1jch

Crystal Structure of Colicin E3 in Complex with its Immunity Protein

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLICIN E3

Escherichia coli str. K12 substr.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN × 2 （P02984） CITRIC ACID × 4 GLYCEROL × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN × 1 （P02984） CITRIC ACID × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN × 1 （P02984） CITRIC ACID × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEA3_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–551； UniProt 1–551 作者链 C； PDB构建体 1–551； UniProt 1–551

COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN

Escherichia coli str. K12 substr.

UniProt P02984

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	COLICIN E3 × 2 （P00646） CITRIC ACID × 4 GLYCEROL × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	COLICIN E3 × 1 （P00646） CITRIC ACID × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	COLICIN E3 × 1 （P00646） CITRIC ACID × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMM3_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 D； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jch
沉积日期 deposition_date	2001-06-09
结构标题 title	Crystal Structure of Colicin E3 in Complex with its Immunity Protein
关键词 keywords	;TRANSLOCATION DOMAIN IS A BETA-JELLYROLL, THE RECEPTOR-BINDING DOMAIN IS A COILED COIL, THE RNASE DOMAIN IS A SIX-STRANDED ANTIPARALLEL BETA-SHEET. THE IMMUNITY PROTEIN IS A FOUR-STRANDED ANTIPARALLEL BETA SHEET FLANKED BY 3 HELICES ON ONE SIDE OF THE SHEET, RIBOSOME INHIBITOR, HYDROLASE ;; RIBOSOME INHIBITOR, HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jch__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jch__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jch__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.78 Å
Rg（电子密度）	62.60 Å
总 Rg	62.06 Å
原子数	8602
残基数	1104
排除体积	150800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1jch__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1jch__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1jch__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	COLICIN E3
分子量 formula_weight	58043.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	8998

MSGGDGRGHNTGAHSTSGNINGGPTGLGVGGGASDGSGWSSENNPWGGGSGSGIHWGGGSGHGNGGGNGNSGGGSGTGGNLSAVAAPVAFGFPALSTPGAGGLAVSISAGALSAAIADIMAALKGPFKFGLWGVALYGVLPSQIAKDDPNMMSKIVTSLPADDITESPVSSLPLDKATVNVNVRVVDDVKDERQNISVVSGVPMSVPVVDAKPTERPGVFTASIPGAPVLNISVNNSTPAVQTLSPGVTNNTDKDVRPAFGTQGGNTRDAVIRFPKDSGHNAVYVSVSDVLSPDQVKQRQDEENRRQQEWDATHPVEAAERNYERARAELNQANEDVARNQERQAKAVQVYNSRKSELDAANKTLADAIAEIKQFNRFAHDPMAGGHRMWQMAGLKAQRAQTDVNNKQAAFDAAAKEKSDADAALSSAMESRKKKEDKKRSAENNLNDEKNKPRKGFKDYGHDYHPAPKTENIKGLGDLKPGIPKTPKQNGGGKRKRWTGDKGRKIYEWDSQHGELEGYRASDGQHLGSFDPKTGNQLKGPDPKRNIKKYL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K12 substr.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli str. K12 substr. W3110

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN
分子量 formula_weight	9779.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GLKLDLTWFDKSTEDFKGEEYSKDFGDDGSVMESLGVPFKDNVNNGCFDVIAEWVPLLQPYFNHQIDISDNEYFVSFDYRDGDW

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K12 substr.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	316407
宿主生物 host_organism	Escherichia coli str. K12 substr. W3110

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CITRIC ACID
分子量 formula_weight	192.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	396

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1jcha1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.101 — Ribonuclease domain of colicin E3
超家族 Superfamily superfamily	b.101.1 — Ribonuclease domain of colicin E3
家族 Family family	b.101.1.1 — Ribonuclease domain of colicin E3

结构域编号 domain_id	d1jcha2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.110 — Cloacin translocation domain
超家族 Superfamily superfamily	b.110.1 — Cloacin translocation domain
家族 Family family	b.110.1.1 — Cloacin translocation domain

结构域编号 domain_id	d1jcha3
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.4.9 — Colicin E3 receptor domain
家族 Family family	h.4.9.1 — Colicin E3 receptor domain

结构域编号 domain_id	d1jchb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.26.2 — Colicin E3 immunity protein
家族 Family family	d.26.2.1 — Colicin E3 immunity protein

结构域编号 domain_id	d1jchc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.101 — Ribonuclease domain of colicin E3
超家族 Superfamily superfamily	b.101.1 — Ribonuclease domain of colicin E3
家族 Family family	b.101.1.1 — Ribonuclease domain of colicin E3

结构域编号 domain_id	d1jchc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.110 — Cloacin translocation domain
超家族 Superfamily superfamily	b.110.1 — Cloacin translocation domain
家族 Family family	b.110.1.1 — Cloacin translocation domain

结构域编号 domain_id	d1jchc3
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.4.9 — Colicin E3 receptor domain
家族 Family family	h.4.9.1 — Colicin E3 receptor domain

结构域编号 domain_id	d1jchd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.26 — FKBP-like
超家族 Superfamily superfamily	d.26.2 — Colicin E3 immunity protein
家族 Family family	d.26.2.1 — Colicin E3 immunity protein

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1jchA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — Helix Hairpins

结构域编号 domain_id	1jchA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	380 — Ribonuclease domain of colicin e3 (Residues 456-551)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin E3-like ribonuclease domain

结构域编号 domain_id	1jchB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Cloacin immunity protein

结构域编号 domain_id	1jchC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — Helix Hairpins

结构域编号 domain_id	1jchC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	380 — Ribonuclease domain of colicin e3 (Residues 456-551)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Colicin E3-like ribonuclease domain

结构域编号 domain_id	1jchD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	50 — Chitinase A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Cloacin immunity protein

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晶胞边长 a length_a	66.986 Å
晶胞边长 b length_b	195.733 Å
晶胞边长 c length_c	85.124 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.22 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.020 Å
最低分辨率 resolution_low	20.170 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2830

Crystal Structure of Colicin E3 in Complex with its Immunity Protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLICIN E3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jch__assembly_1__model_1

1jch__assembly_1__model_1 | I(q)

1jch__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of Colicin E3 in Complex with its Immunity Protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

COLICIN E3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jch__assembly_1__model_1

1jch__assembly_1__model_1 | I(q)

1jch__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)