SAXSdb — 2guf

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	2guf
沉积日期 deposition_date	2006-04-29
结构标题 title	In meso crystal structure of the cobalamin transporter, BtuB
关键词 keywords	beta barrel, cubic mesophase, cobalamin, BtuB, Colicin, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.53 Å
零角强度 I(0) i0	66181300.00
分子量 molecular_weight	66098.0 kDa
排除体积 excluded_volume	83765 Å³
包络体积 envelope_volume	98808 Å³
水化壳体积 shell_volume	33381 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.6 Å
壳层 Rg shell_rg	32.29 Å
包络 Rg envelope_rg	23.72 Å
形状 Rg shape_rg	23.55 Å
总 Rg total_rg	24.44 Å
总原子数 total_atoms	4684
残基数 n_residues	551
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	77.9 Å
Rg (实空间) rg_real	23.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.6180e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9830e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	66180000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8792
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.091
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.391
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.990; Smooth: 0.996

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Vitamin B12 transporter btuB
分子量 formula_weight	66386.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5054

QDTSPDTLVVTANRFEQPRSTVLAPTTVVTRQDIDRWQSTSVNDVLRRLPGVDITQNGGSGQLSSIFIRGTNASHVLVLIDGVRLNLAGVSGSADLSQFPIALVQRVEYIRGPRSAVYGSDAIGGVVNIITTRDEPGTEISAGWGSNSYQNYDVSTQQQLGDKTRVTLLGDYAHTHGYDVVAYGNTGTQAQTDNDGFLSKTLYGALEHNFTDAWSGFVRGYGYDNRTNYDAYYSPGSPLLDTRKLYSQSWDAGLRYNGELIKSQLITSYSHSKDYNYDPHYGRYDSSATLDEMKQYTVQWANNVIVGHGSIGAGVDWQKQTTTPGTGYVEDGYDQRNTGIYLTGLQQVGDFTFEGAARSDDNSQFGRHGTWQTSAGWEFIEGYRFIASYGTSYKAPNLGQLYGFYGNPNLDPEKSKQWEGAFEGLTAGVNWRISGYRNDVSDLIDYDDHTLKYYNEGKARIKGVEATANFDTGPLTHTVSYDYVDARNAITDTPLLRRAKQQVKYQLDWQLYDFDWGITYQYLGTRYDKDYSSYPYQTVKMGGVSLWDLAVAYPVTSHLTVRGKIANLFDKDYETVYGYQTAGREYTLSGSYTF

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	[(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	297

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2gufa_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.4 — Transmembrane beta-barrels
超家族 Superfamily superfamily	f.4.3 — Porins
家族 Family family	f.4.3.3 — Ligand-gated protein channel

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2gufA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	130 — Ferric Hydroxamate Uptake Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — TonB-dependent receptor, plug domain

结构域编号 domain_id	2gufA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	170 — Maltoporin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — TonB-dependent receptor, beta-barrel domain

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	72.610 Å
晶胞边长 b length_b	80.877 Å
晶胞边长 c length_c	118.681 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.950 Å
最低分辨率 resolution_low	40.440 Å
R 因子 r_factor	0.1905
R_work r_work	0.1887
R_free r_free	0.2246

fit	/app/data/saxs_computation/gu/2guf/2guf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gu/2guf/2guf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gu/2guf/2guf.dat

In meso crystal structure of the cobalamin transporter, BtuB

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction