SAXSdb — 1ibb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE

Photobacterium leiognathi

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–173	突变：W83F	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；301 K；PEG 8k, NaCl, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K	分辨率 2.10 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IBB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BZO THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF PROKARYOTIC CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE FROM P.LEIOGNATHI, SOLVED BY X-RAY CRYSTALLOGRAPHY. 提交 1998-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–173（151 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2 IUM URANYL (VI) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；PEG 8,000 25%, NACL 100 MM, SODIUM ACETATE 50 MM, PH 4, T=28C	分辨率 2.10 Å
1IB5 X-RAY 3D STRUCTURE OF P.LEIOGNATHI CU,ZN SOD MUTANT W83Y 提交 2001-03-27	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–173（151 aa）	突变：W83Y	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；301 K；PEG 8k, NaCl, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K	分辨率 2.45 Å R-free 0.265
1IBD X-RAY 3D STRUCTURE OF P.LEIOGNATHI CU,ZN SOD MUTANT V29A 提交 2001-03-28	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–173（151 aa）	突变：V29A	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；301 K；PEG 8k, NaCl, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K	分辨率 2.00 Å R-free 0.269
1IBF X-RAY 3D STRUCTURE OF P.LEIOGNATHI CU,ZN SOD MUTANT V29G 提交 2001-03-28	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–173（151 aa）	突变：V29G	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；301 K；PEG 8k, NaCl, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K	分辨率 2.20 Å R-free 0.278
1IBH X-RAY 3D STRUCTURE OF P.LEIOGNATHI CU,ZN SOD MUTANT M41I 提交 2001-03-28	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–173（151 aa）	突变：M41I	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；301 K；PEG 8k, NaCl, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 301K	分辨率 2.00 Å R-free 0.287
1OAJ Active site copper and zinc ions modulate the quaternary structure of prokaryotic Cu,Zn superoxide dismutase 提交 2003-01-14	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–173（151 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；301 K；PEG 8,000 25%, NACL 100 MM, SODIUM ACETATE 50 MM, PH 4, TEMPERATURE 28C	分辨率 1.73 Å R-free 0.231
1OAL Active site copper and zinc ions modulate the quaternary structure of prokaryotic Cu,Zn superoxide dismutase 提交 2003-01-15	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–173（151 aa）	突变：YES	ZN ZINC ION × 2 CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；301 K；PEG 8,000 25%, NACL 100 MM, SODIUM ACETATE 50 MM, PH 4, T=28C	分辨率 1.50 Å R-free 0.194
1YAI X-RAY STRUCTURE OF A BACTERIAL COPPER,ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1996-02-03	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 23–173（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；42% MPD, 60 MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
1YAI X-RAY STRUCTURE OF A BACTERIAL COPPER,ZINC SUPEROXIDE DISMUTASE 提交 1996-02-03	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–173（151 aa）链 C 23–173（151 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；42% MPD, 60 MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.210

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SODC_PHOLE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–151； UniProt 23–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ibb
沉积日期 deposition_date	2001-03-28
结构标题 title	X-RAY 3D STRUCTURE OF P.LEIOGNATHI CU,ZN SOD MUTANT W83F
关键词 keywords	prokaryotic superoxide dismutase, subunit interaction, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.39 Å
零角强度 I(0) i0	5319750.00
分子量 molecular_weight	15879.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19573 Å³
包络体积 envelope_volume	22264 Å³
水化壳体积 shell_volume	13043 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.5 Å
壳层 Rg shell_rg	20.33 Å
包络 Rg envelope_rg	14.86 Å
形状 Rg shape_rg	14.39 Å
总 Rg total_rg	15.53 Å
总原子数 total_atoms	1109
残基数 n_residues	151
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.4 Å
Rg (实空间) rg_real	15.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3200e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2860e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5320000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6339
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.150
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.289
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	685900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.713; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE
分子量 formula_weight	15774.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.15.1.1
突变 mutation	W83F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1158

QDLTVKMTDLQTGKPVGTIELSQNKYGVVFIPELADLTPGMHGFHIHQNGSCASSEKDGKVVLGGAAGGHYDPEHTNKHGFPFTDDNHKGDLPALFVSANGLATNPVLAPRLTLKELKGHAIMIHAGGDNHSDMPKALGGGGARVACGVIQ

来源 Source

来源生物 organism	Photobacterium leiognathi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	658
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	49

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ibba_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.8 — Cu,Zn superoxide dismutase-like
家族 Family family	b.1.8.1 — Cu,Zn superoxide dismutase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1ibbA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Superoxide dismutase, copper/zinc binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.120 Å
晶胞边长 b length_b	87.120 Å
晶胞边长 c length_c	98.392 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	15.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1770
R_free r_free	0.2100

fit	/app/data/saxs_computation/ib/1ibb/1ibb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ib/1ibb/1ibb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ib/1ibb/1ibb.dat

X-RAY 3D STRUCTURE OF P.LEIOGNATHI CU,ZN SOD MUTANT W83F

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CU,ZN SUPEROXIDE DISMUTASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction