← 返回搜索
1je8

Two-Component response regulator NarL/DNA Complex: DNA Bending Found in a High Affinity Site

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 117.9 Å Quality: REASONABLE
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrate/Nitrite Response Regulator Protein NARL

Escherichia coli

UniProt P10957

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 147–216 链 B； UniProt 147–216 片段：DNA Binding Domain (147-216) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3' × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium sulfate, TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 2.12 Å R-free 0.273
2 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 E； UniProt 147–216 链 F； UniProt 147–216 片段：DNA Binding Domain (147-216) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*G)-3' × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium sulfate, TRIS, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K 分辨率 2.12 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1JE8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A04 THE STRUCTURE OF THE NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL IN THE MONOCLINIC C2 CRYSTAL FORM 提交 1997-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–216（215 aa） 片段：RESIDUES 2 - 216 OF THE WILD TYPE NARL
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；277 K；THE PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.3 MG/ML OF PURIFIED NARL, 20 MM TRIS.HCL (PH=7.6), 0.5 MM MGCL2, AND 10% GLYCEROL WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M TRIS.HCL (PH=8.5), 0.2 M SODIUM ACETATE, AND 30% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 4000. SITTING DROPS CONTAINING 20 ML OF MIXTURE WERE EQUILIBRATED BY VAPOR DIFFUSION AT 4 DEGREES AGAINST 20 ML OF THE RESERVOIR SOLUTION. CRYSTALS BEGAN TO APPEAR AS CLUSTERS OF PLATES AFTER 11-15 DAYS., vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.267
1A04 THE STRUCTURE OF THE NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL IN THE MONOCLINIC C2 CRYSTAL FORM 提交 1997-12-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–216（215 aa） 片段：RESIDUES 2 - 216 OF THE WILD TYPE NARL
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.6；277 K；THE PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.3 MG/ML OF PURIFIED NARL, 20 MM TRIS.HCL (PH=7.6), 0.5 MM MGCL2, AND 10% GLYCEROL WAS MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF THE RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1 M TRIS.HCL (PH=8.5), 0.2 M SODIUM ACETATE, AND 30% POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 4000. SITTING DROPS CONTAINING 20 ML OF MIXTURE WERE EQUILIBRATED BY VAPOR DIFFUSION AT 4 DEGREES AGAINST 20 ML OF THE RESERVOIR SOLUTION. CRYSTALS BEGAN TO APPEAR AS CLUSTERS OF PLATES AFTER 11-15 DAYS., vapor diffusion - sitting drop, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.267
1RNL THE NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL FROM NARL 提交 1996-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–216（215 aa） 片段：RESIDUES 2 - 216 OF THE WILD TYPE NARL
未记录 PT PLATINUM (II) ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.251
1RNL THE NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL FROM NARL 提交 1996-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–216（215 aa） 片段：RESIDUES 2 - 216 OF THE WILD TYPE NARL
未记录 PT PLATINUM (II) ION × 24 GOL GLYCEROL × 12 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.251
1RNL THE NITRATE/NITRITE RESPONSE REGULATOR PROTEIN NARL FROM NARL 提交 1996-04-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–216（215 aa） 片段：RESIDUES 2 - 216 OF THE WILD TYPE NARL
未记录 PT PLATINUM (II) ION × 12 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.251

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NARL_ECOLI
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 13–82； UniProt 147–216 作者链 B； PDB构建体 13–82； UniProt 147–216 作者链 E； PDB构建体 13–82； UniProt 147–216 作者链 F； PDB构建体 13–82； UniProt 147–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1je8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1je8
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1je8
沉积日期 deposition_date2001-06-15
结构标题 titleTwo-Component response regulator NarL/DNA Complex: DNA Bending Found in a High Affinity Site
关键词 keywordsProtein-DNA complex, Two-Component response regulator, helix-turn-helix, DNA bending, TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.84 Å
零角强度 I(0) i085333500.00
分子量 molecular_weight57302.0 kDa
排除体积 excluded_volume64334 ų
包络体积 envelope_volume91819 ų
水化壳体积 shell_volume22435 ų
包络直径 envelope_diameter124.4 Å
壳层 Rg shell_rg39.96 Å
包络 Rg envelope_rg35.00 Å
形状 Rg shape_rg35.82 Å
总 Rg total_rg36.11 Å
总原子数 total_atoms3869
残基数 n_residues333
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax117.9 Å
Rg (实空间) rg_real36.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real8.5330e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal85310000.0000
解质量估计 total_estimate0.7308
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.1 Å
偏度 Skewness skewness0.414
峰度 Kurtosis kurtosis-0.763
角度范围 angular_range— – 0.2200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3704000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.577; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.318; Smooth: 0.448
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd1je8a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.6 — C-terminal effector domain of the bipartite response regulators
家族 Family familya.4.6.2 — GerE-like (LuxR/UhpA family of transcriptional regulators)
结构域编号 domain_idd1je8b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.6 — C-terminal effector domain of the bipartite response regulators
家族 Family familya.4.6.2 — GerE-like (LuxR/UhpA family of transcriptional regulators)
结构域编号 domain_idd1je8e_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.6 — C-terminal effector domain of the bipartite response regulators
家族 Family familya.4.6.2 — GerE-like (LuxR/UhpA family of transcriptional regulators)
结构域编号 domain_idd1je8f_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.6 — C-terminal effector domain of the bipartite response regulators
家族 Family familya.4.6.2 — GerE-like (LuxR/UhpA family of transcriptional regulators)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1je8A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id1je8B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id1je8E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id1je8F00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)