SAXSdb — 1hzc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLD SHOCK PROTEIN CSPB

Bacillus caldolyticus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–66 链 B； UniProt 1–66	突变：R3E,E46A,L66E	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；MPD, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.32 Å R-free 0.181

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1HZC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C9O CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE BACILLUS CALDOLYTICUS COLD SHOCK PROTEIN BC-CSP 提交 1999-08-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–66（66 aa）链 B 1–66（66 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；MPD, HEPES, pH 7.5. VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 293	分辨率 1.17 Å R-free 0.179
1HZ9 BACILLUS CALDOLYTICUS COLD-SHOCK PROTEIN MUTANTS TO STUDY DETERMINANTS OF PROTEIN STABILITY 提交 2001-01-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–66（66 aa）链 B 1–66（66 aa）	突变：E46A 突变：E46A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；MPD, Na-Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.234
1HZA BACILLUS CALDOLYTICUS COLD-SHOCK PROTEIN MUTANTS TO STUDY DETERMINANTS OF PROTEIN STABILITY 提交 2001-01-24	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–66（66 aa）链 B 1–66（66 aa）	突变：V64T,L66E,67A 突变：V64T,L66E,67A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 800, sodium chloride, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
1HZB BACILLUS CALDOLYTICUS COLD-SHOCK PROTEIN MUTANTS TO STUDY DETERMINANTS OF PROTEIN STABILITY 提交 2001-01-24	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–66（66 aa）链 B 1–66（66 aa）	突变：L66E 突变：L66E	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；MPD, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.28 Å R-free 0.189
1I5F BACILLUS CALDOLYTICUS COLD-SHOCK PROTEIN MUTANTS TO STUDY DETERMINANTS OF PROTEIN STABILITY 提交 2001-02-27	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–66（66 aa）链 B 1–66（66 aa）	突变：R3E 突变：R3E	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；PEG 6000, sodium citrate, ammonia sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.40 Å R-free 0.205
2HAX Crystal structure of Bacillus caldolyticus cold shock protein in complex with hexathymidine 提交 2006-06-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–66（66 aa）链 B 1–66（66 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293.15 K；35% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 0.02 M CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 1.29 Å R-free 0.162
5JX4 Crystal structure of E36-G37del mutant of the Bacillus caldolyticus cold shock protein. 提交 2016-05-12	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–66（66 aa）链 B 1–66（66 aa）	突变：E36del, G37del 突变：E36del, G37del	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；291 K；0.1 M Sodium Acetate, Poly(ethylene glycol) methyl ether 2000 30%, 0.2 M Ammonium Sulfate. Protein 20 mg/mL in 20 mM Sodium phosphate.	分辨率 1.80 Å R-free 0.182

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CSPB_BACCL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–66； UniProt 1–66 作者链 B； PDB构建体 1–66； UniProt 1–66

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1hzc
沉积日期 deposition_date	2001-01-24
结构标题 title	BACILLUS CALDOLYTICUS COLD-SHOCK PROTEIN MUTANTS TO STUDY DETERMINANTS OF PROTEIN STABILITY
关键词 keywords	BETA BARREL, HOMODIMER, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.12 Å
零角强度 I(0) i0	4254340.00
分子量 molecular_weight	14543.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18121 Å³
包络体积 envelope_volume	21610 Å³
水化壳体积 shell_volume	12469 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.4 Å
壳层 Rg shell_rg	20.36 Å
包络 Rg envelope_rg	15.30 Å
形状 Rg shape_rg	15.12 Å
总 Rg total_rg	16.18 Å
总原子数 total_atoms	1029
残基数 n_residues	132
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.4 Å
Rg (实空间) rg_real	16.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2540e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6270e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4254000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8830
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.286
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.341
角度范围 angular_range	— – 0.4900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1300000.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.949

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COLD SHOCK PROTEIN CSPB
分子量 formula_weight	7271.0 kDa
突变 mutation	R3E,E46A,L66E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1368

MQEGKVKWFNNEKGYGFIEVEGGSDVFVHFTAIQGEGFKTLEEGQAVSFEIVQGNRGPQAANVVKE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus caldolyticus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1394
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	270

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1hzca_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d1hzcb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1hzcA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	1hzcB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.864 Å
晶胞边长 b length_b	76.864 Å
晶胞边长 c length_c	48.024 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 41
空间群编号 int_tables_number	80
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.320 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1440
R_work r_work	0.1390
R_free r_free	0.1810

fit	/app/data/saxs_computation/hz/1hzc/1hzc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hz/1hzc/1hzc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hz/1hzc/1hzc.dat

BACILLUS CALDOLYTICUS COLD-SHOCK PROTEIN MUTANTS TO STUDY DETERMINANTS OF PROTEIN STABILITY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLD SHOCK PROTEIN CSPB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction