交 2008-06-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	23U beta-phenyl-D-phenylalanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.73 Å R-free 0.249
3DT0 Understanding Thrombin Inhibition 提交 2008-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	16U N-(3-chlorobenzyl)-1-(4-methylpentanoyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.286
3DUX Understanding Thrombin Inhibition 提交 2008-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	64U 3-cyclohexyl-D-alanyl-N-(3-chlorobenzyl)-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.60 Å R-free 0.247
3EGK KNOBLE Inhibitor 提交 2008-09-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	M18 {(2S)-1-[N-(tert-butoxycarbonyl)glycyl]pyrrolidin-2-yl}methyl (3-chlorophenyl)acetate × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.312
3EQ0 Thrombin Inhibitor 提交 2008-09-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：Residues 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	2TS (2S)-N-[[2-(aminomethyl)-5-chloro-phenyl]methyl]-1-[(2R)-5-carbamimidamido-2-(phenylmethylsulfonylamino)pentanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Phosphate Buffer, Sodium Chloride, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.53 Å R-free 0.249
3LDX Discovery and Clinical Evaluation of RWJ-671818, a Thrombin Inhibitor with an Oxyguanidine P1 Motif 提交 2010-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–65（11 aa）片段：residues 55-65	未记录	NLI N-[2-(carbamimidamidooxy)ethyl]-2-{3-[(2,2-difluoro-2-phenylethyl)amino]-6-methyl-2-oxopyrazin-1(2H)-yl}acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.25 Å R-free 0.224
3UTU High affinity inhibitor of human thrombin 提交 2011-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 54–64（11 aa）片段：UNP RESIDUES 54-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	1TS (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2S)-2-[(3-chloro-4-methoxybenzene)sulfonamido]-3-{[(4-cyanophenyl)methyl]carbamoyl}propanoyl]pyrrolidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；PHOSPHATE BUFFER, SODIUM CHLORIDE, PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.55 Å R-free 0.271
4AX9 Human thrombin complexed with Napsagatran, RO0466240 提交 2012-06-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 55–65（11 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 55-65	未记录	NA SODIUM ION × 2 N5N 2-[[(2S)-4-[[(3S)-1-carbamimidoylpiperidin-3-yl]methylamino]-2-(naphthalen-2-ylsulfonylamino)-4-oxidanylidene-butanoyl] -cyclopropyl-amino]ethanoic acid × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.196
4BAH Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 53–64（12 aa）片段：RESIDUES 62-71	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MEL [((1R)-2-{(2S)-2-[({4-[AMINO(IMINO)METHYL]BENZYL}AMINO)CARBONYL]AZETIDINYL}-1-CYCLOHEXYL-2-OXOETHYL)AMINO]ACETIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.94 Å R-free 0.194
4BAK Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 53–64（12 aa）片段：RESIDUES 62-71	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M67 (2S)-N-(4-CARBAMIMIDOYLBENZYL)-1-[(2R)-2-CYCLOHEXYL-2-{[2-OXO-2-(PROPYLAMINO)ETHYL]AMINO}ACETYL]AZETIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.94 Å R-free 0.203
4BAM Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 53–64（12 aa）片段：RESIDUES 53-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 MM9 (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(dimethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.88 Å R-free 0.195
4BAN Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 53–64（12 aa）片段：RESIDUES 53-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M6S (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(methylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.87 Å R-free 0.203
4BAQ Thrombin in complex with inhibitor 提交 2012-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 53–64（12 aa）片段：RESIDUES 53-64	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 M4Z (2S)-N-[(4-carbamimidoylphenyl)methyl]-1-[(2R)-2-cyclohexyl-2-[[2-(ethylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]amino]ethanoyl]azetidine-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.89 Å R-free 0.221
4HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1988-12-19	构建体不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
4LXB Crystal Structure Analysis of thrombin in complex with compound D58 提交 2013-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 53–65（13 aa）片段：unp residues 53-65	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 2 7R9 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-difluoromethoxy-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-((S)-3-dimethylamino-pyrrolidin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；277 K；0.1 M SODIUM PHASPHATE PH=7.3, 20% PEG8000, 5MG/ML THROMBIN, 0.2 M NACL, 1 mM INHIBNITOR, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.61 Å R-free 0.228
4MLF Crystal structure for the complex of thrombin mutant D102N and hirudin 提交 2013-09-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–65（65 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ACT ACETATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；20% PEG 3350, 0.2M Ca acetate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.234
4YES Thrombin in complex with (S)-(4-chloro-2-((1-(5-methyl-1H-pyrrole-2-carbonyl)pyrrolidine-2-carboxamido)methyl)phenyl)methanaminium 提交 2015-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 54–65（12 aa）片段：UNP residues 54-65	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 45S N-[2-(aminomethyl)-5-chlorobenzyl]-1-[(5-methyl-1H-pyrrol-2-yl)carbonyl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；28 % PEG 2000 MMe, 100mM BisTris	分辨率 1.50 Å R-free 0.234
5HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1990-01-09	构建体不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
6HIR SOLUTION STRUCTURE OF RECOMBINANT HIRUDIN AND THE LYS-47 (RIGHT ARROW) GLU MUTANT. A NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE AND HYBRID DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING STUDY 提交 1990-01-09	构建体不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–65（65 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
7A0D The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C16U/C28U) at 1.6 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 III 1–65（65 aa）	突变：C16U/C28U	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.2 M NaCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
7A0E The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C6U/C14U) at 1.9 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 III 1–65（65 aa）	突变：C6U/C14U	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), and 0.2 M NaCl	分辨率 1.90 Å R-free 0.263
7A0F The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C22U/C39U) at 2.7 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 III 1–65（65 aa）	突变：C22U/C39U	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.3 M NaCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.253

共 48 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITH1_HIRME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–51； UniProt 1–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hic
沉积日期 deposition_date	1992-04-30
结构标题 title	THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF HIRUDIN(1-51) AND COMPARISON WITH CORRESPONDING THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES DETERMINED USING THE COMPLETE 65-RESIDUE HIRUDIN POLYPEPTIDE CHAIN
关键词 keywords	HIRUDIN; HIRUDIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	9.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.27 Å
零角强度 I(0) i0	209305000.00
分子量 molecular_weight	105400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	125250 Å³
包络体积 envelope_volume	12654 Å³
水化壳体积 shell_volume	9010 Å³
包络直径 envelope_diameter	42.7 Å
壳层 Rg shell_rg	17.70 Å
包络 Rg envelope_rg	13.10 Å
形状 Rg shape_rg	10.34 Å
总 Rg total_rg	10.27 Å
总原子数 total_atoms	13920
残基数 n_residues	1020
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	37.5 Å
Rg (实空间) rg_real	10.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	10.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	209300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8182
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	11.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.437
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.085
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51120.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.651; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.716; Smooth: 0.962

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1hica_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.15 — Leech antihemostatic proteins
家族 Family family	g.3.15.2 — Hirudin-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1hicA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin Inhibitor (Hirudin); Chain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thrombin Inhibitor (Hirudin), subunit I

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8. 引用文献 (4)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

描述 description	HIRUDIN VARIANT
分子量 formula_weight	5293.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13920

来源生物 organism	Hirudo medicinalis
通用名 common_name	medicinal leech
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	6421

THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF HIRUDIN(1-51) AND COMPARISON WITH CORRESPONDING THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES DETERMINED USING THE COMPLETE 65-RESIDUE HIRUDIN POLYPEPTIDE CHAIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HIRUDIN VARIANT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

fit	/app/data/saxs_computation/hi/1hic/1hic.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hi/1hic/1hic.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hi/1hic/1hic.dat