1ilu

X-RAY CRYSTAL STRUCTURE THE TWO SITE-SPECIFIC MUTANTS ILE7SER AND PHE110SER OF AZURIN FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 191.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AZURIN

Pseudomonas aeruginosa

UniProt P00282

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å
10 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å
11 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å
12 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å
5 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å
6 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å
7 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å
8 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å
9 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 21–148 突变:F110S CU COPPER (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 110 个其他 PDB 条目、259 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AZUR_PSEAE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 B; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 C; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 D; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 E; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 F; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 G; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 H; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 I; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 K; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 L; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 M; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1ilu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1ilu
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1ilu
沉积日期 deposition_date1995-10-12
结构标题 titleX-RAY CRYSTAL STRUCTURE THE TWO SITE-SPECIFIC MUTANTS ILE7SER AND PHE110SER OF AZURIN FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA
关键词 keywordsELECTRON TRANSFER PROTEIN, METALLOPROTEIN; METALLOPROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier59.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron59.73
零角强度 I(0) i0445729000.00
分子量 molecular_weight167360.0 kDa
排除体积 excluded_volume206250 ų
包络体积 envelope_volume392430 ų
水化壳体积 shell_volume60367 ų
包络直径 envelope_diameter207.5
壳层 Rg shell_rg54.16
包络 Rg envelope_rg56.56
形状 Rg shape_rg59.72
总 Rg total_rg59.58
总原子数 total_atoms14280
残基数 n_residues1536
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax191.8
Rg (实空间) rg_real59.48
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.03
I(0) (实空间) i0_real4.4570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal58.86
I(0) (倒空间) i0_reciprocal445300000.0000
解质量估计 total_estimate0.5766
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary63.9
偏度 Skewness skewness0.416
峰度 Kurtosis kurtosis-0.190
角度范围 angular_range— – 0.1350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15720000.0000
实空间数据点数 n_real_points28
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.654; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.009; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.504

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd1ilua_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd1ilub_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd1iluc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd1ilud_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd1ilue_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd1iluf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd1ilug_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd1iluh_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd1ilui_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd1iluk_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd1ilul_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd1ilum_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id1iluA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1iluB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1iluC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1iluD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1iluE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1iluF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1iluG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1iluH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1iluI00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1iluK00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1iluL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id1iluM00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)