1i4d

CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF RAC1-GDP COMPLEXED WITH ARFAPTIN (P21)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 127.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARFAPTIN 2

Homo sapiens

UniProt P53365

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 118–341 链 B; UniProt 118–341 片段:RESIDUES 118-341 RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1 × 1 (P63000) MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;291 K;Tris, Peg20K, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.50 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARFP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–224; UniProt 118–341 作者链 B; PDB构建体 1–224; UniProt 118–341

RAS-RELATED C3 BOTULINUM TOXIN SUBSTRATE 1

Homo sapiens

UniProt P63000

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–192 未记录 ARFAPTIN 2 × 2 (P53365) MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 9;291 K;Tris, Peg20K, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K 分辨率 2.50 Å R-free 0.298

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 74 个其他 PDB 条目、102 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–192; UniProt 1–192

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1i4d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1i4d
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1i4d
沉积日期 deposition_date2001-02-20
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF RAC1-GDP COMPLEXED WITH ARFAPTIN (P21)
关键词 keywordscoiled coil, G-protein, complex, Signaling Protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.80
零角强度 I(0) i062132000.00
分子量 molecular_weight62737.0 kDa
排除体积 excluded_volume78907 ų
包络体积 envelope_volume103610 ų
水化壳体积 shell_volume29890 ų
包络直径 envelope_diameter132.8
壳层 Rg shell_rg34.57
包络 Rg envelope_rg32.90
形状 Rg shape_rg31.83
总 Rg total_rg31.96
总原子数 total_atoms4414
残基数 n_residues550
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax127.7
Rg (实空间) rg_real32.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.80
I(0) (实空间) i0_real6.2130e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.13
I(0) (倒空间) i0_reciprocal62120000.0000
解质量估计 total_estimate0.7594
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary125.1
偏度 Skewness skewness0.761
峰度 Kurtosis kurtosis0.599
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11240000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.471; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.523; Smooth: 0.932

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1i4da_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.238 — BAR/IMD domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.238.1 — BAR/IMD domain-like
家族 Family familya.238.1.2 — Arfaptin, Rac-binding fragment
结构域编号 domain_idd1i4db_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.238 — BAR/IMD domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.238.1 — BAR/IMD domain-like
家族 Family familya.238.1.2 — Arfaptin, Rac-binding fragment
结构域编号 domain_idd1i4dd_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id1i4dA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain
结构域编号 domain_id1i4dB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Arfaptin homology (AH) domain/BAR domain
结构域编号 domain_id1i4dD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)