SAXSdb — 1jcs

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jcs
沉积日期 deposition_date	2001-06-11
结构标题 title	;CRYSTAL STRUCTURE OF RAT PROTEIN FARNESYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH THE PEPTIDE SUBSTRATE TKCVFM AND AN ANALOG OF FARNESYL DIPHOSPHATE ;
关键词 keywords	;FTASE, PFT, PFTASE, FT, FPT, FARNESYLTRANSFERASE, FARNESYL TRANSFERASE, FARNESYL PROTEIN TRANSFERASE, CAAX, RAS, CANCER, INHIBITOR, TRANSFERASE, transferase-transferase inhibitor complex ;; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.55 Å
零角强度 I(0) i0	116437000.00
分子量 molecular_weight	85541.0 kDa
排除体积 excluded_volume	107070 Å³
包络体积 envelope_volume	125980 Å³
水化壳体积 shell_volume	38018 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.14 Å
包络 Rg envelope_rg	27.04 Å
形状 Rg shape_rg	26.55 Å
总 Rg total_rg	27.36 Å
总原子数 total_atoms	6030
残基数 n_residues	736
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.8 Å
Rg (实空间) rg_real	27.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8656
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.240
角度范围 angular_range	— – 0.2900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	49530000.0000
实空间数据点数 n_real_points	59
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.758; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.975

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	PROTEIN FARNESYLTRANSFERASE, ALPHA SUBUNIT
分子量 formula_weight	44098.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6466

MAATEGVGESAPGGEPGQPEQPPPPPPPPPAQQPQEEEMAAEAGEAAASPMDDGFLSLDSPTYVLYRDRAEWADIDPVPQNDGPSPVVQIIYSEKFRDVYDYFRAVLQRDERSERAFKLTRDAIELNAANYTVWHFRRVLLRSLQKDLQEEMNYIIAIIEEQPKNYQVWHHRRVLVEWLKDPSQELEFIADILNQDAKNYHAWQHRQWVIQEFRLWDNELQYVDQLLKEDVRNNSVWNQRHFVISNTTGYSDRAVLEREVQYTLEMIKLVPHNESAWNYLKGILQDRGLSRYPNLLNQLLDLQPSHSSPYLIAFLVDIYEDMLENQCDNKEDILNKALELCEILAKEKDTIRKEYWRYIGRSLQSKHSRESDIPASV

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN FARNESYLTRANSFERASE, BETA SUBUNIT
分子量 formula_weight	48722.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MASSSSFTYYCPPSSSPVWSEPLYSLRPEHARERLQDDSVETVTSIEQAKVEEKIQEVFSSYKFNHLVPRLVLQREKHFHYLKRGLRQLTDAYECLDASRPWLCYWILHSLELLDEPIPQIVATDVCQFLELCQSPDGGFGGGPGQYPHLAPTYAAVNALCIIGTEEAYNVINREKLLQYLYSLKQPDGSFLMHVGGEVDVRSAYCAASVASLTNIITPDLFEGTAEWIARCQNWEGGIGGVPGMEAHGGYTFCGLAALVILKKERSLNLKSLLQWVTSRQMRFEGGFQGRCNKLVDGCYSFWQAGLLPLLHRALHAQGDPALSMSHWMFHQQALQEYILMCCQCPAGGLLDKPGKSRDFYHTCYCLSGLSIAQHFGSGAMLHDVVMGVPENVLQPTHPVYNIGPDKVIQATTHFLQKPVPGFEECEDAVTSDPATD

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	SYNTHETIC HEXAPEPTIDE TKCVFM
分子量 formula_weight	728.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

TKCVFM

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	[(3,7,11-TRIMETHYL-DODECA-2,6,10-TRIENYLOXYCARBAMOYL)-METHYL]-PHOSPHONIC ACID
分子量 formula_weight	359.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETIC ACID
分子量 formula_weight	60.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	436

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1jcsa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.6 — Protein prenylyltransferase
家族 Family family	a.118.6.1 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	d1jcsb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.4 — Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases
家族 Family family	a.102.4.3 — Protein prenyltransferases

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1jcsA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	1jcsB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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7. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	170.921 Å
晶胞边长 b length_b	170.921 Å
晶胞边长 c length_c	69.425 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1600
R_work r_work	0.1600
R_free r_free	0.2020

fit	/app/data/saxs_computation/jc/1jcs/1jcs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jc/1jcs/1jcs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jc/1jcs/1jcs.dat

;CRYSTAL STRUCTURE OF RAT PROTEIN FARNESYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH THE PEPTIDE SUBSTRATE TKCVFM AND AN ANALOG OF FARNESYL DIPHOSPHATE ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)