1hrp

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN

Homo sapiens

UniProt P01215

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–116 未记录 HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN × 1 (P01233) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.314
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–116 未记录 HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN × 2 (P01233) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.314

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLHA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–92; UniProt 25–116

HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN

物种未注明

UniProt P01233

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 2 其他聚合物 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–165 未记录 HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN × 1 (P01215) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.314
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–165 未记录 HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN × 2 (P01215) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.00 Å R-free 0.314

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CGHB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–145; UniProt 21–165

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1hrp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1hrp
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1hrp
沉积日期 deposition_date1994-08-15
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CHORIONIC GONADOTROPIN
关键词 keywordsHORMONE; HORMONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.00
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.14
零角强度 I(0) i010228400.00
分子量 molecular_weight22435.0 kDa
排除体积 excluded_volume27596 ų
包络体积 envelope_volume34496 ų
水化壳体积 shell_volume15332 ų
包络直径 envelope_diameter84.7
壳层 Rg shell_rg25.55
包络 Rg envelope_rg21.50
形状 Rg shape_rg21.19
总 Rg total_rg21.66
总原子数 total_atoms1550
残基数 n_residues196
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.2
Rg (实空间) rg_real21.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.97
I(0) (实空间) i0_real1.0230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6010e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10230000.0000
解质量估计 total_estimate0.7255
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.5
偏度 Skewness skewness0.730
峰度 Kurtosis kurtosis0.285
角度范围 angular_range— – 0.3800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1771000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.396; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.280; Smooth: 0.957

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1hrpa_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.4 — Gonadodropin/Follitropin
结构域编号 domain_idd1hrpb_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.4 — Gonadodropin/Follitropin

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1hrpA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id1hrpB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)