1hl6

A novel mode of RBD-protein recognition in the Y14-mago complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CG8781 PROTEIN

DROSOPHILA MELANOGASTER

UniProt Q9V535

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 MAGO NASHI PROTEIN × 1 (P49028) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 MAGO NASHI PROTEIN × 1 (P49028) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9V535
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–165; UniProt 1–165 作者链 C; PDB构建体 1–165; UniProt 1–165

MAGO NASHI PROTEIN

DROSOPHILA MELANOGASTER

UniProt P49028

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 CG8781 PROTEIN × 1 (Q9V535) water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 CG8781 PROTEIN × 1 (Q9V535) water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P49028
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–147; UniProt 1–147 作者链 D; PDB构建体 1–147; UniProt 1–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1hl6
沉积日期 deposition_date2003-03-13
结构标题 titleA novel mode of RBD-protein recognition in the Y14-mago complex
关键词 keywordsSIGNAL PROTEIN, RDB, EXON-EXON JUNCTION, OSKAR, RNP, NMD; SIGNAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1hl6__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1hl6__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

1hl6__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)20.30 Å
Rg(电子密度)19.01 Å
总 Rg19.96 Å
原子数2089
残基数254
排除体积37089 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1hl6__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 1hl6__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1hl6a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.1 — Canonical RBD
结构域编号 domain_idd1hl6b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.232 — Mago nashi protein
超家族 Superfamily superfamilyd.232.1 — Mago nashi protein
家族 Family familyd.232.1.1 — Mago nashi protein
结构域编号 domain_idd1hl6c_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family familyd.58.7.1 — Canonical RBD
结构域编号 domain_idd1hl6d_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.232 — Mago nashi protein
超家族 Superfamily superfamilyd.232.1 — Mago nashi protein
家族 Family familyd.232.1.1 — Mago nashi protein

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1hl6A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id1hl6B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1560 — Mago nashi protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mago nashi
结构域编号 domain_id1hl6C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily330 — RRM (RNA recognition motif) domain
结构域编号 domain_id1hl6D00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1560 — Mago nashi protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Mago nashi

7. 引用文献 (1)