SAXSdb — 1j36

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1j36
沉积日期 deposition_date	2003-01-20
结构标题 title	Crystal Structure of Drosophila AnCE
关键词 keywords	Angiotensin, HYDROLASE, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.80 Å
零角强度 I(0) i0	287535000.00
分子量 molecular_weight	139600.0 kDa
排除体积 excluded_volume	174660 Å³
包络体积 envelope_volume	222410 Å³
水化壳体积 shell_volume	47011 Å³
包络直径 envelope_diameter	133.5 Å
壳层 Rg shell_rg	44.55 Å
包络 Rg envelope_rg	39.55 Å
形状 Rg shape_rg	39.79 Å
总 Rg total_rg	40.10 Å
总原子数 total_atoms	9860
残基数 n_residues	1196
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	131.9 Å
Rg (实空间) rg_real	40.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	287500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8224
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.398
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.699
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	138800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.717; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.836; Smooth: 0.702

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	angiotensin converting enzyme
分子量 formula_weight	70440.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.15.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10263

VTQALVKEEIQAKEYLENLNKELAKRTNVETEAAWAYRSAITDENEKKKNEISAELAKFMKEVASDTTKFQWRSYQSEDLKRQFKALTKLGYAALPEDDYAELLDTLSAMESNFAKVKVCDYKDSTKCDLALDPEIEEVISKSRDHEELAYYWREFYDKAGTAVRSQFERYVELNTKAAKLNNFTSGAEAWLDEYEDDTFEQQLEDIFADIRPLYQQIHGYVRFRLRKHYGDAVVSETGPIPMHLLGNMWAQQWSEIADIVSPFPEKPLVDVSAEMEKQAYTPLKMFQMGDDFFTSMNLTKLPQDFWDKSIIEKPTDGRDLVCHASAWDFYLIDDVRIKQCTRVTQDQLFTVHHELGHIQYFLQYQHQPFVYRTGANPGFHEAVGDVLSLSVSTPKHLEKIGLLKDYVRDDEARINQLFLTALDKIVFLPFAFTMDKYRWSLFRGEVDKANWNCAFWKLRDEYSGIEPPVVRSEKDFDAPAKYHISADVEYLRYLVSFIIQFQFYKSACIKAGQYDPDNVELPLDNCDIYGSARAGAAFHNMLSMGASKPWPDALEAFNGERIMSGKAIAEYFEPLRVWLEAENIKNNVHIGWITSNKCVSSHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	[N2-[(S)-1-CARBOXY-3-PHENYLPROPYL]-L-LYSYL-L-PROLINE
分子量 formula_weight	405.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	403

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1j36a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.5 — Neurolysin-like

结构域编号 domain_id	d1j36a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1j36b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.92 — Zincin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.92.1 — Metalloproteases ('zincins'), catalytic domain
家族 Family family	d.92.1.5 — Neurolysin-like

结构域编号 domain_id	d1j36b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.912 Å
晶胞边长 b length_b	121.223 Å
晶胞边长 c length_c	94.740 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2340
R_work r_work	0.2340
R_free r_free	0.2800

fit	/app/data/saxs_computation/j3/1j36/1j36.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j3/1j36/1j36.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j3/1j36/1j36.dat

Crystal Structure of Drosophila AnCE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction