SAXSdb — 1jma

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HERPESVIRUS ENTRY MEDIATOR

Human herpesvirus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	GLYCOPROTEIN D × 1 （P57083） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SULFATE ION × 5 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TR14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–161； UniProt 39–199

GLYCOPROTEIN D

Homo sapiens

UniProt P57083

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 2 其他聚合物 1	HERPESVIRUS ENTRY MEDIATOR × 1 （Q92956） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SULFATE ION × 5 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGLD_HSV1P
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–285； UniProt 26–310

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jma
沉积日期 deposition_date	2001-07-17
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE HERPES SIMPLEX VIRUS GLYCOPROTEIN D BOUND TO THE CELLULAR RECEPTOR HVEA/HVEM
关键词 keywords	V-type Ig molecule and TNFR superfamily, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jma__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jma__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.88 Å
Rg（电子密度）	24.08 Å
总 Rg	24.93 Å
原子数	2818
残基数	359
排除体积	49954 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1jma__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HERPESVIRUS ENTRY MEDIATOR
分子量 formula_weight	17768.0 kDa
突变 mutation	ECTODOMAIN OF THE FULL PROTEIN
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	2885

LPSCKEDEYPVGSECCPKCSPGYRVKEACGELTGTVCEPCPPGTYIAHLNGLSKCLQCQMCDPAMGLRASRNCSRTENAVCGCSPGHFCIVQDGDHCAACRAYATSSPGQRVQKGGTESQDTLCQNCPPGTFSPNGTLEECQHQTKCSWLVTKAGAGTSSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 1
通用名 common_name	Herpes simplex virus type 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10298
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GLYCOPROTEIN D
分子量 formula_weight	32315.7 kDa
突变 mutation	C-TERMINAL TRUNCATION AT RESIDUE 285
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

KYALADASLKMADPNRFRGKDLPVLDQLTDPPGVRRVYHIQAGLPDPFQPPSLPITVYYAVLERACRSVLLNAPSEAPQIVRGASEDVRKQPYNLTIAWFRMGGNCAIPITVMEYTECSYNKSLGACPIRTQPRWNYYDSFSAVSEDNLGFLMHAPAFETAGTYLRLVKINDWTEITQFILEHRAKGSCKYALPLRIPPSACLSPQAYQQGVTVDSIGMLPRFIPENQRTVAVYSLKIAGWHGPKAPYTSTLLPPELSETPNATQPELAPEDPEDSALLEDPVGTHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	49

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1jmaa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1jmab1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.1 — TNF receptor-like

结构域编号 domain_id	d1jmab2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.1 — TNF receptor-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1jmaA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Glycoprotein D; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1jmaB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	1jmaB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	50 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2

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晶胞边长 a length_a	129.154 Å
晶胞边长 b length_b	129.154 Å
晶胞边长 c length_c	80.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.650 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2370
R_work r_work	0.2360
R_free r_free	0.2590

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HERPES SIMPLEX VIRUS GLYCOPROTEIN D BOUND TO THE CELLULAR RECEPTOR HVEA/HVEM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HERPESVIRUS ENTRY MEDIATOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

GLYCOPROTEIN D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jma__assembly_1__model_1

1jma__assembly_1__model_1 | I(q)

1jma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HERPES SIMPLEX VIRUS GLYCOPROTEIN D BOUND TO THE CELLULAR RECEPTOR HVEA/HVEM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HERPESVIRUS ENTRY MEDIATOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GLYCOPROTEIN D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jma__assembly_1__model_1

1jma__assembly_1__model_1 | I(q)

1jma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (2)