SAXSdb — 1oo0

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1oo0
沉积日期 deposition_date	2003-03-02
结构标题 title	Crystal structure of the Drosophila Mago nashi-Y14 complex
关键词 keywords	RNA recognition motif, splicing, Protein complex, Exon junction complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.61 Å
零角强度 I(0) i0	13664300.00
分子量 molecular_weight	28083.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35277 Å³
包络体积 envelope_volume	40706 Å³
水化壳体积 shell_volume	18441 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.1 Å
壳层 Rg shell_rg	24.76 Å
包络 Rg envelope_rg	18.92 Å
形状 Rg shape_rg	18.59 Å
总 Rg total_rg	19.59 Å
总原子数 total_atoms	1973
残基数 n_residues	236
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7680e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6661
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.215
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.399
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2068000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 0.998; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Mago nashi protein
分子量 formula_weight	17335.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2111

MSTEDFYLRYYVGHKGKFGHEFLEFEFRPDGKLRYANNSNYKNDTMIRKEAFVHQSVMEELKRIIIDSEIMQEDDLPWPPPDRVGRQELEIVIGDEHISFTTSKTGSLVDVNRSKDPEGLRCFYYLVQDLKCLVFSLIGLHFKIKPI

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	CG8781-PA
分子量 formula_weight	12698.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AIHSYERVRNEDDDELEPGPQRSVEGWILFVTSIHEEAQEDEIQEKFCDYGEIKNIHLNLDRRTGFSKGYALVEYETHKQALAAKEALNGAEIMGQTIQVDWCFVKGPKR

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 non-polymer

描述 description	STRONTIUM ION
分子量 formula_weight	87.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	138

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1oo0a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.232 — Mago nashi protein
超家族 Superfamily superfamily	d.232.1 — Mago nashi protein
家族 Family family	d.232.1.1 — Mago nashi protein

结构域编号 domain_id	d1oo0b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.7 — RNA-binding domain, RBD, aka RNA recognition motif (RRM)
家族 Family family	d.58.7.1 — Canonical RBD

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1oo0A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1560 — Mago nashi protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mago nashi

结构域编号 domain_id	1oo0B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.027 Å
晶胞边长 b length_b	52.387 Å
晶胞边长 c length_c	52.862 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2150
R_work r_work	0.2150
R_free r_free	0.2620

fit	/app/data/saxs_computation/oo/1oo0/1oo0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oo/1oo0/1oo0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oo/1oo0/1oo0.dat

Crystal structure of the Drosophila Mago nashi-Y14 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)