SAXSdb — 1ujw

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ujw
沉积日期 deposition_date	2003-08-12
结构标题 title	Structure of the complex between BtuB and Colicin E3 Receptor binding domain
关键词 keywords	beta-barrel, coiled-coil, TRANSPORT PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX; TRANSPORT PROTEIN/HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.34 Å
零角强度 I(0) i0	106483000.00
分子量 molecular_weight	80729.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100590 Å³
包络体积 envelope_volume	131070 Å³
水化壳体积 shell_volume	37615 Å³
包络直径 envelope_diameter	138.0 Å
壳层 Rg shell_rg	35.36 Å
包络 Rg envelope_rg	33.77 Å
形状 Rg shape_rg	31.31 Å
总 Rg total_rg	31.79 Å
总原子数 total_atoms	5704
残基数 n_residues	692
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.8 Å
Rg (实空间) rg_real	27.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.30 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3740e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	106500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6397
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.583
峰度 Kurtosis kurtosis	0.323
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.7136
最高正则化参数 α highest_alpha	13050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.001; Oscil: 0.770; Stabil: 0.985; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.131

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Vitamin B12 receptor
分子量 formula_weight	66386.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5714

QDTSPDTLVVTANRFEQPRSTVLAPTTVVTRQDIDRWQSTSVNDVLRRLPGVDITQNGGSGQLSSIFIRGTNASHVLVLIDGVRLNLAGVSGSADLSQFPIALVQRVEYIRGPRSAVYGSDAIGGVVNIITTRDEPGTEISAGWGSNSYQNYDVSTQQQLGDKTRVTLLGDYAHTHGYDVVAYGNTGTQAQTDNDGFLSKTLYGALEHNFTDAWSGFVRGYGYDNRTNYDAYYSPGSPLLDTRKLYSQSWDAGLRYNGELIKSQLITSYSHSKDYNYDPHYGRYDSSATLDEMKQYTVQWANNVIVGHGSIGAGVDWQKQTTTPGTGYVEDGYDQRNTGIYLTGLQQVGDFTFEGAARSDDNSQFGRHGTWQTSAGWEFIEGYRFIASYGTSYKAPNLGQLYGFYGNPNLDPEKSKQWEGAFEGLTAGVNWRISGYRNDVSDLIDYDDHTLKYYNEGKARIKGVEATANFDTGPLTHTVSYDYVDARNAITDTPLLRRAKQQVKYQLDWQLYDFDWGITYQYLGTRYDKDYSSYPYQTVKMGGVSLWDLAVAYPVTSHLTVRGKIANLFDKDYETVYGYQTAGREYTLSGSYTF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Colicin E3
分子量 formula_weight	15110.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

HPVEAAERNYERARAELNQANEDVARNQERQAKAVQVYNSRKSELDAANKTLADAIAEIKQFNRFAHDPMAGGHRMWQMAGLKAQRAQTDVNNKQAAFDAAAKEKSDADAALSSAMESRKKKEDKKRSAENNLND

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-amino-2-deoxy-1-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	259.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	3-OXO-PENTADECANOIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
分子量 formula_weight	229.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETOACETIC ACID
分子量 formula_weight	102.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1ujwa_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.3 — Ligand-gated protein channel

结构域编号 domain_id	d1ujwb_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.4 — Antiparallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.4.9 — Colicin E3 receptor domain
家族 Family family	h.4.9.1 — Colicin E3 receptor domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1ujwA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	130 — Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TonB-dependent receptor, plug domain

结构域编号 domain_id	1ujwA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — TonB-dependent receptor, beta-barrel domain

结构域编号 domain_id	1ujwB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	620 — Helix Hairpins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	76.933 Å
晶胞边长 b length_b	80.098 Å
晶胞边长 c length_c	233.595 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	37.880 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2440
R_free r_free	0.2930

fit	/app/data/saxs_computation/uj/1ujw/1ujw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/uj/1ujw/1ujw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/uj/1ujw/1ujw.dat

Structure of the complex between BtuB and Colicin E3 Receptor binding domain

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)