1jr6

Solution Structure of an Engineered Arginine-rich Subdomain 2 of the Hepatitis C Virus NS3 RNA Helicase

Method: SOLUTION NMR D_max: 50.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Helicase NS3

Hepatitis C virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1353–1507	片段：arginine-rich subdomain 2	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）75 mM KiPO4；压力 ambient NMR样品组成：0.6 mM, U-15N,13C; \| 75 mM PHOSPHATE BUFFER; 5 mM DTT, 90%H2O, 10%D2O, 0.015% NaN3 NMR样品组成：0.6 mM, U-15N,13C; \| 75 mM PHOSPHATE BUFFER; 5 mM DTT, 99%D2O, 0.015% NaN3 NMR样品组成：0.3 mM, U-15N \| 75 mM PHOSPHATE BUFFER; 5 mM DTT, 90%H2O, 10%D2O, 0.015% NaN3	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1JR6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A1R HCV NS3 PROTEASE DOMAIN:NS4A PEPTIDE COMPLEX 提交 1997-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1026–1205（180 aa）片段：PROTEASE DOMAIN 链 C 1677–1695（19 aa）片段：ACTIVATION DOMAIN	突变：INS(ASMTGGQQMG) AT N-TERMINUS, INS(GSHHHHHH) AT C-TERMINUS 突变：INS(KK) AT N-TERMINUS, C22S, INS(KK) AT C-TERMINUS	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.8 M NACL, 100 MM NA/K PHOSPHATE, 10 MM B-MERCAPTOETHANOL, 100 MM MES, PH 6.5.	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
1A1R HCV NS3 PROTEASE DOMAIN:NS4A PEPTIDE COMPLEX 提交 1997-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1026–1205（180 aa）片段：PROTEASE DOMAIN 链 D 1677–1695（19 aa）片段：ACTIVATION DOMAIN	突变：INS(ASMTGGQQMG) AT N-TERMINUS, INS(GSHHHHHH) AT C-TERMINUS 突变：INS(KK) AT N-TERMINUS, C22S, INS(KK) AT C-TERMINUS	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.8 M NACL, 100 MM NA/K PHOSPHATE, 10 MM B-MERCAPTOETHANOL, 100 MM MES, PH 6.5.	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
1A1R HCV NS3 PROTEASE DOMAIN:NS4A PEPTIDE COMPLEX 提交 1997-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1026–1205（180 aa）片段：PROTEASE DOMAIN 链 B 1026–1205（180 aa）片段：PROTEASE DOMAIN 链 C 1677–1695（19 aa）片段：ACTIVATION DOMAIN 链 D 1677–1695（19 aa）片段：ACTIVATION DOMAIN	突变：INS(ASMTGGQQMG) AT N-TERMINUS, INS(GSHHHHHH) AT C-TERMINUS 突变：INS(ASMTGGQQMG) AT N-TERMINUS, INS(GSHHHHHH) AT C-TERMINUS 突变：INS(KK) AT N-TERMINUS, C22S, INS(KK) AT C-TERMINUS 突变：INS(KK) AT N-TERMINUS, C22S, INS(KK) AT C-TERMINUS	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.8 M NACL, 100 MM NA/K PHOSPHATE, 10 MM B-MERCAPTOETHANOL, 100 MM MES, PH 6.5.	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
1A1V HEPATITIS C VIRUS NS3 HELICASE DOMAIN COMPLEXED WITH SINGLE STRANDED SDNA 提交 1997-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 1193–1657（465 aa）片段：HELICASE DOMAIN	突变：;N-TERMINAL MET, K221Q, A277G, S301L, S332P, S410A, G530E, R582W, AND A 10 RESIDUE (GSGSHHHHHH) HISTIDINE TAG ATTACHED TO THE C-TERMINUS ; 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.20 Å R-free 0.287
1CWX SOLUTION STRUCTURE OF THE HEPATITIS C VIRUS N-TERMINAL CAPSID PROTEIN 2-45 [C-HCV(2-45)] 提交 1999-08-27	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–45（44 aa）片段：N-TERMINAL FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.9；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1M NACL；压力 AMBIENT NMR样品组成 40% D2-TRIFLUOROETHANOL;0.01M SODIUM PHOSPHATE;0.1M NACL	分辨率未提供
1HEI STRUCTURE OF THE HEPATITIS C VIRUS RNA HELICASE DOMAIN 提交 1997-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1206–1656（451 aa）链 B 1206–1656（451 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；50MM CA ACETATE, 20MM NACACODYLATE PH 6.5, 8% PEG5000	分辨率 2.10 Å R-free 0.320
1N1L CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS3 PROTEASE DOMAIN:NS4A PEPTIDE COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (GW472467X) 提交 2002-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1026–1205（180 aa）片段：Protease domain	突变：A164T	ZN ZINC ION × 1 TRL {1-[2-(1-FORMYL-PROPYL)-3-METHANESULFONYLAMINO-PYRROLIDINE-1-CARBONYL]-2-METHYL-PROPYL}-CARBAMIC ACID TERT-BUTYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Inhibitor soaked into crystal generated according to Kim et al. (1996) Cell, 87, 343-355, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.220
1N1L CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS3 PROTEASE DOMAIN:NS4A PEPTIDE COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (GW472467X) 提交 2002-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1026–1205（180 aa）片段：Protease domain	突变：A164T	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Inhibitor soaked into crystal generated according to Kim et al. (1996) Cell, 87, 343-355, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.220
1N1L CRYSTAL STRUCTURE OF HCV NS3 PROTEASE DOMAIN:NS4A PEPTIDE COMPLEX WITH COVALENTLY BOUND INHIBITOR (GW472467X) 提交 2002-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1026–1205（180 aa）片段：Protease domain 链 B 1026–1205（180 aa）片段：Protease domain	突变：A164T 突变：A164T	ZN ZINC ION × 2 TRL {1-[2-(1-FORMYL-PROPYL)-3-METHANESULFONYLAMINO-PYRROLIDINE-1-CARBONYL]-2-METHYL-PROPYL}-CARBAMIC ACID TERT-BUTYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Inhibitor soaked into crystal generated according to Kim et al. (1996) Cell, 87, 343-355, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.220
1ONB Solution structure of an engineered arginine-rich subdomain 2 of the hepatitis C virus NS3 RNA helicase 提交 2003-02-27	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1353–1507（155 aa）片段：Arginine-rich subdomain 2	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）75 mM KIPO4；压力 ambient NMR样品组成 0.6 mM, U-15N,13C \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.6 mM, U-15N,13C \| 99.9%D2O	分辨率未提供
1R7C NMR structure of the membrane anchor domain (1-31) of the nonstructural protein 5A (NS5A) of hepatitis C virus (Minimized average structure, Sample in 50% tfe) 提交 2003-10-21	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1973–2003（31 aa）片段：Nonstructural protein NS5A (P56)(residues 1973-2003 OF SWISS-PROT SEQUENCE P27958)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；293 K；压力 ambient NMR样品组成 1.2mM NS5A[1-31], 10mM DTTd10 \| H2O/TFEd2 50/50 (v/v)	分辨率未提供
1R7D NMR structure of the membrane anchor domain (1-31) of the nonstructural protein 5A (NS5A) of hepatitis C virus (Ensemble of 51 structures, sample in 50% tfe) 提交 2003-10-21	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1973–2003（31 aa）片段：Nonstructural protein NS5A (P56)(residues 1973-2003 of Swiss-Prot sequence P27958)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；293 K；压力 ambient NMR样品组成 1.2mM NS5A[1-31], 10mM DTTd10 \| H2O/TFEd2 50/50 (v/v)	分辨率未提供
1R7E NMR structure of the membrane anchor domain (1-31) of the nonstructural protein 5A (NS5A) of hepatitis C virus (Minimized average structure. Sample in 100mM SDS). 提交 2003-10-21	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1973–2003（31 aa）片段：Nonstructural protein NS5A (P56)(residues 1973-2003 OF SWISS-PROT SEQUENCE P27958)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；313 K；压力 ambient NMR样品组成 1.2mM NS5A[1-31], 10mM DTTd10 \| 100mM SDS in H2O/D2O 95/5 (v/v)	分辨率未提供
1R7F NMR structure of the membrane anchor domain (1-31) of the nonstructural protein 5A (NS5A) of hepatitis C virus (Ensemble of 43 structures. Sample in 100mM SDS) 提交 2003-10-21	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1973–2003（31 aa）片段：Nonstructural protein NS5A (P56)(residues 1973-2003 of Swiss-Prot sequence P27958)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；313 K；压力 ambient NMR样品组成 1.2mM NS5A[1-31], 10mM DTTd10 \| 100mM SDS in H2O/D2O 95/5 (v/v)	分辨率未提供
1R7G NMR structure of the membrane anchor domain (1-31) of the nonstructural protein 5A (NS5A) of hepatitis C virus (Minimized average structure, Sample in 100mM DPC) 提交 2003-10-21	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1973–2003（31 aa）片段：Nonstructural protein NS5A (P56)(residues 1973-2003 OF SWISS-PROT SEQUENCE P27958)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；313 K；压力 ambient NMR样品组成 1.2mM NS5A[1-31], 10mM DTTd10 \| 100mM DPC in H2O/D2O 95/5 (v/v)	分辨率未提供
1RGQ M9A HCV Protease complex with pentapeptide keto-amide inhibitor 提交 2003-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1026–1206（181 aa）片段：RESIDUES 1027-1207 链 B 1026–1206（181 aa）片段：RESIDUES 1027-1207	未记录	ZN ZINC ION × 2 AKP N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)LEUCYLISOLEUCYL-N~1~-{1-[2-({1-CARBOXY-2-[4-(PHOSPHONOOXY)PHENYL]ETHYL}AMINO)-1,1-DIHYDROXY-2-OXOETHYL]BUT-3-ENYL}-3-CYCLOHEXYLALANINAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2M N/KPO4, 2.0M NaCl, 10mM MES, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.312
2HD0 Structure of the catalytic domain of hepatitis C virus NS2 提交 2006-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2 链 B 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5 0.8 M Ammonium Acetate 0.25 M Lithium Chloride 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.28 Å R-free 0.268
2HD0 Structure of the catalytic domain of hepatitis C virus NS2 提交 2006-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2 链 D 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5 0.8 M Ammonium Acetate 0.25 M Lithium Chloride 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.28 Å R-free 0.268
2HD0 Structure of the catalytic domain of hepatitis C virus NS2 提交 2006-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2 链 F 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5 0.8 M Ammonium Acetate 0.25 M Lithium Chloride 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.28 Å R-free 0.268
2HD0 Structure of the catalytic domain of hepatitis C virus NS2 提交 2006-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2 链 H 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5 0.8 M Ammonium Acetate 0.25 M Lithium Chloride 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.28 Å R-free 0.268
2HD0 Structure of the catalytic domain of hepatitis C virus NS2 提交 2006-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2 链 J 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 2 DMU DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5 0.8 M Ammonium Acetate 0.25 M Lithium Chloride 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.28 Å R-free 0.268
2HD0 Structure of the catalytic domain of hepatitis C virus NS2 提交 2006-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2 链 L 902–1025（124 aa）片段：protease domain of NS2	未记录	BOG octyl beta-D-glucopyranoside × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5 0.8 M Ammonium Acetate 0.25 M Lithium Chloride 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K	分辨率 2.28 Å R-free 0.268
2JXF The solution structure of HCV NS4B(40-69) 提交 2007-11-19	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1751–1780（30 aa）片段：Non-structural protein 4B, UNP residues 1751-1780	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1mM NS4B(40-69); 50% v/v Trifluoro Ethanol D2OH; 50% v/v H2O \| 50% v/v Trifluoro Ethanol D2OH; 50% v/v H2O	分辨率未提供
2KDR Solution structure of HCV NS4B(227-254) 提交 2009-01-15	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 1938–1965（28 aa）片段：UNP residues 1938-1965	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）none；压力 ambient NMR样品组成 2mM protein-1, 50% v/v Trifluoro Ethanol D2OH; 50% v/v H2O \| 50% v/v Trifluoro Ethanol D2OH; 50% v/v H2O	分辨率未提供
2N1P Structure of the C-terminal membrane domain of HCV NS5B protein 提交 2015-04-15	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2982–3011（30 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 2982-3011)	突变：C14S	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 298 K；压力 ambient NMR样品组成 1.4 mM protein, 1 M [U-2H] SDS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2O8M Crystal structure of the S139A mutant of Hepatitis C Virus NS3/4A protease 提交 2006-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1677–1695（19 aa）链 D 1677–1695（19 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.25 to 1.5M NaCl, 0.1 M MES, .1M Na/K PO4, 5mM beta-mercaptoethanol, pH 5.6-6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.228
2OBQ Discovery of the HCV NS3/4A Protease Inhibitor SCH503034. Key Steps in Structure-Based Optimization 提交 2006-12-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1677–1695（19 aa）链 D 1677–1695（19 aa）	突变：C22S 突变：C22S	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；The protein (NS3 complexed with KK-NS4a(21-39)-KK peptide) was at 12-15 mg/ml in 15 mM MES, pH 6.5 1 M NaCl 20 mM b-mercaptoethanol. Hanging Drops were formed by mixing 4:l protein solution with 4:l {0.75-1.0 M NaCl, 0.1M Na/K phosphate 0.1 M Mes, pH 5.8-6.1 20 mM b-mercaptoethanol} The drop was equilibrated the drops over 1 ml {(1.25-1.50 M) NaCl - 0.1M Na/K phosphate 0.1 M Mes, pH 5.6-5.8, 20 mM b-mercaptoethanol} , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
2XI2 HCV-H77 NS5B Apo Polymerase 提交 2010-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2421–2990（570 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 2421-2990	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；MES 0.1M PH 6.5, AMMONIUM SULFATE 0.2M, PEG 5000 MONOMETHYL ETHER	分辨率 1.80 Å R-free 0.207
2XI2 HCV-H77 NS5B Apo Polymerase 提交 2010-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2421–2990（570 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 2421-2990	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；MES 0.1M PH 6.5, AMMONIUM SULFATE 0.2M, PEG 5000 MONOMETHYL ETHER	分辨率 1.80 Å R-free 0.207
2XI2 HCV-H77 NS5B Apo Polymerase 提交 2010-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2421–2990（570 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 2421-2990	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；MES 0.1M PH 6.5, AMMONIUM SULFATE 0.2M, PEG 5000 MONOMETHYL ETHER	分辨率 1.80 Å R-free 0.207
2XI3 HCV-H77 NS5B Polymerase Complexed With GTP 提交 2010-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2421–2990（570 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 2421-2990	突变：YES	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；MES 50MM PH 6.5, AMMONIUM SULFATE 0.2M, AMMONIUM ACETATE 0.25M, PEG 1000 25%-30%	分辨率 1.70 Å R-free 0.198
2XI3 HCV-H77 NS5B Polymerase Complexed With GTP 提交 2010-06-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2421–2990（570 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 2421-2990	突变：YES	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；MES 50MM PH 6.5, AMMONIUM SULFATE 0.2M, AMMONIUM ACETATE 0.25M, PEG 1000 25%-30%	分辨率 1.70 Å R-free 0.198
4JZN Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 Fab fragment HC84-1 提交 2013-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 434–446（13 aa）片段：Residues 434-446 of HCV strain H77 polyprotein	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100mM TRIS pH 8.0 19% PEG4000 170mM Lithium Sulfate 15% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.235
4JZO Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 Fab fragment HC84-27 提交 2013-04-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 434–446（13 aa）片段：Residues 434-446 of HCV strain H77 polyprotein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；23% PEG 3350 250mM Sodium Thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.22 Å R-free 0.236
4JZO Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 Fab fragment HC84-27 提交 2013-04-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 434–446（13 aa）片段：Residues 434-446 of HCV strain H77 polyprotein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；23% PEG 3350 250mM Sodium Thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.22 Å R-free 0.236
4JZO Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 Fab fragment HC84-27 提交 2013-04-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 434–446（13 aa）片段：Residues 434-446 of HCV strain H77 polyprotein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；23% PEG 3350 250mM Sodium Thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.22 Å R-free 0.236
4JZO Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 Fab fragment HC84-27 提交 2013-04-03	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 434–446（13 aa）片段：Residues 434-446 of HCV strain H77 polyprotein	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；23% PEG 3350 250mM Sodium Thiocyanate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.22 Å R-free 0.236
4MWF Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core bound to broadly neutralizing antibody AR3C 提交 2013-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 412–459（48 aa）链 D 486–645（160 aa）	突变：N448D, N576D 突变：N448D, N576D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) isopropanol, and 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.65 Å R-free 0.270
4MWF Structure of Hepatitis C Virus Envelope Glycoprotein E2 core bound to broadly neutralizing antibody AR3C 提交 2013-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 412–459（48 aa）链 C 486–645（160 aa）	突变：N448D, N576D 突变：N448D, N576D	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% (w/v) PEG 4000, 10% (v/v) isopropanol, and 0.1 M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.65 Å R-free 0.270
4Q0X Crystal structure of non-neutralizing antibody in complex with Epitope II of HCV E2 提交 2014-04-02	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 421–446（26 aa）片段：epitope II (UNP residues 421-446)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1 M imidazole, 14% w/v PEG550 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.285
5FGB Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 Fab fragment HC33.4 提交 2015-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 405–425（21 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；100 mM sodium citrate pH 5.2 300 mM ammonium sulfate 100 mM potassium phosphate 1 M lithium chloride	分辨率 1.65 Å R-free 0.190
5FGB Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 Fab fragment HC33.4 提交 2015-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 405–425（21 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；100 mM sodium citrate pH 5.2 300 mM ammonium sulfate 100 mM potassium phosphate 1 M lithium chloride	分辨率 1.65 Å R-free 0.190
5FGC Three dimensional structure of broadly neutralizing human anti - Hepatitis C virus (HCV) glycoprotein E2 Fab fragment HC33.8 提交 2015-12-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 405–425（21 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；32% PEG 4000 100 mM Tris-HCl pH 8.5 800 mM lithium chloride Crystals obtained using heterologous microseeding.	分辨率 1.90 Å R-free 0.236

共 26 个其他 PDB 条目、43 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_HCVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–142； UniProt 1353–1507

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1jr6
沉积日期 deposition_date	2001-08-10
结构标题 title	Solution Structure of an Engineered Arginine-rich Subdomain 2 of the Hepatitis C Virus NS3 RNA Helicase
关键词 keywords	alpha-beta-alpha, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.77 Å
零角强度 I(0) i0	1890830000.00
分子量 molecular_weight	367950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	460520 Å³
包络体积 envelope_volume	49643 Å³
水化壳体积 shell_volume	22040 Å³
包络直径 envelope_diameter	56.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.55 Å
包络 Rg envelope_rg	18.19 Å
形状 Rg shape_rg	13.75 Å
总 Rg total_rg	14.03 Å
总原子数 total_atoms	52000
残基数 n_residues	3450
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	50.6 Å
Rg (实空间) rg_real	13.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8910e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1770e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	13.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1891000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8224
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.167
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.246
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.568; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.997

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d1jr6a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.14 — RNA helicase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1jr6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Helicase NS3
分子量 formula_weight	15149.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.98
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	52000

来源生物 organism	Hepatitis C virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11103
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

fit	/app/data/saxs_computation/jr/1jr6/1jr6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jr/1jr6/1jr6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jr/1jr6/1jr6.dat