SAXSdb — 1ikt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 618–736	片段：C-terminal domain, Residues 618-736	SO4 SULFATE ION × 2 OXN OXTOXYNOL-10 × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；ammonium sulfate, sodium chloride, Triton X-100, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1IKT	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1S9C Crystal structure analysis of the 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain of human peroxisomal multifunctional enzyme type 2 提交 2004-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain 链 B 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain	突变：S318M, T319A, I559V, T615L 突变：S318M, T319A, I559V, T615L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；PEG 10000, HEPES, MnCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
1S9C Crystal structure analysis of the 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain of human peroxisomal multifunctional enzyme type 2 提交 2004-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain 链 D 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain	突变：S318M, T319A, I559V, T615L 突变：S318M, T319A, I559V, T615L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；PEG 10000, HEPES, MnCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
1S9C Crystal structure analysis of the 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain of human peroxisomal multifunctional enzyme type 2 提交 2004-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain 链 F 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain	突变：S318M, T319A, I559V, T615L 突变：S318M, T319A, I559V, T615L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；PEG 10000, HEPES, MnCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
1S9C Crystal structure analysis of the 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain of human peroxisomal multifunctional enzyme type 2 提交 2004-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain 链 H 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain	突变：S318M, T319A, I559V, T615L 突变：S318M, T319A, I559V, T615L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；PEG 10000, HEPES, MnCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
1S9C Crystal structure analysis of the 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain of human peroxisomal multifunctional enzyme type 2 提交 2004-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain 链 J 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain	突变：S318M, T319A, I559V, T615L 突变：S318M, T319A, I559V, T615L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；PEG 10000, HEPES, MnCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
1S9C Crystal structure analysis of the 2-enoyl-CoA hydratase 2 domain of human peroxisomal multifunctional enzyme type 2 提交 2004-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain 链 L 318–615（298 aa）片段：2-enoyl-coenzyme A hydratase 2 domain	突变：S318M, T319A, I559V, T615L 突变：S318M, T319A, I559V, T615L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；295 K；PEG 10000, HEPES, MnCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.00 Å R-free 0.265
1ZBQ Crystal Structure Of Human 17-Beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 4 In Complex With NAD 提交 2005-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–304（304 aa）片段：N-terminal SHORT CHAIN DEHYDROGENASE DOMAIN 链 B 1–304（304 aa）片段：N-terminal SHORT CHAIN DEHYDROGENASE DOMAIN	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Lithium Sulphate monohydrate, 0.1M TRIS hydrochloride pH8.5, 30% w/v polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.236
1ZBQ Crystal Structure Of Human 17-Beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 4 In Complex With NAD 提交 2005-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–304（304 aa）片段：N-terminal SHORT CHAIN DEHYDROGENASE DOMAIN 链 D 1–304（304 aa）片段：N-terminal SHORT CHAIN DEHYDROGENASE DOMAIN	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Lithium Sulphate monohydrate, 0.1M TRIS hydrochloride pH8.5, 30% w/v polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.236
1ZBQ Crystal Structure Of Human 17-Beta-Hydroxysteroid Dehydrogenase Type 4 In Complex With NAD 提交 2005-04-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–304（304 aa）片段：N-terminal SHORT CHAIN DEHYDROGENASE DOMAIN 链 F 1–304（304 aa）片段：N-terminal SHORT CHAIN DEHYDROGENASE DOMAIN	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Lithium Sulphate monohydrate, 0.1M TRIS hydrochloride pH8.5, 30% w/v polyethylene glycol 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.19 Å R-free 0.236
6Z1W Crystal structure of human steroid carrier protein SL (SCP-2L) mutant A100C 提交 2020-05-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 643–761（119 aa）	突变：A100C	OXN OXTOXYNOL-10 × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl and 0.1 M citric acid	分辨率 2.48 Å R-free 0.268
6Z1X Crystal structure of human steroid carrier protein SL (SCP-2L) mutant V83C 提交 2020-05-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 643–761（119 aa）	突变：V83C	OXN OXTOXYNOL-10 × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；277 K；2.2 M ammonium sulfate, 0.2 M NaCl and 0.1 M citric acid	分辨率 2.09 Å R-free 0.237
8AF2 Human Sterol Carrier Protein with unnatural amino acid 2,2'-bipyridine alanine incorporated at position 111 提交 2022-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 618–736（119 aa）	突变：;2,2'-bipyridine alanine incorporated at position 111 ; 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRT FRAGMENT OF TRITON X-100 × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；281 K；well solution 2.3M ammonium sulphate, 100 mM citric acid pH 5.6 and 200 mM NaCl	分辨率 2.51 Å R-free 0.300
8AF2 Human Sterol Carrier Protein with unnatural amino acid 2,2'-bipyridine alanine incorporated at position 111 提交 2022-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 618–736（119 aa）	突变：;2,2'-bipyridine alanine incorporated at position 111 ; 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRT FRAGMENT OF TRITON X-100 × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；281 K；well solution 2.3M ammonium sulphate, 100 mM citric acid pH 5.6 and 200 mM NaCl	分辨率 2.51 Å R-free 0.300
8AF3 Sterol carrier protein Artifical metalloenzyme incorporating Q111C mutation coupled to 2,2'-bipyridine 提交 2022-07-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 618–736（119 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	TRT FRAGMENT OF TRITON X-100 × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；278 K；well solution 2.3M ammonium sulphate, 100 mM citric acid pH 5.6 and 200 mM NaCl	分辨率 1.52 Å R-free 0.239

共 6 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHB4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–120； UniProt 618–736

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ikt
沉积日期 deposition_date	2001-05-07
结构标题 title	LIGANDED STEROL CARRIER PROTEIN TYPE 2 (SCP-2) LIKE DOMAIN OF HUMAN MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE 2 (MFE-2)
关键词 keywords	;alfa-beta fold, protein-Triton X-100 complex, hydrophobic tunnel, exposed peroxisomal targeting signal type 1 (PTS1), OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.17 Å
零角强度 I(0) i0	3290500.00
分子量 molecular_weight	13291.0 kDa
排除体积 excluded_volume	16961 Å³
包络体积 envelope_volume	18375 Å³
水化壳体积 shell_volume	11786 Å³
包络直径 envelope_diameter	44.1 Å
壳层 Rg shell_rg	19.01 Å
包络 Rg envelope_rg	13.38 Å
形状 Rg shape_rg	13.13 Å
总 Rg total_rg	14.63 Å
总原子数 total_atoms	933
残基数 n_residues	115
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	45.0 Å
Rg (实空间) rg_real	14.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.2910e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.5610e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3291000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8904
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.4 Å
偏度 Skewness skewness	-0.002
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.381
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	644800.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.979

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4
分子量 formula_weight	13264.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.62
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1059

MEGGKLQSTFVFEEIGRRLKDIGPEVVKKVNAVFEWHITKGGNIGAKWTIDLKSGSGKVYQGPAKGAADTTIILSDEDFMEVVLGKLDPQKAFFSGRLKARGNIMLSQKLQMILKDYAKL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	OXTOXYNOL-10
分子量 formula_weight	646.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	126

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1ikta_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.106 — SCP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.106.1 — SCP-like
家族 Family family	d.106.1.1 — Sterol carrier protein, SCP

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1iktA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1050 — Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SCP2 sterol-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.474 Å
晶胞边长 b length_b	50.028 Å
晶胞边长 c length_c	62.725 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	18.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2140

fit	/app/data/saxs_computation/ik/1ikt/1ikt.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ik/1ikt/1ikt.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ik/1ikt/1ikt.dat

LIGANDED STEROL CARRIER PROTEIN TYPE 2 (SCP-2) LIKE DOMAIN OF HUMAN MULTIFUNCTIONAL ENZYME TYPE 2 (MFE-2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction