1idg

THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN ALPHA-BUNGAROTOXIN AND AN 18MER COGNATE PEPTIDE

Method: SOLUTION NMR Dmax: 59.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ALPHA-BUNGAROTOXIN

物种未注明

UniProt P60615

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–74 未记录 ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN, ALPHA CHAIN × 1 (P02710) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 4;308 K;压力 ambient NMR样品组成:2.1 mM alpha-Bungarotoxin/alpha18mer complex, alpha18mer is 15N labeled, 50 mM perdeuterated potassium acetate buffer (pH 4.0) with 5% D2O and 0.05% sodium azide | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NXL1A_BUNMU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–74; UniProt 1–74

ACETYLCHOLINE RECEPTOR PROTEIN, ALPHA CHAIN

Torpedo californica

UniProt P02710

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 205–222 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) ALPHA-BUNGAROTOXIN × 1 (P60615) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 4;308 K;压力 ambient NMR样品组成:2.1 mM alpha-Bungarotoxin/alpha18mer complex, alpha18mer is 15N labeled, 50 mM perdeuterated potassium acetate buffer (pH 4.0) with 5% D2O and 0.05% sodium azide | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHA_TORCA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–18; UniProt 205–222

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1idg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1idg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1idg
沉积日期 deposition_date2001-04-04
结构标题 titleTHE NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE COMPLEX FORMED BETWEEN ALPHA-BUNGAROTOXIN AND AN 18MER COGNATE PEPTIDE
关键词 keywordsALPHA-BUNGAROTOXIN, NICOTINIC ACETYLCHOLINE RECEPTOR, ALPHA 1 SUBUNIT, PROTEIN-PROTEIN INTERACTION, CATION-PI INTERACTION, TOXIN; TOXIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.67
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.15
零角强度 I(0) i02529160.00
分子量 molecular_weight10320.0 kDa
排除体积 excluded_volume12676 ų
包络体积 envelope_volume16813 ų
水化壳体积 shell_volume10194 ų
包络直径 envelope_diameter56.9
壳层 Rg shell_rg19.80
包络 Rg envelope_rg15.76
形状 Rg shape_rg15.22
总 Rg total_rg16.05
总原子数 total_atoms1394
残基数 n_residues92
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.0
Rg (实空间) rg_real15.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45
I(0) (实空间) i0_real2.5290e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9590e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.70
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2529000.0000
解质量估计 total_estimate0.8235
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.9
偏度 Skewness skewness0.400
峰度 Kurtosis kurtosis-0.084
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha631000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.657; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.733; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1idga_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.7 — Snake toxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.7.1 — Snake toxin-like
家族 Family familyg.7.1.1 — Snake venom toxins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1idgA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)