1jqj

Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III, beta chain

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase III, delta subunit × 1 （P28630）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase III, delta subunit × 1 （P28630）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA polymerase III, delta subunit × 2 （P28630）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase III, delta subunit × 2 （P28630）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase III, delta subunit × 2 （P28630）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO3B_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366 作者链 B； PDB构建体 1–366； UniProt 1–366

DNA polymerase III, delta subunit

Escherichia coli

UniProt P28630

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase III, beta chain × 1 （P0A988）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	DNA polymerase III, beta chain × 1 （P0A988）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA polymerase III, beta chain × 2 （P0A988）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase III, beta chain × 1 （P0A988）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA polymerase III, beta chain × 1 （P0A988）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HOLA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–343； UniProt 1–343 作者链 D； PDB构建体 1–343； UniProt 1–343

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jqj
沉积日期 deposition_date	2001-08-07
结构标题 title	Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex
关键词 keywords	DNA Polymerase, Processivity Clamp, Clamp Loader, DNA Replication, AAA+ ATPase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1jqj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1jqj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1jqj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.88 Å
Rg（电子密度）	31.88 Å
总 Rg	32.55 Å
原子数	5443
残基数	694
排除体积	97093 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1jqj__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1jqj__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1jqj__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1jqj__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1jqj__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase III, beta chain
分子量 formula_weight	40546.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	I272A, L273A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10860

MKFTVEREHLLKPLQQVSGPLGGRPTLPILGNLLLQVADGTLSLTGTDLEMEMVARVALVQPHEPGATTVPARKFFDICRGLPEGAEIAVQLEGERMLVRSGRSRFSLSTLPAADFPNLDDWQSEVEFTLPQATMKRLIEATQFSMAHQDVRYYLNGMLFETEGEELRTVATDGHRLAVCSMPIGQSLPSHSVIVPRKGVIELMRMLDGGDNPLRVQIGSNNIRAHVGDFIFTSKLVDGRFPDYRRVLPKNPDKHLEAGCDLLKQAFARAAAASNEKFRGVRLYVSENQLKITANNPEQEEAEEILDVTYSGAEMEIGFNVSYVLDVLNALKCENVRMMLTDSVSSVQIEDAASQSAAYVVMPMRL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase III, delta subunit
分子量 formula_weight	38745.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MIRLYPEQLRAQLNEGLRAAYLLLGNDPLLLQESQDAVRQVAAAQGFEEHHTFSIDPNTDWNAIFSLCQAMSLFASRQTLLLLLPENGPNAAINEQLLTLTGLLHDDLLLIVRGNKLSKAQENAAWFTALANRSVQVTCQTPEQAQLPRWVAARAKQLNLELDDAANQVLCYCYEGNLLALAQALERLSLLWPDGKLTLPRVEQAVNDAAHFTPFHWVDALLMGKSKRALHILQQLRLEGSEPVILLRTLQRELLLLVNLKRQSAHTPLRALFDKHRVWQNRRGMMGEALNRLSQTQLRQAVQLLTRTELTLKQDYGQSVWAELEGLSLLLCHKPLADVFIDG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d1jqja1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.1 — DNA polymerase III, beta subunit

结构域编号 domain_id	d1jqja2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.1 — DNA polymerase III, beta subunit

结构域编号 domain_id	d1jqja3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.1 — DNA polymerase III, beta subunit

结构域编号 domain_id	d1jqjb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.1 — DNA polymerase III, beta subunit

结构域编号 domain_id	d1jqjb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.1 — DNA polymerase III, beta subunit

结构域编号 domain_id	d1jqjb3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.131 — DNA clamp
超家族 Superfamily superfamily	d.131.1 — DNA clamp
家族 Family family	d.131.1.1 — DNA polymerase III, beta subunit

结构域编号 domain_id	d1jqjc1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1jqjc2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

结构域编号 domain_id	d1jqjd1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.80 — post-AAA+ oligomerization domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.80.1 — post-AAA+ oligomerization domain-like
家族 Family family	a.80.1.1 — DNA polymerase III clamp loader subunits, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1jqjd2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.20 — Extended AAA-ATPase domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1jqjA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	150 — DNA Polymerase III; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase III, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	1jqjA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	150 — DNA Polymerase III; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase III, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	1jqjA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	150 — DNA Polymerase III; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase III, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	1jqjB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	150 — DNA Polymerase III; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase III, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	1jqjB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	150 — DNA Polymerase III; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase III, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	1jqjB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	150 — DNA Polymerase III; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA Polymerase III, subunit A, domain 2

结构域编号 domain_id	1jqjC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1jqjC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1jqjC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	1jqjD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	1jqjD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1jqjD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	198.836 Å
晶胞边长 b length_b	99.293 Å
晶胞边长 c length_c	113.023 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.17 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	500.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2658
R_free r_free	0.3079

Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III, beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase III, delta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jqj__assembly_1__model_1

1jqj__assembly_1__model_1 | I(q)

1jqj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Mechanism of Processivity Clamp Opening by the Delta Subunit Wrench of the Clamp Loader Complex of E. coli DNA Polymerase III: Structure of the beta-delta complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III, beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase III, delta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1jqj__assembly_1__model_1

1jqj__assembly_1__model_1 | I(q)

1jqj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 22 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)