SAXSdb — 1i7b

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	S-ADENOSYLMETHIONINE METHYL ESTER × 2 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCAM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–67； UniProt 1–67 作者链 A； PDB构建体 1–267； UniProt 68–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1i7b
沉积日期 deposition_date	2001-03-08
结构标题 title	HUMAN S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE WITH COVALENTLY BOUND PYRUVOYL GROUP AND COVALENTLY BOUND S-ADENOSYLMETHIONINE METHYL ESTER
关键词 keywords	Spermidine biosynthesis, Lyase, Decarboxylase, Pyruvate, S-ADENOSYLMETHIONINE, SANDWICH, ALLOSTERIC ENZYME, PYRUVOYL; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1i7b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1i7b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1i7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.01 Å
Rg（电子密度）	27.10 Å
总 Rg	27.94 Å
原子数	5110
残基数	622
排除体积	91261 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1i7b__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN
分子量 formula_weight	7694.6 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.50
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	2740

MEAAHFFEGTEKLLEVWFSRQQPDANQGSGDLRTIPRSEWDILLKDVQCSIISVTKTDKQEAYVLSE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE ALPHA CHAIN
分子量 formula_weight	30672.0 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.50
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

XSMFVSKRRFILKTCGTTLLLKALVPLLKLARDYSGFDSIQSFFYSRKNFMKPSHQGYPHRNFQEEIEFLNAIFPNGAGYCMGRMNSDCWYLYTLDFPESRVISQPDQTLEILMSELDPAVMDQFYMKDGVTAKDVTRESGIRDLIPGSVIDATMFNPCGYSMNGMKSDGTYWTIHITPEPEFSYVSFETNLSQTSYDDLIRKVVEVFKPGKFVTTLFVNQSSKCRTVLASPQKIEGFKRLDCQSAMFNDYNFVFTSFAKKQQQQQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE METHYL ESTER
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,4-DIAMINOBUTANE
分子量 formula_weight	88.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	185

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1i7b.1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.156 — S-adenosylmethionine decarboxylase
超家族 Superfamily superfamily	d.156.1 — S-adenosylmethionine decarboxylase
家族 Family family	d.156.1.1 — S-adenosylmethionine decarboxylase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1i7bA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	90 — S-adenosylmethionine decarboxylase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — S-adenosylmethionine decarboxylase

结构域编号 domain_id	1i7bB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	360 — Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — S-adenosylmethionine decarboxylase

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晶胞边长 a length_a	99.964 Å
晶胞边长 b length_b	51.242 Å
晶胞边长 c length_c	68.509 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	27.220 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2410

HUMAN S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE WITH COVALENTLY BOUND PYRUVOYL GROUP AND COVALENTLY BOUND S-ADENOSYLMETHIONINE METHYL ESTER

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1i7b__assembly_1__model_1

1i7b__assembly_1__model_1 | I(q)

1i7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

HUMAN S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE WITH COVALENTLY BOUND PYRUVOYL GROUP AND COVALENTLY BOUND S-ADENOSYLMETHIONINE METHYL ESTER

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-ADENOSYLMETHIONINE DECARBOXYLASE BETA CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1i7b__assembly_1__model_1

1i7b__assembly_1__model_1 | I(q)

1i7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)