SAXSdb — 1icf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CATHEPSIN L: HEAVY CHAIN)

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PROTEIN (INVARIANT CHAIN) × 1 （P04233） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PROTEIN (INVARIANT CHAIN) × 1 （P04233） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	PROTEIN (INVARIANT CHAIN) × 2 （P04233） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–175； UniProt 114–288 作者链 C； PDB构建体 1–175； UniProt 114–288 作者链 B； PDB构建体 1–42； UniProt 292–333 作者链 D； PDB构建体 1–42； UniProt 292–333

PROTEIN (INVARIANT CHAIN)

物种未注明

UniProt P04233

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PROTEIN (CATHEPSIN L: HEAVY CHAIN) × 1 （P07711） PROTEIN (CATHEPSIN L: LIGHT CHAIN) × 1 （P07711） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PROTEIN (CATHEPSIN L: HEAVY CHAIN) × 1 （P07711） PROTEIN (CATHEPSIN L: LIGHT CHAIN) × 1 （P07711） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	PROTEIN (CATHEPSIN L: HEAVY CHAIN) × 2 （P07711） PROTEIN (CATHEPSIN L: LIGHT CHAIN) × 2 （P07711） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HG2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–65； UniProt 210–274 作者链 J； PDB构建体 1–65； UniProt 210–274

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1icf
沉积日期 deposition_date	1999-01-07
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF MHC CLASS II ASSOCIATED P41 II FRAGMENT IN COMPLEX WITH CATHEPSIN L
关键词 keywords	CYSTEINE PROTEINASE, CATHEPSIN, MHC CLASS II, INVARIANT CHAIN, THYROGLOBULIN TYPE-1 DOMAIN, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1icf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1icf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1icf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.86 Å
Rg（电子密度）	18.94 Å
总 Rg	19.88 Å
原子数	2196
残基数	282
排除体积	38350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1icf__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1icf__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1icf__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN (CATHEPSIN L: HEAVY CHAIN)
分子量 formula_weight	19095.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.15
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	5060

APRSVDWREKGYVTPVKNQGQCGSCWAFSATGALEGQMFRKTGRLISLSEQNLVDCSGPQGNEGCNGGLMDYAFQYVQDNGGLDSEESYPYEATEESCKYNPKYSVANDTGFVDIPKQEKALMKAVATVGPISVAIDAGHESFLFYKEGIYFEPDCSSEDMDHGVLVVGYGFEST

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN (CATHEPSIN L: LIGHT CHAIN)
分子量 formula_weight	4783.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.15
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

NNKYWLVKNSWGEEWGMGGYVKMAKDRRNHCGIASAASYPTV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (INVARIANT CHAIN)
分子量 formula_weight	7261.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J

LTKCQEEVSHIPAVHPGSFRPKCDENGNYLPLQCYGSIGYCWCVFPNGTEVPNTRSRGHHNCSES

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	668

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1icf.1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1icf.2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.1 — Papain-like

结构域编号 domain_id	d1icfi_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.28 — Thyroglobulin type-1 domain
超家族 Superfamily superfamily	g.28.1 — Thyroglobulin type-1 domain
家族 Family family	g.28.1.1 — Thyroglobulin type-1 domain

结构域编号 domain_id	d1icfj_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.28 — Thyroglobulin type-1 domain
超家族 Superfamily superfamily	g.28.1 — Thyroglobulin type-1 domain
家族 Family family	g.28.1.1 — Thyroglobulin type-1 domain

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1icfA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1icfB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Cysteine proteinases. Chain C

结构域编号 domain_id	1icfC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	1icfD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 — Cysteine proteinases. Chain C

结构域编号 domain_id	1icfI00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	800 — Invariant Chain; Chain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thyroglobulin type-1

结构域编号 domain_id	1icfJ00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	800 — Invariant Chain; Chain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thyroglobulin type-1

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晶胞边长 a length_a	62.592 Å
晶胞边长 b length_b	80.594 Å
晶胞边长 c length_c	64.245 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.77 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2130

CRYSTAL STRUCTURE OF MHC CLASS II ASSOCIATED P41 II FRAGMENT IN COMPLEX WITH CATHEPSIN L

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CATHEPSIN L: HEAVY CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN (INVARIANT CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1icf__assembly_1__model_1

1icf__assembly_1__model_1 | I(q)

1icf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

CRYSTAL STRUCTURE OF MHC CLASS II ASSOCIATED P41 II FRAGMENT IN COMPLEX WITH CATHEPSIN L

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (CATHEPSIN L: HEAVY CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PROTEIN (INVARIANT CHAIN)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1icf__assembly_1__model_1

1icf__assembly_1__model_1 | I(q)

1icf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)