1i6v

THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-RIFAMPICIN COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 140.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–314 链 B； UniProt 1–314	片段：ALPHA SUBUNIT	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （Q9KWU7） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （Q9KWU6） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （Q9EVV4） RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Tris-HCl, Ammonium Sulfate, Magensium Chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.359

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1I6V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HQM CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-INCLUDES COMPLETE STRUCTURE WITH SIDE-CHAINS (EXCEPT FOR DISORDERED REGIONS)-FURTHER REFINED FROM ORIGINAL DEPOSITION-CONTAINS ADDITIONAL SEQUENCE INFORMATION 提交 2000-12-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.360
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 1–314（314 aa）链 K 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9Z Thermus aquaticus RNA Polymerase Holoenzyme/Fork-Junction Promoter DNA Complex at 6.5 A Resolution 提交 2002-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；ammonium sulfate, Tris, Magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å
1YNJ Taq RNA polymerase-Sorangicin complex 提交 2005-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, ammonium formate, magnesium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.346
1YNN Taq RNA polymerase-rifampicin complex 提交 2005-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, magnesium sulfate, ammonium sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.331
2GHO Recombinant Thermus aquaticus RNA polymerase for Structural Studies 提交 2006-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.05 M Na cacodylate 10 mM MgCl2 1.0 M Li2SO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 5.00 Å R-free 0.337
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 G 1–314（314 aa）链 H 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
5TJG Thermus aquaticus delta1.1-sigmaA holoenzyme/downstream-fork promoter complex with an open clamp 提交 2016-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5, 50 mM MgCl2, 5-8% (w/v) polyethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol	分辨率 2.60 Å R-free 0.262

共 12 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314 作者链 B； PDB构建体 1–314； UniProt 1–314

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt Q9KWU7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–1119	片段：BETA SUBUNIT	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 2 （Q9KWU8） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （Q9KWU6） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （Q9EVV4） RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Tris-HCl, Ammonium Sulfate, Magensium Chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.359

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1I6V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HQM CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-INCLUDES COMPLETE STRUCTURE WITH SIDE-CHAINS (EXCEPT FOR DISORDERED REGIONS)-FURTHER REFINED FROM ORIGINAL DEPOSITION-CONTAINS ADDITIONAL SEQUENCE INFORMATION 提交 2000-12-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.360
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 L 1–1119（1119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9Z Thermus aquaticus RNA Polymerase Holoenzyme/Fork-Junction Promoter DNA Complex at 6.5 A Resolution 提交 2002-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；ammonium sulfate, Tris, Magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å
1YNJ Taq RNA polymerase-Sorangicin complex 提交 2005-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, ammonium formate, magnesium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.346
1YNN Taq RNA polymerase-rifampicin complex 提交 2005-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, magnesium sulfate, ammonium sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.331
2GHO Recombinant Thermus aquaticus RNA polymerase for Structural Studies 提交 2006-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.05 M Na cacodylate 10 mM MgCl2 1.0 M Li2SO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 5.00 Å R-free 0.337
3MLQ Crystal structure of the Thermus thermophilus transcription-repair coupling factor RNA polymerase interacting domain with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain 提交 2010-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–139（123 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) 链 A 334–395（62 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395)	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Tris-HCl, 1.6 M di-potassium ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.91 Å R-free 0.250
3MLQ Crystal structure of the Thermus thermophilus transcription-repair coupling factor RNA polymerase interacting domain with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain 提交 2010-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 17–139（123 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) 链 B 334–395（62 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Tris-HCl, 1.6 M di-potassium ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.91 Å R-free 0.250
3MLQ Crystal structure of the Thermus thermophilus transcription-repair coupling factor RNA polymerase interacting domain with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain 提交 2010-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 17–139（123 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) 链 C 334–395（62 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Tris-HCl, 1.6 M di-potassium ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.91 Å R-free 0.250
3MLQ Crystal structure of the Thermus thermophilus transcription-repair coupling factor RNA polymerase interacting domain with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain 提交 2010-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 17–139（123 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395) 链 D 334–395（62 aa）片段：beta1 domain (UNP residues 17-139 and 334-395)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 M Tris-HCl, 1.6 M di-potassium ammonium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.91 Å R-free 0.250
4XAX Crystal structure of Thermus thermophilus CarD in complex with the Thermus aquaticus RNA polymerase beta1 domain 提交 2014-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 17–139（123 aa）链 A 334–392（59 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；295 K；Ammonium sulfate, sodium acetate, ethylene gycol	分辨率 2.40 Å R-free 0.180
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 I 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
5TJG Thermus aquaticus delta1.1-sigmaA holoenzyme/downstream-fork promoter complex with an open clamp 提交 2016-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 C 1–1119（1119 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5, 50 mM MgCl2, 5-8% (w/v) polyethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol	分辨率 2.60 Å R-free 0.262

共 14 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOB_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1118； UniProt 1–1119

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt Q9KWU6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–1524	片段：BETA-PRIME SUBUNIT	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 2 （Q9KWU8） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （Q9KWU7） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （Q9EVV4） RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Tris-HCl, Ammonium Sulfate, Magensium Chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.359

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1I6V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HQM CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-INCLUDES COMPLETE STRUCTURE WITH SIDE-CHAINS (EXCEPT FOR DISORDERED REGIONS)-FURTHER REFINED FROM ORIGINAL DEPOSITION-CONTAINS ADDITIONAL SEQUENCE INFORMATION 提交 2000-12-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–155（155 aa）链 D 452–1524（1073 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.360
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 M 1–1524（1524 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9Z Thermus aquaticus RNA Polymerase Holoenzyme/Fork-Junction Promoter DNA Complex at 6.5 A Resolution 提交 2002-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；ammonium sulfate, Tris, Magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å
1YNJ Taq RNA polymerase-Sorangicin complex 提交 2005-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–1524（1524 aa）链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, ammonium formate, magnesium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.346
1YNN Taq RNA polymerase-rifampicin complex 提交 2005-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 1–1524（1524 aa）链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, magnesium sulfate, ammonium sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.331
2AUJ Structure of Thermus aquaticus RNA polymerase beta'-subunit insert 提交 2005-08-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 151–455（305 aa）片段：residues 151-455	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；sodium cacodylate/magnesium acetate/polyethylene glycol 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.279
2GHO Recombinant Thermus aquaticus RNA polymerase for Structural Studies 提交 2006-03-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–158（158 aa）链 D 452–1524（1073 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；0.05 M Na cacodylate 10 mM MgCl2 1.0 M Li2SO4, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 5.00 Å R-free 0.337
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 J 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
5TJG Thermus aquaticus delta1.1-sigmaA holoenzyme/downstream-fork promoter complex with an open clamp 提交 2016-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 D 1–1524（1524 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5, 50 mM MgCl2, 5-8% (w/v) polyethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol	分辨率 2.60 Å R-free 0.262

共 13 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOC_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1264； UniProt 1–1524

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

物种未注明

UniProt Q9EVV4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–99	片段：OMEGA SUBUNIT	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 2 （Q9KWU8） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （Q9KWU7） DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE × 1 （Q9KWU6） RFP RIFAMPICIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；Tris-HCl, Ammonium Sulfate, Magensium Chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.359

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1I6V	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HQM CRYSTAL STRUCTURE OF THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-INCLUDES COMPLETE STRUCTURE WITH SIDE-CHAINS (EXCEPT FOR DISORDERED REGIONS)-FURTHER REFINED FROM ORIGINAL DEPOSITION-CONTAINS ADDITIONAL SEQUENCE INFORMATION 提交 2000-12-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.30 Å R-free 0.360
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 0–98（99 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9U THERMUS AQUATICUS RNA POLYMERASE HOLOENZYME AT 4 A RESOLUTION 提交 2002-03-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 N 0–98（99 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；HEPES, sodium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 4.00 Å
1L9Z Thermus aquaticus RNA Polymerase Holoenzyme/Fork-Junction Promoter DNA Complex at 6.5 A Resolution 提交 2002-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 E 0–98（99 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；ammonium sulfate, Tris, Magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 6.50 Å
1YNJ Taq RNA polymerase-Sorangicin complex 提交 2005-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 K 0–98（99 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, ammonium formate, magnesium formate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.20 Å R-free 0.346
1YNN Taq RNA polymerase-rifampicin complex 提交 2005-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 K 0–98（99 aa）	未记录	RFP RIFAMPICIN × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；Tris, magnesium sulfate, ammonium sulfate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.331
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLN Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.315
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLP Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.00 Å R-free 0.297
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLQ Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex containing upstream fork (-11 base-paired) promoter 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.60 Å R-free 0.281
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLR Crystal structure of T.aquaticus transcription initiation complex with CarD containing bubble promoter and RNA 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
4XLS Crystal structure of T. aquaticus transcription initiation complex with CarD containing upstream fork promoter. 提交 2015-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 K 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；ammonium sulfate, magnesium chloride, Tris-HCl	分辨率 4.01 Å R-free 0.272
5TJG Thermus aquaticus delta1.1-sigmaA holoenzyme/downstream-fork promoter complex with an open clamp 提交 2016-10-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：heptameric	链 E 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；0.1 M MES, pH 6.5, 50 mM MgCl2, 5-8% (w/v) polyethylene glycol, 10% (v/v) isopropanol	分辨率 2.60 Å R-free 0.262

共 11 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOZ_THEAQ
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 1–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1i6v
沉积日期 deposition_date	2001-03-05
结构标题 title	THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-RIFAMPICIN COMPLEX
关键词 keywords	TRANSFERASE, TRANSCRIPTION, DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE, 3D- STRUCTURE; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.30 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.83 Å
零角强度 I(0) i0	1335720000.00
分子量 molecular_weight	301940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	377920 Å³
包络体积 envelope_volume	547610 Å³
水化壳体积 shell_volume	95483 Å³
包络直径 envelope_diameter	233.2 Å
壳层 Rg shell_rg	52.90 Å
包络 Rg envelope_rg	47.90 Å
形状 Rg shape_rg	45.88 Å
总 Rg total_rg	45.94 Å
总原子数 total_atoms	21292
残基数 n_residues	2839
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.0 Å
Rg (实空间) rg_real	45.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2860e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9580e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1335000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7142
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	57.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.270
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.172
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.9580
最高正则化参数 α highest_alpha	211800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.003; Oscil: 0.898; Stabil: 0.933; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.846

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	34846.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	21292

MLESKLKAPVFTATTQGDHYGEFVLEPLERGFGVTLGNPLRRILLSSIPGTAVTSVYIEDVLHEFSTIPGVKEDVVEIILNLKELVVRFLDPKMASTTLILRAEGPKEVRAVDFTPSADVEIMNPDLHIATLEEGGKLYMEVRVDRGVGYVPAERHGIKDRINAIPVDAIFSPVRRVAFQVEDTRLGQRTDLDKLTLRIWTDGSVTPLEALNQAVAILKEHLNYFANPEASSLPTPEVSKGEKRESAEEDLDLPLEELGLSTRVLHSLKEEGIESVRALLALNLKDLRNIPGIGERSLEEIRQALAKKGFTLKE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	124786.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKIKRFGRIREVIPLPPLTEIQVESYKKALQADVPPEKRENVGIQAAFKETFPIEEGDKGKGGLVLDFLEYRIGDPPFSQDECREKDLTYQAPLYARLQLIHKDTGLIKEDEVFLGHLPLMTEDGSFIINGADRVIVSQIHRSPGVYFTPDPARPGRYIASIIPLPKRGPWIDLEVEASGVVTMKVNKRKFPLVLLLRVLGYDQETLVRELSAYGDLVQGLLDEAVLAMRPEEAMVRLFTLLRPGDPPKKDKALAYLFGLLADPKRYDLGEAGRYKAEEKLGVGLSGRTLVRFEDGEFKDEVFLPTLRYLFALTAGVPGHEVDDIDHLGNRRIRTVGELMADQFRVGLARLARGVRERMVMGSPDTLTPAKLVNSRPLEAALREFFSRSQLSQFKDETNPLSSLRHKRRISALGPGGLTRERAGFDVRDVHRTHYGRICPVETPEGANIGLITSLAAYARVDALGFIRTPYRRVKNGVVTEEVVYMTASEEDRYTIAQANTPLEGDRIATDRVVARRRGEPVIVAPEEVEFMDVSPKQVFSLNTNLIPFLEHDDANRALMGSNMQTQAVPLIRAQAPVVMTGLEERVVRDSLAALYAEEDGEVVKVDGTRIAVRYEDGRLVHPLRRYARSNQGTAFDQRPRVRVGQRVKKGDLLADGPASEEGFLALGQNVLVAIMPFDGYNFEDAIVISEELLKRDFYTSIHIERYEIEARDTKLGPERITRDIPHLSEAALRDLDEEGIVRIGAEVKPGDILVGRTSFKGEQEPSPEERLLRSIFGEKARDVKDTSLRVPPGEGGIVVGRLRLRRGDPGVELKPGVREVVRVFVAQKRKLQVGDKLANRHGNKGVVAKILPVEDMPHLPDGTPVDVILNPLGVPSRMNLGQILETHLGLAGYFLGQRYISPVFDGATEPEIKELLAEAFNLYFGKRQGEGFGVDKREKEVLARAEKLGLVSPGKSPEEQLKELFDLGKVVLYDGRTGEPFEGPIVVGQMFIMKLYHMVEDKMHARSTGPYSLITQQPLGGKAQFGGQRFGEMEVWALEAYGAAHTLQEMLTIKSDDIEGRNAAYQAIIKGEDVPEPSVPESFRVLVKELQALALDVQTLDEKDNPVDVFEGLASKR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	141294.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MKKEVRKVRIALASPEKIRSWSYGEVEKPETINYRTLKPERDGLFDERIFGPIKDYECACGKYKRQRFEAKVCERCAVEVTRSIVRRYRMAHIELATPAAHIWFVKDVPSKIATLLDLSATELEQVLYFNKYIVLDPKAAVLDAVPVEKRQLLTDXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXIDARMGAEAIQELLKELDLEKLERELLEEMKHPSRARRAKARKRLEVVRAFLDSGNRPEWMILEAVPVLPPDLRPMVQVDGGRFATSDLNDLYRRLINRNNRLKKLLAQGAPEIIIRNEKRMLQEAVDAVIDNGRRGSPVTNPGSERPLRSLTDILSGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLHQCGLPKRMALELFKPFLLKKMEEKAFAPNVKAARRMLERQRDIKDEVWDALEEVIHGKVVLLNRAPTLHRLGIQAFQPVLVEGQSIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHVPLSSFAQAEARIQMLSAHNLLSPASGEPLAKPSRDIILGLYYITQVRKEKKGAGMAFATPEEALAAYERGEVALNAPIVVAGRETSVGRLKFVFANPDEALLAVAHGLLDLQDTVTTRYLGRRLETSPGRILFARIVGEAVGDEKVAQELIQMDVPQEKNSLKDLVYQAFLRLGMEKTARLLDALKYYGFTLSTTSGITIGIDDAVIPEEKQRYLEEADRKLRQIEQAYEMGFLTDRERYDQVIQLWTETTEKVTQAVFNNFEENYPFNPLYVMAQSGARGNPQQIRQLCGMRGLMQKPSGETFEVPVRSSFREGLTVLEYFISSHGARKGGADTALRTADSGYLTRKLVDVAHEIVVREADCGTTNYISVPLFQMDEVTRTLRLRKRSDIESGLYGRVLAREVEALGRRLEEGRYLSLEDVHFLIKAAEAGEVREVPVRSPLTCQTRYGVCQKCYGYDLSMARPVSIGEAVGVVAAESIGEPGTQLTMRTFHTGGVAVGTDITQGLPRVIELFEARRPKAKAVISEIDGVVRIEEGEDRLSVFVESEGFSKEYKLPKDARLLVKDGDYVEAGQPLTRGAIDPHQLLEAKGPEAVERYLVDEIQKVYRAQGVKLHDKHIEIVVRQMLKYVEVTDPGDSRLLEGQVLEKWDVEALNERLIAEGKVPVAWKPLLMGVTKSALSTKSWLSAASFQNTTHVLTEAAIAGKKDELIGLKENVILGRLIPAGTGSDFVRFTQVVDQRTLKAIEEARKEAVEAKEKEAPRRPVRREQPGKGL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE
分子量 formula_weight	11642.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAEPGIDKLFGMVDSKYRLTVVVAKRAQQLLRHRFKNTVLEPEERPKMRTLEGLYDDPNAVTWAMKELLTGRLFFGENLVPEDRLQKEMERLYPTEEEA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	RIFAMPICIN
分子量 formula_weight	822.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d1i6va1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.3 — RBP11-like subunits of RNA polymerase
家族 Family family	d.74.3.1 — RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d1i6va2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.181 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.181.1 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit
家族 Family family	d.181.1.1 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit

结构域编号 domain_id	d1i6vb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamily	d.74.3 — RBP11-like subunits of RNA polymerase
家族 Family family	d.74.3.1 — RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d1i6vb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.181 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit
超家族 Superfamily superfamily	d.181.1 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit
家族 Family family	d.181.1.1 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit

结构域编号 domain_id	d1i6vc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.29 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
超家族 Superfamily superfamily	e.29.1 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
家族 Family family	e.29.1.1 — RNA-polymerase beta

结构域编号 domain_id	d1i6vd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.29 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
超家族 Superfamily superfamily	e.29.1 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
家族 Family family	e.29.1.2 — RNA-polymerase beta-prime

结构域编号 domain_id	d1i6ve_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.143 — RPB6/omega subunit-like
超家族 Superfamily superfamily	a.143.1 — RPB6/omega subunit-like
家族 Family family	a.143.1.1 — RNA polymerase omega subunit

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	1i6vA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	1i6vA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	1i6vB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	1i6vB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	1i6vC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	270 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6

结构域编号 domain_id	1i6vC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1100 — Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1i6vC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2

结构域编号 domain_id	1i6vC04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	150 — Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain

结构域编号 domain_id	1i6vC05
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	1i6vC06
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain

结构域编号 domain_id	1i6vD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3

结构域编号 domain_id	1i6vD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain

结构域编号 domain_id	1i6vD05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	105 — Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2

结构域编号 domain_id	1i6vE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	199.450 Å
晶胞边长 b length_b	199.450 Å
晶胞边长 c length_c	289.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.2800
R_work r_work	0.2760
R_free r_free	0.3590

fit	/app/data/saxs_computation/i6/1i6v/1i6v.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i6/1i6v/1i6v.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i6/1i6v/1i6v.dat

THERMUS AQUATICUS CORE RNA POLYMERASE-RIFAMPICIN COMPLEX

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 21 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)